Cy5:激发波长633/635nm，比较大发射波长670nm。1)其标记的抗体适用于所有配备633nm氟离子激光器的流式细胞仪;2)在流式细胞仪的FL4通道检测;3)适用于荧光显微镜技术;4)同样为小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于APC。5)与单核和粒细胞非特异性结合多，易出现假阳性结果。
5、PE:激发波长488nm，比较大发射波长575nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氯离子激光器的流式细胞仪:2)在流式细胞仪的FL2通道检测;3)其荧光泯灭性强，不适用于传统的荧光显微镜技术，但适用于激光共聚焦显微镜技术。
6、PE-TR:激发波长488nm，比较大发射波长615nm。1)在BeckmanCoulter流式细胞仪的FL3通道检测;2)可适用于小功率激光器的流式细胞仪，也可使用于大功率激光器的大流式细胞仪。
7、PE-AlexaFluor610:激发波长488nm，比较大发射波长628nm。1)在BeckmanCoulter流式细胞仪的FL3通道检测;2)荧光强度高;3)可适用于小功率激光器的流式细胞仪，也可使用于大功率激光器的大流式细胞仪。 Super Fluor 488（效果同Alexa Fluor 488）标记蛋白。上海荧光素钾盐荧光染料
其他细胞结构常用染料生物染料在细胞结构和组分鉴定中有着广泛的应用，除细胞膜研究外，我们经常也会对一些其它细胞结构及成分进行探索，例如线粒体、溶酶体、蛋白质、细胞核等，而对于不同的细胞结构有不同的染料进行染色细胞染色神器DAPI+PhalloidinDAPI染色液（DAPIStainingSolution）常用于细胞核染色，可将细胞核染成蓝色。鬼笔环肽（Phalloidin）是细胞骨架的染色神器，罗丹明标记的Phalloidin（TRITC-Phalloidin）可将细胞染成橙红色，DAPI与Phalloidin染色液是研究细胞形态变化时经常用到的两种共染的试剂，染色效果可见A1-E1用TRITC-鬼笔环肽（橙红）染色的细胞骨架免疫荧光图；A2-E2用DAPI（蓝色）染色的细胞核免疫荧光图；A3-E3合并的L929细胞免疫荧光染色图。是S100A16过表达或下调前后PDAC细胞形态的变化。中国香港荧光染料Cy5.5PI常用于细胞凋亡(apoptosis)或细胞坏死(necrosis)的检测，常用于流式细胞仪分析。
琥珀酰亚胺酯（Succinimidylesters）/NHS酯活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质，肽，胺修饰的寡核苷酸和其他生物分子上的游离氨基（-NH2）2、马来酰亚胺（Maleimides）活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质和肽上的巯基3、叠氮化物(Azides)活性荧光染料通过点击化学法（Click）标记乙烯基4、炔烃(Alkynes)活性荧光染料通过点击化学方法标记叠氮化物5、羧酸(Carboxylicacids)活性荧光染料经碳二亚胺预活化后用于标记胺或用于醇的Steglich酯化6、氨基(Amines)活性荧光染料具有游离氨基的荧光染料，用于与各种亲电子化合物（如活化的酯和环氧化物）偶联。
荧光染料在细胞实验中具有广泛的应用1、细胞膜标记：可以使用荧光染料标记细胞膜，以观察和研究细胞膜的动态和结构变化。2、染色体和DNA标记：用荧光染料标记染色体或DNA，可以观察和分析DNA复制、转录、修复等过程3、蛋白质标记：通过荧光染料标记蛋白质，可以研究蛋白质的相互作用、定位和运动等特性。4、细胞器标记：使用特定波长的荧光染料可以标记和可视化细胞中的线粒体、溶酶体等细胞器。5、神经科学应用：荧光染料在神经科学中也有广泛应用，如标记神经元和突触，观察神经信号的传递等。6、基因表达分析：通过荧光染料标记基因表达产物，可以定量分析基因的表达水平和细胞中的分布情况。荧光染料可以单独使用，也可以组合成复合荧光染料使用。
InvitrogenCy3染料是一种明亮的橙色荧光染料，可使用532nm激光线激发，并使用TRITC（四甲基罗丹明）滤光片组进行可视化。除了免疫细胞化学应用，Cy3染料通常用于标记核酸。发光说明：Cy3荧光团也是亲脂性神经元和长期DiI细胞追踪试剂的基础，该试剂添加烷基尾(≥12个碳）添加到**荧光团上。Cy3染料是用于成像、流式细胞术和基因组应用的蛋白质和核酸结合物的传统橙色荧光标签。它也是经典亲脂性示踪剂DiI及其变体的基础。根据化学结构，Cy3可分为普通Cy3（常简称Cy3）和磺化Cy3（Sulfo-Cy3）。Cy3水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。磺化Cy3是在Cy3的结构基础上磺化的产物，附带2个或3个磺酸根离子。由于磺化效应，磺化Cy3的亮度比Cy3稍亮，荧光稳定性也提高，可赖受更长时间的曝光。磺化Cy3水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。当然，磺化Cy3-NHS也可溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。5(6)-FITC (Fluorescein 5(6)-isothiocyanate) 是一种胺活性衍生物的荧光染料.合肥荧光染料Fluor 555
羰花青染料用作 Di 来标记细胞、细胞器、脂质体、病毒和脂蛋白。上海荧光素钾盐荧光染料
异硫氰酸荧光素(FITC)是一种有机荧光染料，目前，这种荧光染料仍用于免疫荧光和流式细胞术中。在495/517nm处，该染料会产生激发/发射峰值，并可借助异硫氰酸盐反应基团与不同抗体结合，该基团可以和蛋白质上的氨基、巯基、咪唑、酪氨酰、羰基等基团相结合。而它的基本成分——荧光素，其摩尔质量为332g/mol，常被用作荧光示踪剂。FITC(389g/mol)是用于荧光显微镜技术的首批染料，且其被当成AlexaFluor®488等后续荧光染料的发端。该染料的荧光活性取决于它的大共轭芳香电子系统，而该系统受蓝色光谱中的光所激发。经常与FITC同时使用的另一种染料是与其相似的TRITC[四甲基罗丹明-5(6)-异硫氰酸]。与FITC相反，TRITC并非荧光素，而是罗丹明家族的衍生物。罗丹明也具有一个大的共轭芳香电子系统，正是该系统引发了它们的荧光行为。还有一点与FITC相反，TRITC(479g/mol)由比较**长为550nm的绿色光谱中的光所激发，它的比较大发射波长为573nm。与蛋白质（例如，抗体）结合也基于异硫氰酸盐反应基团。上海荧光素钾盐荧光染料
