在本研究中,作者对两个玉米(Zeamays)自交系转录组范围内的m6AmRNA分布和多聚体分析进行了平行分析,以评估m6A修饰与翻译状态的整体相关性。m6A位点普遍分布于数千个蛋白编码基因中,局限于一个共识基序内,主要富集于3’UTR区,且m6A修饰在调节替代聚腺苷酸位点的选择中发挥作用。更重要的是,m6A修饰根据其强度和基因位置显示了与翻译状态的多方面相关性。此外,在m6A修饰中观察到大量的种内变异,这种自然变异部分是由基因特异性表达和选择性剪接驱动的。总之,这些发现为鉴定玉米中受m6A修饰的转录本提供了宝贵的资源,并为更好地理解m6A在介导基因表达调控中的自然变异铺平了道路。将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育。云南tRNA甲基化
RNA m6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一,是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。m6A修饰具有多种生物学功能,如调控mRNA翻译、转录以及稳定性等。目前,已在多种植物中发现这种RNA修饰,参与调控不同植物的各方面生物学功能。其中,拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者,许多学者将它作为研究对象,并与m6A甲基化测序技术结合,证实到RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期,并揭示了RNA甲基化相关酶在特殊发育时期,如开花,叶片形成,种子发育,根部生长等过程中发挥重要作用。河北m7G+m3C RNA甲基化m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下,使RNA鸟嘌呤(G)的第七位N上加上甲基的一种修饰。
在这篇文章中,发现番茄果实成熟过程中,mRNA m6A甲基化表现出与DNA甲基化相似的动态变化。RNA甲基组分析表明,m6A甲基化是番茄果实mRNA中普遍存在的修饰,且m6A位点富集于终止密码子周围和3'UTR区。在具有DNA超甲基化的成熟缺陷表观突变体无色非成熟(Cnr)的果实中,有1100多个转录本显示m6A水平升高,而只有134个转录本显示m6A水平降低,表明m6A的整体水平升高。m6A沉积通常与转录本丰度呈负相关。云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。
云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 优化的实验流程: MeRIP的富集效率是决定数据质量的关键,云序生物MeRIP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。 严格的质控: 云序生物对MeRIP实验的各个关键步骤进行严格的质控,全程监控实验质量,确保客户得到优zhi的数据。 专业的生物信息学分析: 云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。 特异性高: 通过抗体特异性富集发生甲基化修饰的RNA的片段,以较低的成本实现转录组范围的RNA甲基化研究。目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术。
样品要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 a)细胞:≥2×107 b)组织:500mg - 1g c) RNA:30μg - 300μg d) 超微量满足500ng - 30μg 样品运输与保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰。dna 去甲基化定量
采用类似ELISA抑 制竞争免疫的方法,实验样本和RNA甲基化标准品与RNA甲基化抗体共孵育。云南tRNA甲基化
目前还没有一种完善的方法可以在单碱基分辨率下对每个转录本进行m6A的鉴定,这对评估m6A丰度是必要的。作者开发了一种新的方法,称为Nanom6A,用于在单碱基分辨率下鉴定和定量m6A修饰,使用基于XGBoost模型的纳米孔直接RNA测序。并使用MeRIP-Seq和m6A-REF-seq验证了此方法,证实了较高的准确性。利用这种方法,作者进行了毛果杨茎分化木质部中转录组范围的m6A修饰定量分析,揭示了不同的可变聚腺苷酸化(APA)量会导致不同的m6A修饰比例。云南tRNA甲基化
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