北京测序环状RNA

案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文：Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊：Genome Biology 影响因子：13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞（ESC）和脑组织（n=3）作为实验样本，利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明，ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域（CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等）进行了关联分析。结果表明，总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中，3’-UTR区m5C的分布区别很大，这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。云序优势 适用于任何物种：可以检测几乎任何动植物的环状RNA。北京测序环状RNA

案例1：m5C RNA甲基化调控mRNA出核新机制 原文：5-methylcytosine promotes mRNA export — NSUN2 as the methyltransferase and ALYREF as an m5C reader 期刊：Cell Research 影响因子：15.60 中科院汪海林等研究团队揭示了m5C修饰在mRNA的分布图谱规律及其对调控mRNA出核作用新机制。研究人员建立了改进的RNA m5C单碱基分辨率高通量测序与生物信息分析技术，以此揭示mRNA m5C的分布规律，并绘制了精细的m5C修饰图谱，发现m5C在mRNA的翻译起始位点下游有明显富集，并且主要分布于CG富集区域。通过分析对比人和小鼠不同组织，发现m5C在mRNA上的分布特征在哺乳动物中十分保守，而在不同组织中修饰的基因具有特异性。研究团队同时发现，在小鼠睾丸发育过程中，动态的m5C修饰基因明显富集于精子发育相关功能，提示m5C修饰参与生殖发育调控。浙江上海云序生物测序云序采用多种方法高效地富集环状DNA，环状DNA检出率高。

m7G lncRNA测序 m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下，使RNA鸟嘌呤（G）的第七位N上加上甲基的一种修饰（N7-methylguanosine，m7G）。研究表明，m7G RNA甲基化修饰存在于各类分子中，包括：mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA（tRNA）和核糖体RNA（rRNA）。m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录、miRNA的生物合成和生物学功能、tRNA稳定性、18S rRNA的核内加工及成熟。m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化，近两年高影响因子文章不断，是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。

案例1：拟南芥花叶根组织m6A RNA甲基化谱 原文：Transcriptome-wide high-throughput deep m6 A-seq reveals unique differential m6 A methylation patterns between three organs in Arabidopsis thaliana 期刊：Genome Biology 影响因子：13.21 西北农林科技大学联合中科院和普渡大学，借助m6A RNA甲基化测序技术，对比拟南芥花，叶，根组织中（每种组织有两个生物学重复）m6A RNA甲基化情况。结果发现检测组织中m6A RNA甲基化修饰程度比人类高10%左右，占转录组的83%。云序生物对m5C RNA-Seq实验每一步骤均设有关键质控，保证客户得到更佳数据。

组织细胞环状DNA测序： 游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）；（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。环状DNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。云序生物利用启动子区(TSS-2000 ~ TSS+2000)富集峰对应的基因进行通路分析。浙江上海云序生物测序

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云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术，技术原理如下： 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有乙酰化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。北京测序环状RNA

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