免疫共沉淀（Co-Immunoprecipitation，Co-IP）是一种经典的用于研究蛋白质相互作用的方法，它基于抗体和抗原之间的专一性作用。该技术主要用于确定两种蛋白质在完整细胞内的生理性相互作用。基本原理：当细胞在非变性条件下被裂解时，细胞内蛋白质-蛋白质间的相互作用被保留下来。通过利用预先固化在agarose beads上的蛋白质A的抗体来免疫沉淀A蛋白，与A蛋白在体内结合的蛋白质B也能一起沉淀下来。随后，通过蛋白变性分离，可以对B蛋白进行检测，从而证明两者之间的相互作用。IP-Mass实验流程：样品制备、免疫沉淀、洗脱、蛋白酶消化、质谱分析、数据分析，鉴定互作蛋白！CoIP质谱
COIP技术优点如下：
相互作用的蛋白质都是经翻译后修饰的，处于天然状态；
蛋白的相互作用是在自然状态下进行的，可以避免人为的影响；
可以分离得到天然状态的相互作用蛋白复合物。
然而该技术也存在缺点，具体如下：
可能检测不到低亲和力和瞬间的蛋白质－蛋白质相互作用；
两蛋白质的结合可能不是直接结合，而可能有第三者在中间起桥梁作用；
须在实验前预测目的蛋白是什么，以选择后面检测的抗体，所以，若预测不正确，实验就得不到结果，方法本身具有冒险性。 CoIP质谱Co-IP技术利用抗原抗体结合，研究蛋白质互作，揭示其功能机制的有力工具！
在CoIP（免疫共沉淀）实验中，对照组的设置对于验证实验结果的准确性和可靠性至关重要。对照组的主要目的是排除非特异性结合和背景干扰，从而更准确地评估目标蛋白与诱饵蛋白之间的相互作用。阴性对照组设计建议：1. 无抗体对照组：在免疫沉淀步骤中不加入特异性抗体，以检测是否存在非特异性结合。如果在此条件下仍然检测到目标蛋白，则可能是非特异性结合，需要在分析时予以排除。2. 无关抗体对照组：使用与诱饵蛋白和靶蛋白均无关的抗体进行免疫沉淀，以验证特异性抗体的作用。如果在此条件下未检测到目标蛋白，则可以增强对特异性抗体所检测到的相互作用的信心。
Co-IP实验的外源检测与内源检测各有其优缺点。外源检测的优点在于其可控性高，能精确地表达目标蛋白及其标签，且背景清晰，易于检测。此外，外源检测系统通常更为敏感，能够检测到较弱的相互作用。然而，其缺点也显而易见，即不能完全模拟体内的真实环境，可能导致某些体内特有的相互作用无法被检测到。内源检测则能更真实地反映生物体内的蛋白质相互作用情况，因为它直接利用细胞内的天然蛋白。然而，这种方法的挑战在于细胞内蛋白表达的复杂性和多样性，可能导致背景噪声高，难以准确检测目标蛋白。此外，内源检测的灵敏度通常较外源检测低。综上所述，选择外源检测还是内源检测，需根据实验目的和具体情况来权衡。如需高灵敏度和可控性，可选择外源检测；如需更真实地模拟体内环境，内源检测可能更为合适。Co-IP外源检测需注意蛋白互作真实性、表达系统与标签选择、规范操作及结果验证，确保准确性！
Co-IP（免疫共沉淀）和ChIP（染色质免疫沉淀）研究对象和应用方面的区别。研究对象：Co-IP主要研究的是蛋白质与蛋白质之间的相互作用，而ChIP则主要用于研究DNA（启动子）与蛋白质（如转录因子等）之间的相互作用。应用方面：Co-IP常用于验证两种蛋白质是否在体内存在相互作用，是确定蛋白质复合物组成的有效手段。而ChIP则更常用于研究转录因子与DNA的结合情况，揭示转录调控的机制，也是确定与特定蛋白结合的基因组区域或确定与特定基因组区域结合的蛋白质的一种很好的方法。总的来说，Co-IP和ChIP各有其独特的优点和应用价值，选择哪种方法取决于研究的具体问题和目标。IP-WB实验常用于验证蛋白质之间的相互作用。山西免疫共沉淀检测CoIP-mass spectrometry检测
Co-IP技术可靠，但需注意潜在限制与影响因素，综合验证确保准确性！CoIP质谱
CoIP-Mass和CoIP-WB检测要点：
互作蛋白筛选和验证：数据分析以非标定量信号强度（LFQintensity和FC>10）作为强阳筛选，以文献查阅，功能匹配，批量CoIP-WB验证，提高验证成功率。理想CoIP-MS结果的蛋白定量都到超过1000种蛋白。其中绝大部分蛋白为非特异结合或背景蛋白。以目的蛋白的富集信号强度和差异倍数作为参考（相对强信号和差异），分析实验组中明显定量较高且差异较大的蛋白，作为重要候选蛋白。同时对重要候选蛋白进行STRING互作分析，文献分析，目的蛋白功能匹配分析，选择Top的4-5个蛋白进行CoIP-WB验证，提高CoIP-WB成功率。 CoIP质谱
