在1990年代***使用的绿色荧光蛋白（从水母维多利亚水母克隆）及其衍生物（例如藻红蓝蛋白、藻胆蛋白和藻红蛋白等）是当今生物学研究中**常用的一些生物荧光团。虽然荧光团可用于在细胞、细菌和各种***中表达质粒，但它们的使用有一些缺点，即它可能很耗时，并且在融合时还能够改变某些细胞蛋白的正常生物学功能。此外，与许多其他荧光团相比，生物荧光团的光稳定性和灵敏度较低。绿色荧光蛋白(GFP)绿色荧光蛋白是当下流行的生物荧光团之一，由238个氨基酸组成，其中三个负责发出可见绿色荧光的结构。在水母本身中，荧光团与水母发光蛋白（一种蛋白质）相互作用，当添加钙时会发出蓝光。通过DNA重组，研究人员可以使用负责产生蛋白质的基因来研究给定的基因和蛋白质。在这里，在将复合物插入细胞之前，该基因与另一个基因（负责产生所需蛋白质的第二个基因）结合。如果细胞产生绿色荧光，研究人员就可以明显看出该细胞能够表达目标基因。GFP由488nm激光线激发，可在510nm处检测。来自荧光团的微弱信号可以使用抗GFP抗体放大。作为生物标记物，绿色荧光蛋白用于以下功能：监测各种生理过程*识别蛋白质定位*检测转基因表达D-荧光素钾盐小动物成像。细胞核荧光染料蓝色
藻红蛋白-藻红蛋白(PE)是一种红色蛋白色素复合物，属于藻胆蛋白家族。它可以在红藻和隐植物中找到，它作为叶绿素色素的附属物。在生物科学中，荧光团可以与蛋白质结合，例如用于抗原检测的抗体等，因为它能够发出明亮的荧光。由于荧光团往往会很快发生光漂白，因此很少在荧光显微镜中使用。它经常用于流式细胞术。※别藻蓝蛋白(APC)-与藻红蛋白一样，别藻蓝蛋白也属于藻胆蛋白家族，是从红藻中分离出来的。在594和633nm的激光线激发下，荧光团的比较大吸光度在650nm处，而荧光发射峰在66nm处。与荧光素偶联物相比，荧光团的灵敏度已显示高5至10倍，并具有许多其他有益特性，包括大斯托克斯位移、高水溶性、长波长发射和耐猝灭。虽然别藻蓝蛋白通常不用于需要光稳定性的应用，但它***用于流式细胞术、ELISA、微阵列等过程以及各种依赖高灵敏度的应用。宁夏纳米荧光染料Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。
InvitrogenCy3染料是一种明亮的橙色荧光染料，可使用532nm激光线激发，并使用TRITC（四甲基罗丹明）滤光片组进行可视化。除了免疫细胞化学应用，Cy3染料通常用于标记核酸。发光说明：Cy3荧光团也是亲脂性神经元和长期DiI细胞追踪试剂的基础，该试剂添加烷基尾(≥12个碳）添加到**荧光团上。Cy3染料是用于成像、流式细胞术和基因组应用的蛋白质和核酸结合物的传统橙色荧光标签。它也是经典亲脂性示踪剂DiI及其变体的基础。根据化学结构，Cy3可分为普通Cy3（常简称Cy3）和磺化Cy3（Sulfo-Cy3）。Cy3水溶性较低，在水相标记反应时常常需要使用有机共溶剂，常用有机溶剂包括DMF，DMSO和乙腈等。磺化Cy3是在Cy3的结构基础上磺化的产物，附带2个或3个磺酸根离子。由于磺化效应，磺化Cy3的亮度比Cy3稍亮，荧光稳定性也提高，可赖受更长时间的曝光。磺化Cy3水溶性极高，所以在标记反应中不需要使用有机共溶剂，特别适合标记蛋白等对有机溶剂敏感的生物分子。另外磺化Cy3水溶性极好，并且染料分子本身带电荷，标记到蛋白表面后不会引发疏水性蛋白聚集，提高荧光标记产物的稳定性。当然，磺化Cy3-NHS也可溶于甲醇，DMSO，DMF等有机溶剂，标记反应也可以在纯有机溶剂中进行。
荧光染料***用于生物学和医学研究中，如流式细胞术、荧光显微镜和免疫组化等，其中荧光淬灭是一个关键的考量因素，因为它直接影响到实验结果的可靠性和准确性。FITC（异硫氰酸荧光素）是一种常用的绿色荧光染料，具有较高的荧光量子产率和激发效率。然而，FITC的一个主要缺点是容易受到环境因素的影响，如pH值、温度、溶剂和离子强度等，从而导致荧光淬灭。此外，FITC的光稳定性相对较低，长时间的光照会导致其荧光强度降低。CY5.5是一种远红外荧光染料，具有较长的激发和发射波长，因此适用于多色荧光标记和深组织成像。CY5.5相对于FITC来说，具有更好的光稳定性，不易受到环境因素的影响。此外，CY5.5的荧光量子产率也较高，使其在荧光标记实验中表现出色。AlexaFluor647是另一种常用的红色荧光染料，具有与CY5.5相似的长波长激发和发射特性。AlexaFluor647的优点是光稳定性较好，可以承受长时间的光照而不易淬灭。此外，它在多种溶剂和pH值范围内都能保持稳定的荧光性能，因此在复杂的生物样本中表现出色。
南京星叶生物科技有限公司Super Fluor系列（效果同Alexa Fluor 系列），质优价廉。 Super Flour 系列荧光探针，具有更强的荧光强度，更广的pH应用范围（pH 4～10）, 更好的抗淬灭性。
蛋白荧光标记技术是目前**为常见的蛋白体外标记技术，利用级联放大反应原理，将极度敏感性且易于检测的荧光素通过某个基团吸附或共价结合后，标记到特异性抗原或抗体分子上，应用荧光显微镜观察荧光标记物因增强放大效应而产生颜色、光谱等变化，以分析示踪相应抗体或抗原性质与含量的方法。该技术在具有高度精确性的荧光显微镜下，借助高度灵敏性的荧光检测，在各种生物过程中对目的蛋白进行可视化，从而通过抗原抗体高度特异性免疫定量表达或在细胞研究中定位。蛋白荧光标记已成为研究蛋白质互作、酶活性、***示踪以及细胞分选重要工具。蛋白标记常用荧光染料随着蛋白荧光标记技术不断发展，各类荧光素广泛应用于生物实验中，目前常用标记蛋白/抗体的荧光素主要有BODIPY类、香豆素类、罗丹明类、近红外类、NBD胺类以及菁染料等。南京星叶生物科技有限公司提供多种性价比高的各类活化荧光素，其荧光染料覆盖波长范围从350nm到790nm，例如Cy系列、SuperFluor系列（效果同AlexaFluor系列）等，用于标记抗体、多肽以及蛋白功能基团，继而生成分子探针，通过荧光成像进行相应检测。DiR的红外荧光可以穿透细胞和组织，在小动物成像中用来示踪。高分子荧光染料橙色
Super Fluor 680（效果同Alexa Fluor 680）琥珀酰亚胺酯荧光染料。细胞核荧光染料蓝色
细胞培养后，需要对其生长情况、形态甚至生物学性状进行观察。由于细胞小而复杂，若不借助适当的手段，难以观察其形态、结构，更难发现细胞内各种组分的分子组成及功能。目前，已有多种研究细胞的技术，从光学显微镜到电子显微镜，从一般细胞化学法到免疫化学法。细胞染色是研究细胞生物学特征的一种常用手段，然而，对于细胞实验新手来说，想要获得一张漂亮的细胞染色图并不容易。染色试剂不会选、细胞染色不均匀、染色时切片脱落等都是很常见的问题。
细胞膜常用染料DiD、DiR、DiO和DiI染料是最常见的细胞膜染料（见表2），它们是一族亲脂性的荧光染料，用于细胞的形态学和结构研究。该系列染料进入细胞膜后，会在整个细胞膜上侧向扩散，在比较好浓度时可以使整个细胞膜染色。其中DiD染料的染色效率高，染色均一，荧光不易猝灭，无明显细胞毒性，且受自身荧光背景干扰小。目前DiD已成功应用于多种细胞的体内示踪研究，如Treg细胞、间充质干细胞、肿瘤细胞、造血干祖细胞等。 细胞核荧光染料蓝色
