上海m5c环状测序

研究背景： 利用高通量测序手段，研究者们在拟南芥、小鼠、果蝇和人体内都发现了环状RNA的高度表达，证明了环状RNA在不同物种中存在。目前，已经进行过环状RNA研究的物种数量还非常有限，环状RNA数据库circBase中已收录的物种有7个。作为一种重要的模式生物，非洲爪蟾的环状RNA尚未见报道。本文通过云序生物提供的一站式环状RNA测序、环状RNA定量PCR、环状RNA的RNase R耐受性实验和生物信息学服务于全世界进行了非洲爪蟾环状RNA表达谱的构建，为后续研究脊椎动物环状RNA的生物学功能奠定了基础，非常具有借鉴意义。大多数来源于外显子，少部分由内含子直接环化形成。上海m5c环状测序

3.2 RNA pull-down+MS/WB/qPCR/RNA-Seq 设计目标RNA生物探针把相应的结合蛋白质与RNA复合物沉淀下来，蛋白质谱检测或WB检测与RNA结合的蛋白。设计目标RNA生物探针把相应的结合蛋白质与RNA复合物沉淀下来，qPCR检测或RNA-seq检测与RNA结合的RNA。 3.3 双荧光素酶报告实验 双荧光素酶报告实验检测两个基因之间的互作。 3.4 病毒液以及siRNA设计 提供circRNA过表达以及干扰慢病毒，腺病毒以及设计siRNA。 四、CircRNA修饰研究 4.1m6A/m5C/ac4C/m7G/m1A等修饰 针对环状RNA各类修饰进行高通量筛选。 4.2 MeRIP-circRNA-PCR验证 对高通量测序的结果，通过qPCR进行进一步验证。内蒙古m1A环状DNA测序云序生物提供一站式环状RNA实时定量PCR技术服务。

鸡白血病病毒亚群（ALV-J）是一类逆转录病毒，该病毒会引起一种重要的感ran性疾病。患病的家禽会导致产蛋率的下降，大面积影响到家禽养殖产业。感ranALV-J的鸡免疫系统会受到严重的抑制并引起多种tumour疾病从而产生很高的死亡率，目前还不能通过接种疫苗的方式来防御这种疾病。来自华南农业大学广东省重点实验室的研究团队通过环状RNA测序的方式研究了病毒抗性与病毒易感的鸡肝脏组织当中环状RNA的表达，发现了32个差异表达的环状分子，其中12个在ALV-J抗性样本中表达量明显升高，而20个在易感样本中表达量更高，而生信预测表明这些环状RNA分子能够调控免疫分子通路的信息传递从而改变生物体的抵抗力。

ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下，使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰（N4-acetylcytidine）。早期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上，导致Watson-Crick碱基热稳定性增加，调控蛋白合成中的编码准确性；近期研究发现ac4C分布在人类转录组中，大多数位点出现在编码序列（CDS）内，并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。目前，ac4C RNA乙酰化修饰作为一类新型RNA修饰，是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点和“超级潜力股”！环状RNA(circular RNA，circRNA)是新发现的一类新型非编码RNA分子。

研究思路： 作者首先分离了采用除草剂处理的雄性非洲爪蟾的睾丸组织，提取RNA，通过全转录组测序检测样本中环状RNA的表达变化。结果发现405个差异表达的环状RNA，其中44条上调和361条下调，这暗示着这些环状RNA可能在AZ污染过程中发挥作用。接下来通过环状RNA定量PCR检测和RNase R耐受性实验验证了环状RNA的表达量和结构。随后通过生信分析如GO及KEGG分析对差异表达的环状RNA进行了功能预测。GO分析表明这些RNA分子主要参与19条信号通路，其中Wnt信号通路和黄体酮介导的卵母细胞成熟通路可能是AZ污染涉及的信号通路。CircRNA-miRNA互作网络图揭示了环状RNA作用靶miRNA及可能的功能。本文研究了非洲爪蟾的环状RNA表达谱，为后续分子机理详细研究提供诸多靶分子。环状RNA在未来可能成为一种新型的生物标志物。江西m5c环状RNA实时定量PCR

环状RNA（circRNA）是一类特殊的非编码RNA分子，也是RNA领域新的研究热点。上海m5c环状测序

人、大鼠、小鼠来源的环状研究已经取得了一定进展，农学背景的云序客户也在自己擅长的生物标本中进行了环状RNA研究，证明了环状在多个物种当中都起到了重要的生物学作用。河南农业大学研究团队出环状分子可以调控小麦在环境压力下对光合作用、卟啉、叶绿素代谢、氧化磷酸化以及氨基酸的生物合成等方面起到应答性的调控作用，天津医科大研究团队在快速心房起搏（rapid atrial pacing，RAP）犬模型的心房组织中探寻circRNA-miRNA网络，预测环状分子在离子通道活性和细胞骨架结构成分中起重要作用。莠去津（Atrazine, AZ）是一种环境内分泌干扰物，可以影响两栖动物发育过程。山东职业卫生研究中心研究团队通过比较AZ诱导发育异常组织和正常非洲爪蟾组织中环状分子的异常表达，推测环状分子可以参与wnt信号通路与孕酮介导的卵母细胞成熟信号通路。类似的，其他云序客户发表文章中还关注到了斑马鱼、鸡等其他物种当中环状RNA的重要生物学作用。上海m5c环状测序

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