中国台湾环状DNA结果

为了寻找 eccDNA 基因组来源，研究者选用了非ai细胞系 mESC 作为研究对象，以确保正常的基因组状态。随后，采用前述的方法分离纯化了高纯度的 eccDNA，并采用平行的两种不同方法（滚环扩增+单分子纳米孔测序、Tn5 转座酶片段化后 PCR 扩增+ illumina 高通量测序）对 eccDNA 进行了测序，两种方法均发现，eccDNA 的来源序列普遍分布于整个基因组上，在各条常染色体上表现出高度均匀分布特征。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发，研究发现eccDNA环化多来源于ai基因。中国台湾环状DNA结果

eccDNA 的基因组来源和生物发生机制已然明了，接下来需要明确的就是 eccDNA 的生物学功能了。由于eccDNA 的基因组来源随机，导致其没有明显的序列特征，于是研究者的目光便转移到了 eccDNA 的环状结构上来。 早前有报道发现，凋亡细胞可刺激免疫反应；另一边厢，也有研究认为，包括 TLR9、HMGB1 在内的先天免疫相关蛋白，对弯折的 DNA 结构（DNA curvatures）具有选择性的亲和力。因为 eccDNA 也具有 DNA 弯折结构，所以研究者大胆猜测：eccDNA 可能因为其空间结构特征而在先天免疫过程中发挥作用。中国澳门环状DNA研究联合全转录组测序，可以将环状DNA与mRNA进行联合分析寻找相关性。

2017年：Nature，17种tumour的2572种细胞系的全基因组测序分析，证明eccDNA在tumour组织中普遍存在； 2018年：Nature Communications，健康人的肌肉和血液细胞中分离到超过十万种eccDNA分析，它们绝大部分都携带基因或基因片段，证明eccDNA在正常组织中是普遍存在的； 2019年：Nature Genetics, eccDNA驱动神经母细胞瘤基因组重塑； 2019年：Nature，eccDNA促进染色质可接近性和致ai基因的高表达； 2019年：Cell，功能性增强子自造成染色体外ai基因的扩增。

总的来说，eccDNA的形成是依赖于DNA的序列特征、复制过程和DNA损伤的修复的。从目前已有的研究进展来看，就序列特征而言，串联重复序列会更容易造成eccDNA的形成；并且大部分的eccDNA有段重复序列，但是也有相当的部分没有重复序列，不能与任何附近的序列发生重组；高GC、转录刺激区域，像R-loop形成和修复促进eccDNA的形成；同源重组会切除重复DNA产生序列更大的eccDNA。而就DNA损伤修复而言，研究发现致ai物会提高eccDNA的水平，同时一些特异的DNA损伤修复蛋白是eccDNA形成所必需的，但是还有一些是非必需的。测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。

eccDNA 在染色体上普遍均匀分布的特征也得到了第二种测序方法的验证。与第一种方法中使用滚环扩增不同，第二种方法先采用 Tn5 转座酶将 eccDNA的片段化，而后进行常规的 PCR 扩增和 illumina 高通量测序。第二种方法虽然不能得到全读长的 eccDNA，但能避免滚环扩增所造成的小环扩增倍数多、大环扩增倍数少的偏误。综合两种方法的实验结果，研究者确认了“eccDNA 从哪里来”这个问题的答案——eccDNA 的来源序列普遍、随机、均匀地分布于整个基因组上。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。中国台湾云序环状DNA研究

目前，环状DNA可以作为一种新型特异的tumour标志物。中国台湾环状DNA结果

5. eccDNA具有转录活性 eccDNA能够高效扩增成环序列，这种扩增是否有转录活性？RNA转录本是否onlyonly来源于传统线性的染色体？要回答这一问题，作者通过RNA-seq（云序提供该服务）进行探索，结果发现split-reads，即在RNA-seq测序的结果当中同样发现了能够跨过相同剪切位点的测序片段，这种片段的剪切位点和eccDNA成环的剪切位点序列保持一致，说明环形的eccDNA也具有转录活性，这一点非常重要，这很有可能造成成环基因（尤其原ai基因和耐药基因）在转录本水平的明显高表达从而进一步促进ai症的发生和发展，是非常具有临床意义的研究成果。中国台湾环状DNA结果

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