菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。
更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。
近几年， 随着“绿色农业”的兴起和发展，重视农产品的品质，生物肥料的生产和发展也越来越受到人们的重视。陕西生物菌肥
1、化肥中不含有机质、腐殖质，因此大量使用化肥，土壤由于有机质和腐殖质的缺乏，土壤团粒结构遭到破坏，造成土壤板结，农植物产量下降。
2、化肥利用率低，氮肥因为易挥发、流失，利用率只有30%-50%，磷肥的利用率才10%-25%，因为磷酸根化学活性活泼，施入土壤后大部分磷与土壤中的Zn2+、Mg2+、Ca2+、Fe3+、Al3+等阳离子结合形成难溶性磷肥。钾的利用率也只有50%左右。
3、化肥大量使用使蔬菜瓜果品质**下降。由于作物不仅*需要氮磷钾，同时还需要钙铁锌硒等许多微量元素，而化肥一般成分比较单一，所以长期使用化肥必然导致土壤中所含养分趋于单一，易使作物营养失调，从而导致作物内部转化合成受阻，必然导致作物品质下降，瓜不甜，菜不香。
4、危害人体健康。大量施用化肥，易使蔬菜中硝酸盐含量超标，而亚硝酸盐与胺类物质结合形成N-亚硝酸基化合物为强致*物质。
5、化肥的大量使用，还造成土壤的有益菌、蚯蚓的大量死亡。
6、化肥的长期低效施用，往往造成土壤中某些元素的过分积累和土壤理化性质的变化及环境的污染。
7、从中国大量使用化肥看，越使用化肥，地力就越下降，就越依赖化肥，由此形成恶性循环。 香蕉生物菌肥制造商微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，与植物粘液、矿物胚体和有机胶体结合在一起。
有机肥与生物菌肥的区别
①侧重点不同：有机肥是一种肥料，但生物菌肥的落脚点在菌上，更偏向其功能性，如提高肥力、促进土壤中难溶的矿质营养释放、增强植物抗病抗逆能力等。
②使用方式不同：有机肥一般是作底肥、或生长期追肥；菌肥可用于拌种、基肥、追肥、蘸根等。
③使用条件不同：有机肥一般无特殊的限制条件，但菌肥是“活”的，所以不可与杀虫剂、杀菌剂混用，也不能长期暴露于阳光照射下。此外，土壤的含水量、温度、pH条件等也会影响菌肥的效果。
果树用完生物肥的实际验证结果：
对果品品质的影响。在苹果、葡萄、梨、草莓和猕猴桃等多个树种上的研究结果表明，微生物肥料明显提高了果品品质。内在品质上主要提高了果实的可溶性固形物和含糖量、糖酸比和香气品质；从外在品质看，提高了果实着色度和硬度，果形大小较匀称。
施用微生物肥料有效增加了果实单果重并显着提高了单位面积产量，果园施用微生物肥料后，苹果、桃、葡萄、李子的产量，分别增产29.8%、27.7%、12.6%、21.1%
设施桃树上施用微生物肥料后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了桃的坐果率 微生物与根系、根际土壤一起组成了农作物的‘肠胃’，很多有益微生物与根系形成互补共生关系。
来自河北省保定市满城区段旺村的葡萄果农李占国，前些年，因为果园偏盐碱。
种植七八年的“巨峰”葡萄出现黄叶现象，而且越来越严重，他于是加量施肥，结果黄叶越来越多，产量还降了，后来技术人员判断说是化肥使用过多，伤根严重。
于是改用菌肥进行调理，半年后，叶片宽大浓绿有光泽、厚实，比之前有很大改观。秋季收获时，葡萄上色好，均匀，糖度达19.3Brix%，甚是喜人！甘肃省平凉市静宁县威戎镇新胜村的果农王宏斌的果树树龄已12年，之前树势较弱，果子整体偏小，产量不高，连续使用菌肥后，树势增强，果个变大，亩产接近5000斤，成了名副其实的高产园。去年在其它果园果价1.5元左右的情况下，他的苹果以2.7元/斤的高价被果商收购。 在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。香蕉生物菌肥制造商
微生物肥料具有解磷、解钾、固氮的作用，促进土壤中微量元素的释放及螯合，可提高肥料利用率10％～30％。陕西生物菌肥
与化肥混用要注意化肥用量不能过大。高浓度的化学物质对菌肥里的微生物0害作用，尤其注意不能与碳酸氢铵等碱性肥料和硝酸钠等生理碱性肥料混用。
***，注意千万不要与杀菌剂、杀虫剂、除草剂和含硫化肥，如***钾等以及稻草灰混合用，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。在施用时，若施菌肥与防病虫、除草相矛盾时，可先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好杀菌剂的种子混合使用。同时还应防止与未腐熟的农家肥混用，因为农家肥在腐熟的过程中会发酵，这样会直接杀死生物菌。
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