InvitrogenCy3染料是一种明亮的橙色荧光染料，可使用532nm激光线激发，并使用TRITC（四甲基罗丹明）滤光片组进行可视化。除了免疫细胞化学应用，Cy3染料通常用于标记核酸。发光说明：Cy3荧光团也是亲脂性神经元和长期DiI细胞追踪试剂的基础，该试剂添加烷基尾(≥12个碳）添加到**荧光团上。Cy3染料是用于成像、流式细胞术和基因组应用的蛋白质和核酸结合物的传统橙色荧光标签。它也是经典亲脂性示踪剂DiI及其变体的基础。根据化学结构，Cy3可分为普通Cy3（常简称Cy3）和磺化Cy3（Sulfo-Cy3）。Cy3水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。磺化Cy3是在Cy3的结构基础上磺化的产物，附带2个或3个磺酸根离子。由于磺化效应，磺化Cy3的亮度比Cy3稍亮，荧光稳定性也提高，可赖受更长时间的曝光。磺化Cy3水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。当然，磺化Cy3-NHS也可溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。CY5荧光染料是一种被广泛应用于生物分子检测和荧光成像等领域的高效、稳定的荧光标记试剂。北京荧光染料
DiD，DiO，DiI，DiR和DiS染料是一族亲脂性的荧光染料，可以用来染细胞膜和其它脂溶性生物结构。当与细胞膜结合后其荧光强度**增强，这类染料有着很高的淬灭常数和激发态寿命。一旦对细胞染色，这类染料在整个细胞膜上扩散，比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。它们的荧光颜**分明显：DiI（橙色荧光），DiO（绿色荧光），DiD（红色荧光）和 DiR （深红色荧光）这使得他们可以用来对活细胞进行多色成像和流式分析。DiI和DiO可以分别用标准的 FITC和TRITC的滤光片。DiD可以用 633 nm He–Ne 激光器激发，有着比DiI更长的激发波长和发射波长，在细胞和组织染色中更有价值。 DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在***成像中用来示踪。黑龙江荧光染料luciferin吲哚菁绿（Indocyanine Green，简称ICG）是一种广泛应用于医学和生物领域的荧光染料。
其他细胞结构常用染料生物染料在细胞结构和组分鉴定中有着广泛的应用，除细胞膜研究外，我们经常也会对一些其它细胞结构及成分进行探索，例如线粒体、溶酶体、蛋白质、细胞核等，而对于不同的细胞结构有不同的染料进行染色细胞染色神器DAPI+PhalloidinDAPI染色液（DAPIStainingSolution）常用于细胞核染色，可将细胞核染成蓝色。鬼笔环肽（Phalloidin）是细胞骨架的染色神器，罗丹明标记的Phalloidin（TRITC-Phalloidin）可将细胞染成橙红色，DAPI与Phalloidin染色液是研究细胞形态变化时经常用到的两种共染的试剂，染色效果可见A1-E1用TRITC-鬼笔环肽（橙红）染色的细胞骨架免疫荧光图；A2-E2用DAPI（蓝色）染色的细胞核免疫荧光图；A3-E3合并的L929细胞免疫荧光染色图。是S100A16过表达或下调前后PDAC细胞形态的变化。
FITC荧光标记蛋白的应用及特点:活性荧光染料，如FITC、7-氨基-4-甲基香豆素(AMC)、罗丹明B(RhodamineB)或AlexaFluor染料，可用于标记抗体或蛋白质功能基团，生成分子探针，并通过荧光成像进行检测。当用荧光染料化学标记特异性抗体或其他纯化生物分子时，它们成为用于检测靶抗原或相互作用配偶体的荧光探针，用于细胞成像、流式细胞手术、蛋白质痕迹和酶联免疫吸附实验(ELISA)。由于荧光标记物具有无放射物污染、操作简单等优点，在蛋白质功能研究、药物筛选等许多研究领域得到了越来越广泛的应用。
南京星叶生物科技有限公司Super Fluor 系列（效果同Alexa Fluor系列）
且Super Fluor活化酯（与Invitrogen的Alexa Fluor活化酯完全相同） D-荧光素钾盐小动物成像。
第二种***使用的DNA染色方法是Hoechst染料，**初由化学公司HoechstAG生产。Hoechst33258、Hoechst33342和Hoechst34580都是邻苯二甲酰亚胺，具有向A-T富集区插入的趋势，因此后者不常使用。与DAPI相似，此类染料受到紫外线激发并在455nm下发射比较大值，在无结合状态下变为510–540nm。Hoechst染料还具有细胞渗透作用，因此可用于固定细胞和活细胞。与DAPI不同是，Hoechst染料毒性更低。DNA染色剂碘化丙啶无法透过细胞膜。在细胞培养中，因为该染色剂无法进入完好的细胞内，所以常常被用来区分活细胞和死细胞。碘化丙啶也是一种结合剂，但对不同的碱基没有特异性。在核酸结合态下，其比较大激发波长为538nm，比较高发射波长为617nm。未结合状态下碘化丙啶的比较大激发和发射被移到较短的波长和较弱的强度。它也可以在不改变其荧光特性的情况下与RNA结合。要区分DNA和RNA，必须使用足够的聚合酶。染料DiI, DiO, DiD 和 DiR是一类亲脂性荧光染料家族，用于标记细胞膜和疏水性组织。黑龙江荧光染料luciferin
Super Fluor 680（效果同Alexa Fluor 680）琥珀酰亚胺酯荧光染料。北京荧光染料
琥珀酰亚胺酯（Succinimidylesters）/NHS酯活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质，肽，胺修饰的寡核苷酸和其他生物分子上的游离氨基（-NH2）2、马来酰亚胺（Maleimides）活性荧光染料用于标记抗体，蛋白质和肽上的巯基3、叠氮化物(Azides)活性荧光染料通过点击化学法（Click）标记乙烯基4、炔烃(Alkynes)活性荧光染料通过点击化学方法标记叠氮化物5、羧酸(Carboxylicacids)活性荧光染料经碳二亚胺预活化后用于标记胺或用于醇的Steglich酯化6、氨基(Amines)活性荧光染料具有游离氨基的荧光染料，用于与各种亲电子化合物（如活化的酯和环氧化物）偶联。北京荧光染料
