对 m6A 读码器及其功能的了解正在迅速加深。越来越多的研究表明,新的 m6A 结合蛋白在不同的细胞类型和模型系统中具有新的作用。m6A 结合蛋白通常含有 YTH(YT521-B 同源性)结构域。RNA 下拉显示,含有 YTH 结构域的蛋白质通常是 m6A 结合剂8。这些含有 YTH 结构域的不同蛋白质已经表现出了与其 m6A 结合能力相关的广fan作用范围。与 YTHDF2 结合的 m6A被认为在 mRNA 稳定性方面发挥作用9。众所周知,YTHDF1 可以提高翻译的效率10。YTHDC1 在 m6A 介导的选择性剪接中具有重要意义11。并非所有 m6A 结合蛋白都含有 YTH 结构域。eIF3 在翻译上游发挥作用,并且已经证实该蛋白质在 5'UTR 内会优先结合 mRNA 中的 m6A,增强翻译作用12。下载我们的 m6A 通路海报,了解 m6A 读码器及其功能的更多相关信息。m6A修饰研究火热程度很高。虹口区m6AmicroRNA甲基化测序
m6A修饰几乎涉及RNA代谢的所有方面,含m6A基因的转录组分析也揭示了相关的功能途径与RNA代谢有关。基于甲基转移酶和去甲基酶的定位,m6A可以在核或细胞质中被引入或去除。m6A可能对RNA具有不同的作用,这取决于它在细胞核还是细胞质中被检测到。 目前,已确认m6A具有的几个功能。m6A作为mRNA的普遍的修饰,在含有METTL3的甲基转移酶时mRNA前体转录后立即发生m6A甲基化;而FTO和ALKBH5负责m6A去甲基化。 通过甲基转移酶和去甲基化酶之间的相互作用,m6A水平保持平衡,形成m6A结合蛋白的对接位点和RNA二级结构的适当组装。具有足够的m6A水平的mRNA转录物可被适当剪接,转运,翻译或降解。而不平衡的m6A调节将在上述每一步引起RNA代谢的缺陷。重庆m6A价格m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰。
作者首先从 TCGA 的公开数据中发现,肺腺ai组织中的 FTO 表达水平低于邻近的正常组织,然后对 FTO 的 mRNA 进行 qPCR 实验,验证了这种表达差异的存在。免疫组化染色实验也证实 FTO 的的表达水平在肺腺ai组织中要低于邻近的正常组织。Kaplan-Meier 分析显示,低 FTO 表达水平的病患拥有较低的总生存率。 在人类肺腺ai细胞系中对 FTO 的 mRNA 的敲降实验发现,FTO 表达的降低可明显增强细胞的增殖以及非锚定依赖性生长(Anchorage-independed growth)的能力,细胞周期的速度也更快,细胞迁移和侵入性也更强。在体内实验方面,若将 FTO 敲降的细胞系注入无胸腺裸鼠的尾静脉内,相比于注入未敲降细胞的对照组,FTO 敲降的实验组中的tumour细胞有明显地向肺部转移。上述发现都指向一个结论:FTO 在肺腺ai细胞中的下调促进了tumour的生长和转移。
m6A是通过一个复合物加到mRNA上的(Figure1),这个复合物有多个亚基,包括METTL3,METTL14,WTAP,VIRMA,ZC3H13,HAKAI,RBM15/15B。其中包括以下成员:METTL3/14,全称是methyltransferase-like 3/14,即甲基转移酶3/14, 这两个甲基转移酶是这个复合物的he心成员,其中MELLT3起催化作用,MELLT14促进复合物与RNA结合。WTAP,全称是Wilms tumor 1-associating protein,其功能是结合METTL3/14,诱导它们向底物招募以及定位。VIRMA,全称是Vir like m6A methyltransferase associated,功能是将m6A与3'UTR结合。ZC3H13,全称是zinc finger CCCH-type containing 13,功能是诱导写入器复合物向核内转移。RBM15/15B全称是RNA binding motif protein 15/15B,功能是与尿嘧啶富集区域结合,促进某些RNAs的甲基化。m6A试剂盒采用高盐/低盐缓冲液连续洗脱的流程可以大幅降低背景噪音。
首先,作者发现了肺腺ai当中 m6A 去修饰化酶 FTO 的异常低表达,就此选定 FTO 这个酶为研究对象。紧接着,作者敲降 FTO 以控制变量,以研究 FTO 这个酶在肺腺ai中所发挥的功能。下一步,作者从上游和下游两个方向筛选出与 FTO 基因或 FTO蛋白发生互作的分子:一方面,通过一系列 Co-IP、ChIP 和荧光素酶报告实验,作者证明 FTO 基因是 Wnt 信号通路的靶基因,Wnt 诱导的 EZH2/β-catenin/LEF/TCF 复合体结合于 FTO 基因启动子区域的 TBE 元件区域,通过组蛋白 H3K27me 的甲基化抑制了 FTO 基因的转录;另一方面,通过 m6A MeRIP-seq 和生信预测,作者筛选出 MYC 作为 FTO 蛋白的靶基因,并通过一系列的 MeRIP-qPCR、RIP 和荧光素酶报告实验,证明 c-Myc 蛋白的表达量是跟随 FTO 蛋白表达量变化的因变量。发表10分以上文章较多的m6A RNA甲基化测序服务平台。广东m6A文章
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一旦参与m6A修饰的酶出现异常将会引起一系列疾病,包括tumour、神经性疾病、胚胎发育迟缓等。此外,一些非编码RNA如lncRNA、tRNA、rRNA以及剪切体RNA在转录前后,也存在大量的碱基修饰活动。虽然近几年,关于RNA修饰的研究数量开始增多并慢慢成形,一些深入性的机制研究仍有大量的工作待全球的科学家去完成。但是无论如何,coding RNAs和non-coding RNAs上发生的动态修饰dai表了一种全新的遗传信息调控方式。云序生物聚焦于科研前沿领域,针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。虹口区m6AmicroRNA甲基化测序
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