云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术,技术原理如下: 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。环状RNA是新发现的一类新型非编码RNA分子。江苏测序平台
目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术,云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务,技术原理如下: 将甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有甲基化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA甲基化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA甲基化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA甲基化程度。安徽服务测序m6A环状RNA测序,云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。
案例1:哺乳动物mRNA内m7G甲基化转录组图谱 期刊:Molecular Cell 影响因子:14.25 由于全部种类的反转录酶均无法将RNA m7G位点逆转录成对应发生碱基突变的cDNA,为了准确的探究RNA内m7G甲基化情况,何川团队利用m7G自带正电荷的特征,开发了新的m7G单碱基深度测序方法。该方法能够将RNA内含m7G位点转化为另一种可产生反转录碱基变异的新位点,并依据碱基变异率估计m7G位点的甲基化水平。此方法随后也被证实可检测18S rRNA中的1639位内含m7G位点以及可揭示人类细胞tRNA中的22个46位内含m7G位点。并观测到其在mRNA分布、富集的共有序列及其它统计特征与m7G-MeRIP-seq数据基本保持一致。该文章不仅揭示了m7G甲基化在人类细胞中的分布特征,同时还发现METTL1是一种甲基转移酶,它在mRNA中催化了m7G甲基化修饰,并表明m7G的内部甲基化可以影响mRNA的翻译。
云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务,低需1ng ctDNA既可进行测序。客户只需提供血浆,血清或体液样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 云序生物率先推出两种ctDNA甲基化测序服务。(1)免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq):通过5mC抗体特异性抓取基因组上发生甲基化的ctDNA的片段,并结合高通量测序技术,高性价比检测ctDNA甲基区域;(2)单碱基测序(Bis-Seq):采用经典重亚硫 酸盐处理的方式,未发生甲基化的C碱基会转换成U,发生甲基化的C碱基还是C,并结合高通量测序技术,可对ctDNA甲基化进行单碱基精确定位。云序生物提供一站式环状RNA实时定量PCR技术服务。
样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 测序样品量 1.单碱基测序方式: a) 细胞:≥1×108 b) 组织:500 mg - 5 g c) RNA:100 μg - 300 μg 2. MeRIP测序方式: a) 细胞:≥2×107 b) 组织:100mg - 1g c) RNA:30 μg - 300 μg d) 超微量满足500 ng - 30 μg 样品运输及保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。云序采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。新疆云序测序RNA甲基化
云序生物acRIP-seq实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程。江苏测序平台
案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文:Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊:Genome Biology 影响因子:13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞(ESC)和脑组织(n=3)作为实验样本,利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明,ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域(CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等)进行了关联分析。结果表明,总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中,3’-UTR区m5C的分布区别很大,这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。江苏测序平台
上海云序生物科技有限公司一直专注于上海云序生物科技有限公司于2015年3月成立,坐落于上海漕河泾新兴技术开发区,专注于表观修饰以及转录组领域,依托于高通量测序、定量PCR、质谱技术和生物信息学等技术,集科研服务、医学检测、产品研发于一体的****。,是一家商务服务的企业,拥有自己**的技术体系。一批专业的技术团队,是实现企业战略目标的基础,是企业持续发展的动力。上海云序生物科技有限公司主营业务涵盖RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体,坚持“质量保证、良好服务、顾客满意”的质量方针,赢得广大客户的支持和信赖。公司力求给客户提供全数良好服务,我们相信诚实正直、开拓进取地为公司发展做正确的事情,将为公司和个人带来共同的利益和进步。经过几年的发展,已成为RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体行业出名企业。