花青类荧光染料属于共振染料，其特征在于具有离域电荷的氮原子（两个氮原子）之间的聚甲炔染料。由于与生物分子的低非特异性结合以及明亮的荧光，花青类荧光染料已成为一些当下流行的用于标记核酸的荧光染料。花青类染料分为两大类：非磺化花青类染料-该组中的一些染料包括cy3、cy3.3、cy5、cy5.5、cy7和cy7.5。在大多数情况下，这些染料的特点是水溶性低，但胺的盐酸盐和酰肼除外。它们首先溶解在有机溶剂（共溶剂）中，然后在生物分子标记期间添加到含有生物分子的溶液中。而“Cy”**花青，***个数字**存在于亚油啉基团之间的碳原子数。另一方面，添加0.5后缀以表示苯并稠合花青。这些荧光染料通常用于有机介质。磺化类花青染料-该组由磺基-Cy3、磺基-Cy5和磺基-Cy7组成。顾名思义，这些花青的特征是一个磺基，它有助于染料分子在水相中的溶解。与非磺化花青相比，这些花青更易溶于水，因此不需要溶解在有机溶剂中进行标记。磺化花青通常用于标记疏水性蛋白质、水溶液中的纳米颗粒以及可能被DMSO或DMF变性的敏感蛋白质。两组染料均可用于标记以下生物分子：肽、寡核苷酸和DNA、抗体、可溶性蛋白质。异硫氰酸荧光素(FITC) 是一种有机荧光染料，目前，这种荧光染料仍用于免疫荧光和流式细胞术中。新疆水溶荧光染料
Hoechst33342是一种可透过细胞膜并对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放强烈的蓝色荧光。Hoechst33342常用于细胞凋亡检测，染色后用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。Hoechst33342-DNA的激发和发射波长分别为350nm和460nm。可溶于水。4.染色程序：（1）用PBS或合适的缓冲液制备10～50µMHoechst33342染料。（2）将1/10细胞培养基体积的Hoechst染料溶液加入细胞培养物中（可以用1/10浓度的Hoechst染料缓冲液代替培养基）。（3）在37℃培养细胞10～20分钟。（4）用PBS或合适的缓冲液洗细胞两次。（5）用带有350nm激发波长，460nm发射波长的滤光片的荧光显微镜观察细胞。山东生物发光荧光染料吲哚菁绿（Indocyanine Green，简称ICG）是一种广泛应用于医学和生物领域的荧光染料。
二、***成像分析：D-荧光素，钾盐，D-PBS,不含钙、镁1、配制溶液使用无菌D-PBS（w/oCa2+;Mg2+）配制D-荧光素钾盐溶液（15mg/ml），0.22µm滤膜过滤除菌（避光），分装后于-20℃或-80℃冷冻保存，避免反复冻融。使用时4℃融化，实验前平衡至室温（避光）2、注射量取决于注射方式，具体如下：注射方式剂量静脉注射（25-27gauge针头）按10µl/g体重浓度，加入相应体积的15mg/ml荧光素工作液腹腔注射（25-27gauge针头）按10µl/g体重浓度，加入相应体积的15mg/ml荧光素工作液肌肉注射（27gauge针头）50µl，浓度为1-2mg/ml荧光素工作液鼻内注射（pipette）50µl，浓度为3mg/ml荧光素工作液3、注射入体内10-20min（待光信号达到**强稳定平台期），再进行成像分析
Cy3 (Cyanine 3) 是一种发橘黄色荧光的花青素荧光染料。Cy3染料的激发峰和发射峰分别在550 nm和570 nm左右，它的荧光肉眼观察很明亮，并且对pH不敏感，在共聚焦显微镜中可以用532nm（肩峰）或者556nm（顶峰）的激光束激发，在普通荧光显微镜中可以用 TRITC (tetramethylrhodamine) 的滤片观察，所以在绝大部分荧光仪器上都可以使用。Cy3也是Dil等细胞电位追踪剂的母核，所以它是在生物技术中非常有用的荧光染料。在荧光成像时，Cy3的背景荧光一般认为比TAMRA等TRITC系列的染料低。 Cy3可以用来标记蛋白，抗体，多肽等，它常见的使用是标记核酸分子（DNA和RNA）。基于荧光图谱的相似性，Cy3可以被TAMRA，TRITC, BODIPY TMR等染料替代，在需要更明亮，更稳定的替代物时，可以考虑使用AF547或者AF555等。CY7 是一种 CY 染料。CY 为花菁 (Cyanine) 的缩写，是由奇数个甲基单元连接的两个氮原子组成的化合物。
FITC荧光标记蛋白的应用及特点:活性荧光染料，如FITC、7-氨基-4-甲基香豆素(AMC)、罗丹明B(RhodamineB)或AlexaFluor染料，可用于标记抗体或蛋白质功能基团，生成分子探针，并通过荧光成像进行检测。当用荧光染料化学标记特异性抗体或其他纯化生物分子时，它们成为用于检测靶抗原或相互作用配偶体的荧光探针，用于细胞成像、流式细胞手术、蛋白质痕迹和酶联免疫吸附实验(ELISA)。由于荧光标记物具有无放射物污染、操作简单等优点，在蛋白质功能研究、药物筛选等许多研究领域得到了越来越广泛的应用。
南京星叶生物科技有限公司Super Fluor 系列（效果同Alexa Fluor系列）
且Super Fluor活化酯（与Invitrogen的Alexa Fluor活化酯完全相同） 荧光素的衍生物包括异硫氰酸荧光素、俄勒冈绿和羧基萘并荧光素等。细胞核荧光染料DIL
小动物成像荧光染料是一种先进的技术可以在小动物体内实时观察和研究细胞、组织的功能和代谢过程。新疆水溶荧光染料
为什么要使用荧光染料？虽然不同的染色技术（即考马斯染色、银染色、荧光染色）可用于可视化凝胶电泳分离的蛋白质，但使用荧光染料具有其独特的优势。他们提供：高灵敏度：对于大多数分析物，荧光测量的灵敏度比吸光度测量高1000倍，即使在使用小样本时也可以令人满意地达到ppt（万亿分之一）的检测限。宽线性动态范围。输出与样品浓度成正比。低干扰：由于吸收光的材料数量众多，分光光度测量通常会遇到干扰问题。在进行荧光测量时不会遇到这个问题，因为只有少数材料具有荧光能力。高通量：荧光测量具有简单而强大的协议，并且可以自动化用于高通量应用。新疆水溶荧光染料
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