首先，微生物菌剂促生根的原理不同于生根剂生根粉促生根的原理。
生根剂生根粉促生根的原理：在作物生产应用中有吲哚乙酸、吲哚丁酸、萘乙酸，御根生，br生根剂，复硝酚钠等多个成分，是在植物体内维持植物的顶端优势，诱导同化产物向产品（果实）运输，促进植物生根等。
微生物菌剂促生根的原理：通过施入土壤后开始繁殖分泌出来的分泌物比如几丁质酶，生根素等物质改善土壤环境，间接作用于植物，并不是直接作用植物，基本适用于所有植物。
其次，微生物菌剂促生根的持效期更长，不仅能够爆发式生根，还可以持续生根，且作物长势更健康。
我们都知道，生根粉的使用持效期短，且一般都有一个使用浓度范围说明，太低效果不明显或者没效果，太高不但没有效果还可能***生根或引起药害、伤根伤苗，甚至造成植物死亡。 根是作物健康生长的关键，根不好了，作物很难健康生长，作物根系问题不容忽视。宁夏大丰收微生物菌剂技术指导
不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。几十年前，大量的化肥种植方式致使土壤板结；果蔬不再如**初般绿色纯粹；粮食的成长一季快过一季，农产品的产量越来越高了，却不再吃的安心了，生活越来越好了，却不再吃的尽兴了。至此改变了经济发展与农业发展的桎梏，从化肥、农药、***再到绿色农用生物制品。致力于通过活性菌微生物方案解决土壤板结、环境污染、空气污染、农产品品质下降问题，让大地重回自然！西藏功能性微生物菌剂技术指导土壤功能退化及污染加剧，作物生长不良、病害加重、品质下降及产量降低甚至绝收等问题日益严重。
目前市场上的微生物菌剂大多数是用于土壤中，抗病、抗重茬等，但是也有用于杀菌剂、少量杀虫剂。品类多，同质化产品也不少，各个生产厂家推广的卖点也是多种多样。
市场上微生物菌剂产品众多，对于经销商或者种植户而言，很难辨识出好的产品，而认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好，其实这是一种片面认知。
不仅要看菌的数量，还要看其在土壤中的定殖活性。
菌衡量标准为“有效活菌数（CFU）”，单位为“亿/g或亿/ml”，数量不能**全部，不但要看菌数量，还要看有效活菌的数量，使用后起作用的只有活菌，有益活菌数量越大效果会表现越好。影响产品使用效果的因素除了菌的种类及数量外，菌的纯度至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用，在国家标准中，对此均有详细的标定。
很多时候，如果推广不到位，很容易让农户对微生物菌剂理解产生偏差，让农户陷入观念误区，影响了产品的深度推广。
微生物菌剂施入土壤，微生物生长是受环境影响的，并非使用后立马见效，也不是一次使用就长期见效。
部分微生物菌种施入土壤后会大量繁殖，当数量达到一定程度后就会成为优势菌群，但随着外部环境的改变，如化肥的超量使用、杀菌剂的使用、焖棚、高温等，都会导致有益菌死亡，从而影响有益菌群在土壤微生物系统中的地位，要继续保持有益菌群的地位，就需要在作物的生长期多次使用微生物肥料来补充有益菌。再者微生物菌剂是土壤中微生物的补充，加速分解，它不能替代化肥，用微生物肥料不能完全替代化肥，但可以提高肥料利用率，减少部分化肥的投入。 大量的镉、砷、铬、铅等重金属沉积在土壤中，导致土壤受到严重污染。
进入九月份，不少蔬菜作物已经准备移栽定植或刚定植完，在这一阶段作物需要促生新根，快速度过缓苗期。如果作物在苗期生根少、发棵慢、成活率低，会导致中期作物长势变弱，后期也更容易出现早衰、产量降低等情况。追本溯源，这些情况大多都是和根系有关。根是作物健康生长的关键，根不好了，作物很难健康生长，作物根系问题不容忽视。因此，很多**建议，在定植前后施用合适的微生物菌剂来帮助作物更好地生根护根、预防死苗烂根、提高幼苗成活率。因此，微生物菌剂与有机肥搭配施用，可将肥效达到1+1＞2的效果。新疆经济型微生物菌剂技术指导
有效菌可以分泌赤霉素、细胞分裂素、生长素等物质，可以刺激、调节、促进作物的生长发育，利于作物增产。宁夏大丰收微生物菌剂技术指导
作物在定植后很容易出现烧苗、闪苗、沤根现象，引发枯萎病、疫霉根腐病、腐霉根腐病、茎基腐病、青枯病等病害。这些病害主要是由于一些土传病害引起的，土传病害在温室中发生**为普遍、危害**为严重，例如瓜类、茄果类、豆类等。
定植前后施用一些微生物菌剂等措施进行防治。微生物菌剂里面的哈茨木霉和枯草芽孢杆菌，能在作物根系周围形成一种“保护罩”，既能够有效地防止病虫害侵染作物根系，减少作物病虫害的发生，又不至于同时杀死土壤中的大多数活性有益菌，还能丰富土壤中的有益菌含量，以菌治菌，改善作物生长环境，提高作物长势情况、提高作物抗逆能力。 宁夏大丰收微生物菌剂技术指导
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