研究还发现,m6Am 修饰是一个可逆的动态修饰,当细胞遭遇热激、低氧等应激性刺激时 m6Am 水平上升,说明 m6Am 可能在细胞应激反应中扮演了重要角色。近来也有研究发现,除了 mRNA 的较早编码核苷酸残基以外,在 snRNA 内部也有 m6Am 甲基化修饰的分布。虽然 m6Am 修饰早在 1975 年就已经被人类发现,但由于检验手段的匮乏,科学家难以区分出 m6A 修饰与 m6A 修饰,因此直到近年来 m6Am 测序技术逐渐发展成熟,才为进一步深入研究 m6Am 这一重要的 RNA 修饰铺平了道路。RNA 修饰在基因表达调控中扮演着非常重要的角色。吉林DNA甲基化
云序优势 一站式服务 客户只需提供组织、细胞、体液样品或RNA,云序生物为您完成从ac4C RNA富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 抗体富集效率高 acRIP-seq的富集效率是决定数据质量的关键,云序生物acRIP-seq实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。 分子全覆盖 可检测mRNA、circRNA、LncRNA、pri-miRNA、rRNA、tRNA等多类RNA分子ac4C乙酰化位点。 严格的质控 云序生物对acRIP-seq实验每一步骤均设有关键质控,全程监控实验质量,保证客户得到数据。 专业的生物信息学分析 云序生物拥有专业的生物信息分析团队,帮助客户进行实验数据的挖掘。 RNA乙酰化测序与转录组联合应用 可整合RNA乙酰化数据和转录组数据进行生物信息学关联分析,揭示RNA乙酰化对基因表达调控的影响,深入挖掘RNA乙酰化的功能。 江西DNA甲基化m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录。
样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 a) 细胞:1×108 b) 组织:500 mg - 5g c) RNA:100 μg - 300 μg (OD260/280:1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
植物m6A表观转录组修饰的生物学功能尚不完全清楚。CPSF30-L是聚腺苷酸化因子CPSF30的主要亚型,由CPSF30-S和一个m6A结合的YTH结构域组成。CPSF30-L的生物学作用及其在选择性聚腺苷酸化中结合m6A功能的分子机制尚不清楚。在这里,作者揭示了CPSF30-L是拟南芥m6A的“reader”,其m6A结合功能是花卉的转型和脱落酸(ABA)响应所必需的。此外,CPSF30-L的m6A结合活性增强了液体样核体的形成,其中CPSF30-L主要识别m6A修饰的远上游元件,调控聚腺苷酸化位点的选择。m6A甲基化主要通过减少IAP mRNA的半衰期而起作用。
m1A RNA甲基化是一类新发现的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修饰(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA丰度很高的一种转录后修饰,近期研究也表明m1A修饰可调控mRNA翻译。m1A修饰作为一类新型RNA甲基化,其功能和机制都亟待挖掘。 与m6A RNA检测方式一致,针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术,抗体富集的技术原理如下:将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本为未进行IP反应的RAN片段,对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化。DNA甲基化差异
目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术。吉林DNA甲基化
案例1: m6Am 测序揭示了人类转录组中 m6Am 甲基化的动态性 原文:m6Am-seq reveals the dynamic m6Am methylation in the human transcriptome 期刊:Nature Communication 影响因子:13.78 北京大学的研究人员开辟了一种新型的 m6Am 修饰 RNA 的测序方法,使用抗体拉取 5’ 帽子片段富集 m6Am 修饰的 RNA 区域,再在特定生化环境条件下使用 FTO 酶来区分 m6Am 与 m6A 修饰,进而可达到精细至单碱基水平的 m6Am RNA 测序。使用该方法对人类转录组测序的结果显示,m6Am 修饰的分布主要局限于 mRNA 5’ 帽子下游的翻译起始位点,并且多数具有 BCA 的序列 motif 特征(B=C/U/G)。对细胞施予热激、低氧等应激性刺激时,细胞转录组的 m6Am 水平有明显上升,说明 RNA 的 m6Am 动态修饰可能参与了细胞应激性反应。针对低氧环境刺激的进一步 GO 分析显示,m6Am 水平升高的基因与内质网应激调节的生物学过程有关。吉林DNA甲基化
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