在荧光显微术中，不仅蛋白质结构感兴趣，而且对核酸也感兴趣。有时有必要通过检测细胞核来确定细胞的确切位置或数量。最常见的DNA染色剂之一是DAPI（4',6-二氨基-2-苯基吲哚），主要与DNA双螺旋富含A-T的区域结合。与未结合态相比，DAPI在DNA上的荧光强度增加。染料被UV（紫外线）光激发，比较大激发波长为358nm。发射光谱较宽，峰值在461nm。弱荧光也可以检测到RNA结合。在这种情况下，发射转移到500nm。有趣的是，DAPI能够渗透完整的细胞膜。因此，该染料既可用于固定细胞也可用于活细胞。Hoechst 33342是一种可透过细胞膜并对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放强烈的蓝色荧光。湖北荧光染料DID
SuperFluor活化酯（与Invitrogen的AlexaFluor活化酯完全相同）SuperFlour系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH4～10）,更好的抗淬灭性。在生物荧光领域已逐渐替代FITC,Cy3,Cy5,Cy5.5,Cy7等荧光染料。1．标记效率低——计算结果显示每摩尔145,000MW的蛋白标记的荧光团少于4mol有以下原因：1）缓冲液中含有痕量伯铵成分，与染料反应降低了标记效率。如果蛋白已经溶于含氨基的缓冲液（如Tris或氨基乙酸），标记前用PBS透析。2）蛋白含量较低(≤1mg/mL)会影响标记效率。3）标记步骤中加入碳酸氢钠的作用是将反应混合物的pH升高至～8，因为在弱碱性环境中标记反应的效率比较高。如果蛋白溶液的缓冲范围在低pH，加入重碳酸盐也无法将pH调节至**适水平。要么加大重碳酸盐的量，要么将缓冲液换成PBS，或用0.1M碳酸氢钠透析等。4）研究显示pH升至9.0～9.4，标记效率和标记速度（只需10min）明显改善。5）不同抗体与荧光团的反应速率不同，染料标记后保留的生物活性程度也不同，因此标准步骤也不是总有比较好的标记结果。为增加标记率，可以对同一样品进行再标记，或减少蛋白的量加大染料的量重新标记。有研究者在室温孵育1小时后再4℃孵育过夜，情况有所改善。重庆荧光染料Cy7.5动物体内光学成像主要采用生物发光与荧光发光两种技术。
其他细胞结构常用染料生物染料在细胞结构和组分鉴定中有着广泛的应用，除细胞膜研究外，我们经常也会对一些其它细胞结构及成分进行探索，例如线粒体、溶酶体、蛋白质、细胞核等，而对于不同的细胞结构有不同的染料进行染色细胞染色神器DAPI+PhalloidinDAPI染色液（DAPIStainingSolution）常用于细胞核染色，可将细胞核染成蓝色。鬼笔环肽（Phalloidin）是细胞骨架的染色神器，罗丹明标记的Phalloidin（TRITC-Phalloidin）可将细胞染成橙红色，DAPI与Phalloidin染色液是研究细胞形态变化时经常用到的两种共染的试剂，染色效果可见A1-E1用TRITC-鬼笔环肽（橙红）染色的细胞骨架免疫荧光图；A2-E2用DAPI（蓝色）染色的细胞核免疫荧光图；A3-E3合并的L929细胞免疫荧光染色图。是S100A16过表达或下调前后PDAC细胞形态的变化。
荧光染料在细胞实验中具有广泛的应用1、细胞膜标记：可以使用荧光染料标记细胞膜，以观察和研究细胞膜的动态和结构变化。2、染色体和DNA标记：用荧光染料标记染色体或DNA，可以观察和分析DNA复制、转录、修复等过程3、蛋白质标记：通过荧光染料标记蛋白质，可以研究蛋白质的相互作用、定位和运动等特性。4、细胞器标记：使用特定波长的荧光染料可以标记和可视化细胞中的线粒体、溶酶体等细胞器。5、神经科学应用：荧光染料在神经科学中也有广泛应用，如标记神经元和突触，观察神经信号的传递等。6、基因表达分析：通过荧光染料标记基因表达产物，可以定量分析基因的表达水平和细胞中的分布情况。罗丹明具有出色的光稳定性以及许多光物理特性，使其非常适合用作激光染料、荧光探针和颜料。
CY5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。它具有出色的荧光性能和良好的生物相容性。Cy5属于小分子染料，其*大发射波长为670nm，其标记的抗体适用于所有配备633nm氩离子激光器的流式细胞仪，检测通道一般是FL4通道。除流式细胞术外，Cy5同样适用于传统的荧光显微镜技术。需注意的是，Cy5与单核细胞和粒细胞的非特异性结合多，实验结果容易出现假阳性。Cy5.5含有一个游离胺基,可与多种官能团共轭,包括NHS酯和环氧化合物。激发和发射的最大值分别为678nm和694nm。Cy5.5已应用于各种基于荧光的实验中。Cy5.5是一种远红色(和近红外)发射染料,是荧光测量的理想选择。Cy5.5具有成本效益,且其标记化学操作简单,适合于潜在的***药物开发Cy5.5标记因子VIIa是用来想象**的。用这些靶向蛋白标记的Cy5.5在**异种移植物上特异定位至少14天,但未结合的Cy5.5不能定位于任何异种移植或***。这种**血管内皮细胞中抗组织因子的成像方法可用于检测原发性**和转移以及监测体内***反应[1]。pH/温度敏感磁性纳米凝胶结合Cy5.5标记乳铁蛋白(Cy5.5-Lf-MPNA纳米凝胶)是一种有前途的胶质瘤术前MRI和术中荧光成像的对比剂[2]小动物成像荧光染料是一种先进的技术可以在小动物体内实时观察和研究细胞、组织的功能和代谢过程。湖南ivis荧光染料
PI常用于细胞凋亡(apoptosis)或细胞坏死(necrosis)的检测，常用于流式细胞仪分析。湖北荧光染料DID
Cy5:激发波长633/635nm，比较大发射波长670nm。1)其标记的抗体适用于所有配备633nm氟离子激光器的流式细胞仪;2)在流式细胞仪的FL4通道检测;3)适用于荧光显微镜技术;4)同样为小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于APC。5)与单核和粒细胞非特异性结合多，易出现假阳性结果。
5、PE:激发波长488nm，比较大发射波长575nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氯离子激光器的流式细胞仪:2)在流式细胞仪的FL2通道检测;3)其荧光泯灭性强，不适用于传统的荧光显微镜技术，但适用于激光共聚焦显微镜技术。
6、PE-TR:激发波长488nm，比较大发射波长615nm。1)在BeckmanCoulter流式细胞仪的FL3通道检测;2)可适用于小功率激光器的流式细胞仪，也可使用于大功率激光器的大流式细胞仪。
7、PE-AlexaFluor610:激发波长488nm，比较大发射波长628nm。1)在BeckmanCoulter流式细胞仪的FL3通道检测;2)荧光强度高;3)可适用于小功率激光器的流式细胞仪，也可使用于大功率激光器的大流式细胞仪。 湖北荧光染料DID
