土壤有酸碱之分，有机菌肥也有pH值，菌又有***、细菌之分。中性和微酸性土壤宜施细菌性有机菌肥。碱性土壤宜施丝状微生物的***有机菌肥，施用后能固定空气中的氮，帮助果树利用其他状态存在的氮素养分。
其实土壤中微生物也很多，数量也很**部分微生物对作物的生长发育、土壤的团粒结构、物质循环都有很大影响。还能分解有机质和矿物质，释放出营养元素供作物吸收利用。
酸性土壤施了碱性有机菌肥，酸碱中和降低了肥效，也使菌种受到伤害。有些菌是需氧性很强的菌种，如放线菌、霉菌类等施在板结透气性差的土壤中，别说发酵繁殖，菌种本身都难以成活。 土壤功能退化，作物生长不良、病害加重、品质下降及产量降低甚至绝收等问题日益严重.南宁生物菌肥阶格
所以大部分生物菌的活菌在包装之前**多就是抽离水分的干燥处理而已，在包装过程中往往还有许多活菌处于活跃状态，它们在包装后的贮存期间必须进行自我休眠，但在这个过程中，活菌会死掉不少。这也是市面上活菌制剂的质量良莠不齐的主要原因之一。
而生物菌肥里的活菌往往在包装之后不能自动休眠，而始终处于活跃状态。一旦贮藏的时间过长，这些活菌基本上都死了，只剩下普通肥料的肥效。
还有就是，无论是在包装之前就进入休眠状态的活菌，还是包装后自动休眠的活菌，肯定都需要一个***的过程。但是许多生物菌剂或者生物菌肥的厂家都在其推广宣传中忽略了这一点，导致农民在使用方法上无法做到科学准确，自然也就得不到预期的效果了。 成都**生物菌肥土壤板结、酸化、次生盐渍化、以重金属含量超标为**的土壤污染严重、作物重茬死苗烂根严重等现象。
“菌肥”的6个认知误区：
误区1：靠见效速度评价产品好坏，认为见效快的就是好菌剂或菌肥
肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期，这是与化学肥料和植物调节剂的比较大区别，也就出现了微生物肥料***性不如后两者的现象。
见效慢并不意味着品种是无效果的，能在较短时间内看到作物长势明显改善的品种未必是好品种，其中也不乏一些添加了植物调节剂的品种。
误区2：种类混乱，分不清使用的是菌剂还是菌肥
农用微生物菌剂是指目标微生物（有益菌）经过工业化生产扩繁后制成的活菌制剂；微生物菌肥包含复合微生物肥料和生物有机肥，分别指目的微生物经工业化生产增殖后与营养物质和主要动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理的有机物料复合而成的活菌制品。
菌剂、菌肥比较大的区别在于产品中营养物质及有机物料的含量，使用中需结合实际需求选择对路产品。
菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。
更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
一般的生物菌持效期都是在90天左右。因为驯化后的活菌**多只能保持2~3代的现有性状繁殖，然后出现退化。
来自河北省保定市满城区段旺村的葡萄果农李占国，前些年，因为果园偏盐碱。
种植七八年的“巨峰”葡萄出现黄叶现象，而且越来越严重，他于是加量施肥，结果黄叶越来越多，产量还降了，后来技术人员判断说是化肥使用过多，伤根严重。
于是改用菌肥进行调理，半年后，叶片宽大浓绿有光泽、厚实，比之前有很大改观。秋季收获时，葡萄上色好，均匀，糖度达19.3Brix%，甚是喜人！甘肃省平凉市静宁县威戎镇新胜村的果农王宏斌的果树树龄已12年，之前树势较弱，果子整体偏小，产量不高，连续使用菌肥后，树势增强，果个变大，亩产接近5000斤，成了名副其实的高产园。去年在其它果园果价1.5元左右的情况下，他的苹果以2.7元/斤的高价被果商收购。 微生物在土壤中物质和能量的输入输出中扮演着非常重要的角色，是物质循环链上的重要环节。济南生物菌肥零售价格
强降雨也会让菌肥效果降低。大多数微生物菌肥中的菌都是有氧细菌，需要有氧呼吸。南宁生物菌肥阶格
土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但**起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。
在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。 南宁生物菌肥阶格
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