中国香港修饰表观遗传组测序文章

ChIP-Seq（Chromatin Immunoprecipitation Sequencing）因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况，因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性：需要大量细胞投入（106-107），甲醛交联易导致假阳性或假阴性，对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感，整体实验步骤复杂耗时长，测序数据背景信号高等，这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。中国香港修饰表观遗传组测序文章

1）样品类型：tumsor患者的血浆、血清或 cfDNA。 血浆和血清相比较而言，推荐使用血浆，以减少淋巴细胞来源的 cfDNA 干扰。 2）样品量：血浆>5mL；血清>10mL；cfDNA>10 ng。 3）血浆提取： 使用 EDTA 抗凝管收集全血，切勿冷冻保存，只能在 2-8℃ 冰箱短暂存放，并尽快进行低温离心获取血浆。 若不能进行低温离心，则需要使用添加专有稳定剂的 STRECK 无创管来保存全血，可在常温条件下离心。 为了消除残留的细胞，血浆需要进行二次离心：first在 4℃ 条件下以 1600g 离心 10 分钟；第二次在 4℃ 条件下以 16000g 离心 10 分钟。 4）样品保存：血浆、血清样品液氮速冻后 -80℃ 冰箱保存。样品保存期间避免反复冻融。 5）样品运输：封口膜封好样品，干冰运输。辽宁服务表观遗传组测序环状DNA连登《Nature》《Cell》等期刊，彻底颠覆了人们对基因遗传的传统认知。

指导用药：与传统组织相比，取样简单、相对无创。采用ctDNA检测相应驱动基因突变，指导靶向医治。也可同时进行耐药突变检测，指导耐药后医治。 tumsor代表性：tumsor异质性强，传统组织样本的检测有时会因代表性欠佳而使医治失败。ctDNA能更好的反映tumsor全貌，有效避免tumsor异质性难题。 实时监控：无创易获取的特点，使ctDNA样本能随时获得，对全程医治中的各个时间点进行相应突变的实时监控，动态监测满足了个体化医治时代的需求。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是：呈甲基化状态以及被clear 原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance 期刊：Clinical Chemistry 影响因子：8.322 近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外clear效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速clear。总之，该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。游离于染色体基因组之外的DNA 被发现常常以环状的形式存在。

CUT&Tag 有望将蛋白与染色质 DNA 互相作用的研究变成了一种类似 PCR 反应的常规操作，对基因调控、表观遗传等领域的研究具有**性的意义 在生物学研究中，DNA 与蛋白质之间的相互作用（DNA-Protein Interaction, DPI）是至关重要的，基因的表达、调控、复制、重组和修复，RNA 的转运、翻译和调控，都离不开 DPI，几乎所有的生命活动都会涉及 DPI。 早在十九世纪后期，科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用，从那以后，他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。但新的研究表明：无论是在正常体细胞还是ai细胞中，都存在大量染色体外环状DNA。中国香港修饰表观遗传组测序文章

客户只需提供血清血浆，云序生物为您完成环状DNA富集，甲基化位点转化。中国香港修饰表观遗传组测序文章

案例1：ctDNA羟甲基化可作为人类ai症诊断的分子标志物 期刊：Cell Research 影响因子：15 本篇文章的作者是复旦大学华山医院的刘杰教授课题组与芝加哥大学何川教授课题组合作通过检测不同ai症样本中ctDNA羟甲基化分布和水平。本文通过ctDNA羟甲基化检测技术，在全基因组范围内，检测ai症与健康人中ctDNA羟甲基化的水平。检测的ai症类型包括肠ai，胃ai，胰腺ai，肝ai，甲状腺ai，检测组织类型包括ai症及ai旁组织，血浆和白血球。结果发现，5hmC主要分布在基因组的转录活性区，可能与开放染色质和允许组蛋白修饰相关。同时，5hmC对特定ai症类型高敏感，如肠ai和胃ai。总的来说，ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。中国香港修饰表观遗传组测序文章

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