大规模生产阶段，AAV/LV载体生产流程跟抗体、疫苗类药物的生产类似，主要包含上游培养、下游纯化及制剂部分。上游培养分为质粒开发、细胞扩增、三质粒共转染及病毒载体生产等步骤。下游纯化分为细胞裂解释放AAV病毒颗粒（可以通过去污剂、机械作用、高渗或冻融操作等）or收获细胞上清液得到含LV病毒原液、加入核酸酶以减少宿主细胞核酸污染、澄清是通过离心或过滤等方法去除细胞碎片和杂质等、超滤浓缩以减少后续色谱纯化体系、亲合及离子交换等纯化得到高纯度病毒载体。制剂部分主要是超滤更换缓冲液、过滤除菌及制剂灌装等。ArcticZymes厂家管控整个供应链及生产流程，协助客户进行文件审计及现场审计。安徽高盐条件高盐核酸酶70921-202
综合腺相关病毒AAV制备的三个工艺阶段介绍，可以看出下游处理可以占病毒生产总成本的很大一部分，而且难度也是非常大，尤其是纯化过程。原因之一是由于有超过100种不同血清型的变体AAV衣壳，不同血清型的AAV蛋白存在差异。因此，各种血清型的表面特性增加AAV纯化难度。原因之二是：针对工艺和产品相关的杂质（包括宿主细胞物质，DNA和空衣壳），缺乏一个有效和可重复的平台方法，尤其是来从空衣壳中分离出完整的衣壳。为了解决以上问题，国内外大的药企公司都致力于纯化新产品的开发，以期达到：（1）实现病毒颗粒的分离（2）减少产品相关杂质（3）保持效力和产量的目标。广东上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202使用Benzonase时，不能把载体表面的DNA去除彻底，因而不能阻止纯化的病毒载体聚集。
在不同的盐浓度条件下，AAV病毒载体的存在形式不同。低盐浓度条件下，AAV病毒颗粒表面会通过电荷作用等非特异结合到HCD上，从而产生病毒颗粒团聚现象。随着溶液盐浓度上升，AAV病毒颗粒与HCD的离子相互作用会被破坏，AAV病毒颗粒会逐渐解离。当盐浓度升到更高范围（>400mM左右），AAV病毒颗粒与HCD的结合更弱，AAV颗粒更稳定。因此，在高盐浓度溶液中，AAV颗粒更加稳定，且有数据表明高盐浓度不会削弱AAV的侵染能力。所以，我们推荐提高AAV病毒生产中的盐浓度。
基因疗法制造商面临的挑战与抗体疗法刚出现时单克隆抗体制造商面临的挑战相似。例如，在生产、储存和处理过程中，单克隆抗体也会受到低滴度、产品和工艺相关杂质和降解的挑战。尽管与重组单克隆抗体相比，单剂量AAV产品与工艺相关杂质相关的风险可能更低（取决于杂质的类型、剂量和给药途径），但这也不能忽视。由于这些相似性，制药商、化学品和辅料供应商有机会进行合作，并开发创新的解决方案，以实现稳健和成本效益高的AAV产品生产。US FDA指南要求：重组生物制品终产品中，核酸杂质含量低于10ng/dose。
宿主细胞DNA残留的担忧是基于致ai风险理论，特别是生产细胞系所包含的致ai序列，比如较常见腺病毒基因E1A和E1B（HEK293, PerC.6 和CAP 细胞系），人乳tou瘤病毒E6和E7基因（HeLa细胞系)等。当使用致ai细胞系生产AAV时，下游纯化须尽可能减少残留DNA。工业上一般使用核酸酶分解残留DNA，普遍认为小于200 bp的DNA片段可有效降低致ai风险。宿主细胞蛋白残留与免疫原性、炎症或过敏性休克有关。尽管与非人类的生产原料相比（非人类细胞系如BHK21或昆虫细胞，以及辅助病毒如HSV、腺病毒、杆状病毒），人类细胞免疫原性比较弱。SAN HQ高盐核酸酶有两个级别，分别是生物工艺级别SAN HQ和GMP级别SAN HQ GMP。广东上海倍笃生物高盐核酸酶70921-202
在符合ISO13485:2016体系基础上，增加了cGMP相应要求。安徽高盐条件高盐核酸酶70921-202
近年来，AAV在cancer疾病的医治中显示出巨大的价值。AAV作为基因药物的载体已在肺、肝、眼、脑、肌肉等多个临床试验(超过100次)中得到应用，并在盲症和血友病方面取得了巨大成功。2012年，AAV1载体编码的脂蛋白脂肪酶成为欧盟批准的shou个用于医治脂蛋白脂肪酶缺乏症的基因产物(Glybera)。5年后，另一种AAV介导的基因药物(Luxturna)随后获准在美国上市。基于AAV9的基因疗(Zolgensma)也被用于医治脊髓性肌肉萎缩。腺病毒在基础和实验研究有这么强的生命力原因在于：宿主范围广，对人致病率低；腺病毒粒子相对稳定，病毒基因重排频率低；安全性高，不整合到染色体中，无插入致病基因，不干扰其他宿主基因。安徽高盐条件高盐核酸酶70921-202
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