河北平台表观遗传组测序

本文作者利用850K芯片分别检测健康表皮、光化性角化病表皮、皮肤鳞状细胞ai表皮的DNA甲基化状态，发现AK甲基化显示出经典的tumsor甲基化的结构与cSCC的结构高度相似，通过降低DNA甲基化年龄、非CpG岛甲基化、干细胞相关的角蛋白和增强子甲基化模式进一步分析，证实了干细胞甲基化的典型特征。同时还发现这些特征只在一半的样本中检测到，而另一半则显示出与健康的表皮关系更密切。这些都表明AK 和 cSCC 存在两种亚型，并分别起源于不同的角质形成细胞分化阶段。总而言之，本文利用高通量技术手段研究鳞状细胞aiDNA甲基化在细胞分化过程中特征性分析，为其临床学的应用奠定了基础。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。河北平台表观遗传组测序

CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互相作用的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有**性的意义 在生物学研究中，DNA 与蛋白质之间的相互作用（DNA-Protein Interaction, DPI）是至关重要的，基因的表达、调控、复制、重组和修复，RNA 的转运、翻译和调控，都离不开 DPI，几乎所有的生命活动都会涉及 DPI。 早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。湖南云序表观遗传组测序平台云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法。

为了研究 DPI，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白，是目前全基因组水平研究 DPI 的标准实验技术。 ChIP-Seq 的基本过程包括甲醛交联将细胞内与 DNA 结合的蛋白固定，再裂解细胞，超声断裂 DNA，将 DNA-蛋白质复合物结合在特异性抗体上，再用可以结合抗体的 ProteinA 磁珠将抗体-蛋白-DNA 复合物抓取下来，之后将 DNA 与蛋白解离，将 DNA的片段补平，加 A，加接头，进行高通量测序。 然而，由于 ChIP-Seq 实验过程中的甲醛交联、染色质片段化、免疫共沉淀以及文库构建等步骤繁琐且条件难以控制，常规 ChIP-Seq 实验需要大量细胞，且实验重复性差、信噪比低。

而NGS技术能够检测基因突变。靶向深度测序和基于捕获物测序的方法可以在指定区域进行检测。重要的是，外显子血浆DNA分析开辟了一种新的机遇，即其可以描述突变组的特征，而不需要关注之前或者现在存在的突变。基于NGS的ctDNA全基因组测序，不仅可以发现染色体重组，易位等情况，其对tumsor标记物还具有敏感性和特异性。同时，在选定的情况下，基于NGS的ctDNA测序还能发现体细胞拷贝数的畸变。正是基于以上优势，NGS在ctDNA检测中，开始扮演越来越重要的角色。而基于NGS的ctDNA检测的效果，也在很多临床实验中得到了证实。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumsour中，主要的ai基因转录本是直接来自于环状DNA的。

ctDNA/cfDNA 之所以引起学界这么大的研究热情，与其在临床上广阔的应用前景是分不开的。相比于目前tumsor诊断当中普遍使用的组织活检，ctDNA 测序对患者的伤害小，且可以多次、实时地进行提取检测，在临床运用上具有极大的优势，有助于ai症的早发现、早医治，被誉为“液体切片活检”。ctDNA 的甲基化检测，同时结合了 ctDNA 测序于 DNA 甲基化测序的优势，在ai症检测方面提供更好的特异性和灵敏度。在 2021 年，已有 ctDNA/cfDNA 甲基化测序相关的商业化产品面市客户需提供血浆，血清或体液样本，云序生物为您完成从ctDNA提取。浙江服务表观遗传组测序文章

甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。河北平台表观遗传组测序

EM-seq 的优势相比于传统的WGBS 拥有多种优势： DNA 测序文库质量高、所需 DNA 起始量小 相比于WGBS，EM-seq 对 DNA 的损伤小，因此可以用更少 DNA 样品、更少的 PCR 轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的 EM-seq 服务，所需的 DNA 起始量可低至10ng。 DNA 文库的插入片段更长、更完整 相比于WGBS，EM-seq 处理后的 DNA的片段更完整，长度更长，避免产生测序缺口。出色的 GC 覆盖均一性 无论 GC 程度高低，EM-seq 的覆盖度都有均匀且优良的表现；相比之下，WGBS 测序文库高估了 AT 区，却低估了 GC 区，造成“GC 覆盖度偏误”。河北平台表观遗传组测序