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案例1:环状DNA促进染色质的开放和促cancer基因的表达 原文:Wu, S., Turner, K.M., Nguyen, N. et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019) . 期刊:Nature 影响因子:43.07 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配(optical mapping),从序列的角度发现,扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不仅证实了tumour中的环状DNA确实是环状的,还证明了环状DNA的染色质是高度开放的,从而进一步阐释了环状DNA能大量表达cancer基因和其环状结构介导的超远距离相互作用,这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列。中国澳门云序测序

外显子组测序利用序列富集技术特异性的检测基因组中的外显子区域(编码蛋白的DNA区域),能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传突变。与全基因组重测序相比,外显子组测序只针对外显子区域,性价比极高,更适用于大样本量疾病及ai症样本分析。外显子捕获试剂盒: 云序生物采用Agilent外显子捕获试剂盒,不仅能检测全部外显子区域,还能检测与蛋白功能密切相关的UTR区域 专业化的生物信息分析: 云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析要求重庆测序环状RNA测序适用于大多数物种:可以检测几乎任何动植物的环状RNA。

环状DNA连登《Nature》《Cell》等高级期刊,彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知,成为了很有潜力的科研新热点。云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法,用核酸外切酶V消化以去除线性DNA。通过转座酶打开环状DNA的环形结构,并在DNA的片段的两端加上接头。通过Klenow酶修复转座产物的末端缺口。通过温和的酶转化法,将未甲基化的胞嘧啶(C)高效地转化为尿嘧啶(U),后续进行文库构建与高通量测序,从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态,为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。

m5C全转录组测序m5C RNA是近年来发现的一类在tRNA及rRNA高丰度存在的甲基化修饰。利用高通量测序手段验证了非编码RNA以及部分mRNA中m5C存在,但是在不同物种、不同组织中m5C修饰分布图谱尚没有系统性报道。云序生物率先开展m5C RNA甲基化测序服务,采用经典重亚硫 酸盐处理的方式进行测序。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。 样品运输与保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。

外泌体(Exosomes)是一种直径在40~100 nm的圆形单层膜结构,是细胞外泌囊泡中体积较小的一种。外泌体可被大多数细胞分泌,并分布于唾液、血浆、乳汁、尿液等体液中。外泌体中不仅包含蛋白质成分,还包括一些RNA成分,如微小RNA ( microRNA,miRNA)、长链非编码RNA和mRNA、环状RNA(circular RNA,circRNA)。外泌体所携带的这些RNA统称为外泌体来源RNA,具有完整的序列结构和生物活性。外泌体中大约含几百种miRNAs,通过外泌体miRNA测序,研究人员可获得与疾病相关的遗传特征(生物标志物),为将来tumour zhi liao领域通过液体活检来寻找有效药 物。云序生物利用启动子区(TSS-2000-TSS+2000)差异富集峰对应的基因进行GO功能分析。青海修饰测序RNA甲基化

云序生物提供一站式环状RNA实时定量PCR技术服务。中国澳门云序测序

案例1:小肠腺ai的特异性甲基化组图谱 本文通过MeDIP测序研究了小鼠模型小肠腺ai起始过程中的甲基化变化,发现了13,000多个与小肠腺ai发生相关的差异甲基化区(DMRs)。进一步分析发现:组蛋白修饰复合物PRC2的靶基因在高甲基化DMRs中明显富集,说明组蛋白修饰与DNA甲基化密切相关。此外,在不同类型细胞中,通过重亚硫 酸盐焦磷酸测序证实:这些DMRs是腺ai细胞中全新形成的,而不是通过小肠干细胞或未分化隐窝细胞中已有甲基化模式的扩展形成的。更为有趣的是,作者发现了一些DMRs,它们在小鼠腺ai和人类结肠ai间是保守的,并因此找到了一些在结肠ai中受表观遗传修饰的基因,揭示了甲基化修饰作为临床分子标志物的潜力。中国澳门云序测序

上海云序生物科技有限公司是一家上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。的公司,致力于发展为创新务实、诚实可信的企业。公司自创立以来,投身于RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体,是商务服务的主力军。云序生物不断开拓创新,追求出色,以技术为先导,以产品为平台,以应用为重点,以服务为保证,不断为客户创造更高价值,提供更优服务。云序生物始终关注商务服务行业。满足市场需求,提高产品价值,是我们前行的力量。

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