滨海新区m1A环状RNA测序

本研究是由北京大学生命科学学院伊成器研究组领衔，联合化学与分子工程学院王初课题组、分子医学研究所陈晓伟课题组以及美国康奈尔大学钱书兵课题组等单位的一篇研究论文。论文报道的是一项新型RNA甲基化的测序技术，作者将其命名为m1A-MAP。通过这项技术，可在全转录组水平上单碱基分辨鉴定m1A（1-甲基腺嘌呤）修饰位点，作者还通过m1A-MAP绘制了人细胞核和线粒体转录组中不同类型的m1A甲基化组。云序生物是一家比较不错的做RNA甲基化的公司，他们的RNA甲基化口碑很好，m1a环状RNA，云序生物做的比较好，我做了。滨海新区m1A环状RNA测序

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1. m1A-MAP技术及其在tRNA中的验证,利用m1A会导致错配的特性，采用去甲基化酶AlkB来实现m1A去甲基化，对比(-)去甲基化酶和(+)去甲基化酶的结果，捕捉碱基突变的信号，来实现m1A RNA修饰位点单碱基分辨率的鉴定，为了增加检测灵敏度，作者还利用抗体富集的方式来特异性富集m1A的RNA的片段，作者将这个方法命名为m1A-MAP。在哺乳动物中，已知tRNA第9，14和58位会发生m1A RNA修饰，通过这个技术，细胞质中tRNAAsp(GUC)第9位及tRNA第58位都被检测到m1A RNA修饰，以上结果都证实该方法确实可有效单碱基分辨率的鉴定m1A RNA修饰位点。

生物化学表征分析显示：ALKBH1在体外或者细胞内对tRNA中的m1A甲基化都具有去甲基化活性。同时展示了ALKBH1控制tRNA iMet以影响翻译起始，并且m1A甲基化的tRNA优先被招募到多核糖体以促进翻译伸长。ALKBH1介导的tRNA去甲基化控制在翻译中具靶标的效用翻tRNAs,从而直接影响蛋白质的合成。这个过程是动态的，并被人类细胞用于对葡萄糖剥夺作出反应。这一发现打开了一个潜在的可逆tRNA甲基化影响基因表达的新范式。云序生物是一家比较不错的做RNA甲基化的公司，他们的RNA甲基化口碑很好，m1A-MAP揭示核编码和线粒体编码转录本上不同类型的m1A甲基化组。

m6A是mRNA中普遍存在的一种内部修饰，通过多种机制，比如调控mRNA的剪接、表达、降解、翻译等对mRNA的命运产生不同影响。为了探究m6A修饰在不同组织之间、不同发育阶段的差异，m6A位点在转录本上的位置分布，以及这些分布差异可能对基因调控的进化产生怎样的影响，近期Nucleic Acid Research (IF=11.147)杂志上发表了一篇文章Dynamic landscape and evolution of m6A methylation in human, 通过对9种人类组织的m6A测序，分析了m6A甲基化位点在不同组织中的分布特点、潜在调控机制和进化。云序生物为您完成从m1A RNA-seq富集、文库制备、上机测序到数据分析的整套服务流程。东城区平台m1A

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案例2：细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰,原文：Base-Resolution Mapping Reveals Distinct m1A Methylome in Nuclear- and Mitochondrial-Encoded Transcripts,期刊：Molecular Cell 影响因子：15.59,本研究通过单碱基分辨率方法“m1A-MAP”鉴定了细胞核和线粒体中m1A甲基化修饰位点。结果发现大多数m1A甲基化修饰富集在mRNA的5’UTR，小部分符合“GUUCRA”基序的m1A位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A修饰。此外，线粒体编码的转录本中也有大量的m1A甲基化修饰。该研究还表明，位于5’UTR区，尤其是转录本di 一和第二位上的m1A可促进mRNA翻译，而位于编码区的m1A可抑 制翻译作用。因此，m1A测序不仅揭示了核编码和线粒体编码的转录本上不同类型的m1A甲基化修饰，还为进一步m1A甲基化功能验证提供了重要工具。滨海新区m1A环状RNA测序