宁夏文章 表观遗传组测序介绍

不同于已经得到深入研究的基因组 DNA 的表观遗传修饰，ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域，对于科研者来说是一个尚待挖掘的金矿。既然如此，那我们是不是可以按图索骥，直接将基因组 DNA 甲基化修饰研究的传统方法照搬到 ctDNA 的5mC 甲基化修饰研究上来呢？答案是否定的：因为 ctDNA 含量低、缺乏染色质结构的保护，若直接将研究基因组 DNA 的 5mC 修饰的传统方法应用于 ctDNA，则会遇到南橘北枳的困境，云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。目前，环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsour标志物。宁夏文章 表观遗传组测序介绍

案例1. ATAC-Seq与RNA-Seq关联分析 期刊：The Plant Cell 影响因子：8.23 原文：EGRINs (Environmental Gene Regulatory Influence Networks) in Rice That Function in the Response to Water Deficit, High Temperature, and Agricultural Environments 本篇文章是利用ATAC-seq与RNA-seq联合分析的经典案例。作者选择5个不同的水稻品种，对它们分别进行热处理和干旱处理以模拟高温和缺水这2种胁迫环境。进一步通过对这种胁迫处理的5个水稻品种进行RNA-seq检测RNA的表达差异和ATAC-seq检测染色质开放区域差异。再联合ATAC-seq数据和RNA-seq数据，以及转录因子的motif信息。构建植物应激的转录因子-靶基因的调控网络图，并寻找关键的转录因子-靶基因模块，预测了关键转录因子活性。完成植物在应激情况下反应相关的转录因子的研究。上海云序表观遗传组测序介绍目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA。

案例2 ：鼻细胞表观基因甲基化作为儿童哮chuan和气道炎症生物标志物的研究 期刊：Nature Communication 影响因子：11.878 本文作者研究团队首先借助850K甲基化芯片平台对547名儿童鼻孔细胞表观基因组做了DNA甲基化检测分析，并对当前的哮chuan、变应原致敏、变应性鼻炎、呼出气一氧化氮(FeNO)和肺功能进行了鼻表观基因组关联分析(EWAS)。结果显示DNA差异甲基化主要发生在哮chuan相关基因、参与Th2和嗜酸性反应的基因、以及可能改变呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者还发现发现随着过敏和哮chuan生物标志物的升高，表观遗传年龄会加速。综上所述，鼻细胞外基因组甲基化可以作为哮chuan、过敏和气道气道炎症的敏感生物标志物，以及这些表型的特异性生物学过程。

本文作者利用850K芯片分别检测健康表皮、光化性角化病表皮、皮肤鳞状细胞ai表皮的DNA甲基化状态，发现AK甲基化显示出经典的tumsor甲基化的结构与cSCC的结构高度相似，通过降低DNA甲基化年龄、非CpG岛甲基化、干细胞相关的角蛋白和增强子甲基化模式进一步分析，证实了干细胞甲基化的典型特征。同时还发现这些特征只在一半的样本中检测到，而另一半则显示出与健康的表皮关系更密切。这些都表明AK 和 cSCC 存在两种亚型，并分别起源于不同的角质形成细胞分化阶段。总而言之，本文利用高通量技术手段研究鳞状细胞aiDNA甲基化在细胞分化过程中特征性分析，为其临床学的应用奠定了基础。文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是：呈甲基化状态以及被clear 原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance 期刊：Clinical Chemistry 影响因子：8.322 近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外clear效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速clear。总之，该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。在治 疗过程中，ctDNA甲基化水平与ai细胞数量呈正比。贵州文章 表观遗传组测序案例

游离于染色体基因组之外的DNA 被发现常常以环状的形式存在。宁夏文章 表观遗传组测序介绍

为了研究 DPI，科学家发明了很多方法：凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白，是目前全基因组水平研究 DPI 的标准实验技术。 ChIP-Seq 的基本过程包括甲醛交联将细胞内与 DNA 结合的蛋白固定，再裂解细胞，超声断裂 DNA，将 DNA-蛋白质复合物结合在特异性抗体上，再用可以结合抗体的 ProteinA 磁珠将抗体-蛋白-DNA 复合物抓取下来，之后将 DNA 与蛋白解离，将 DNA的片段补平，加 A，加接头，进行高通量测序。 然而，由于 ChIP-Seq 实验过程中的甲醛交联、染色质片段化、免疫共沉淀以及文库构建等步骤繁琐且条件难以控制，常规 ChIP-Seq 实验需要大量细胞，且实验重复性差、信噪比低。宁夏文章 表观遗传组测序介绍

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