第二种***使用的DNA染色方法是Hoechst染料，**初由化学公司HoechstAG生产。Hoechst33258、Hoechst33342和Hoechst34580都是邻苯二甲酰亚胺，具有向A-T富集区插入的趋势，因此后者不常使用。与DAPI相似，此类染料受到紫外线激发并在455nm下发射比较大值，在无结合状态下变为510–540nm。Hoechst染料还具有细胞渗透作用，因此可用于固定细胞和活细胞。与DAPI不同是，Hoechst染料毒性更低。DNA染色剂碘化丙啶无法透过细胞膜。在细胞培养中，因为该染色剂无法进入完好的细胞内，所以常常被用来区分活细胞和死细胞。碘化丙啶也是一种结合剂，但对不同的碱基没有特异性。在核酸结合态下，其比较大激发波长为538nm，比较高发射波长为617nm。未结合状态下碘化丙啶的比较大激发和发射被移到较短的波长和较弱的强度。它也可以在不改变其荧光特性的情况下与RNA结合。要区分DNA和RNA，必须使用足够的聚合酶。罗丹明123一种可对活细胞线粒体染色的细胞染色试剂。山西杭州荧光染料
常用抗体标记荧光染料的特性及其应用
1、FITC:激发波长488nm，比较大发射波长525nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氟离子激光器的流式细胞仪;2)在流式细胞仪的FL1通道检测;3)可用于荧光显微镜技术4)荧光强度易受PH值影响，PH值降低时其荧光强度减弱。2、AlexaFluor488:激发波长488nm，比较大发射波长519nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氟离子激光器的流式细胞仪:2)在流式细胞仪的FL1通道检测;3)具有超乎寻常的光稳定性，非常适用于荧光显微镜技术;4)在较宽的PH值范围内保持稳定(PH4~10)。5)南京星叶生物科技有限公司SuperFluor系列（效果同AlexaFluor系列）质优价廉，欢迎咨询。3、Cy3:激发波长488nm，比较大发射波长570nm。1)其标记的抗体适用于所有配备488nm氟离子激光器的流式细胞仪;2)在流式细胞仪的FL2通道检测:3)适用于荧光显微镜技术;4)为小分子染料，非常适合需小分子染料的流式细胞术，荧光强度低于PE。 宁夏荧光染料DIDSuper Fluor 488（效果同Alexa Fluor 488）标记蛋白。
PI是一种可对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放红色荧光。常用于细胞凋亡(apoptosis)或细胞坏死(necrosis)的检测，常用于流式细胞仪分析。尽管PI不能通过活细胞膜，但却能穿过破损的细胞膜而对核染色。PI经常被用来与Calcein,AM、Hoechst33258或Hoechst33342等一起使用，能同时对活细胞和死细胞染色。PI-DNA复合物的激发和发射波长分别为535nm和615nm。2.染色过程（1）将1/10培养基体积的PI染色液加入到细胞培养基中（也可以用1/10浓度的PI缓冲液代替培养基）。（2）在37℃培养细胞10～20分钟。（3）用PBS或合适的缓冲液洗涤细胞两次。（4）用535nm激发波长，615nm发射波长的滤光器的荧光显微镜观察细胞。储存条件：-20℃干燥避光保存，有效期一年。注意事项：PI对人体有刺激性，请注意适当防护。
荧光染料，由于灵敏度高，操作方便，逐渐取代了放射性同位素作为检测标记，其广泛应用于荧光免疫，荧光探针，细胞染色等。包括特异性的DNA染色，用于染色体分析、细胞周期、细胞凋亡等相关研究。另有很多核酸染料在多色染色系统中是非常有用的复染剂，可作为背景对照，标记细胞核使细胞内结构的空间关系一目了然。荧光标记的单克隆抗体技术为流式细胞仪在研究细胞膜和细胞内各种功能性抗原、**基因蛋白等领域扩展了无限的应用空间。荧光探针可以通过蛋白质交联剂共价结合在单克隆抗体上。免疫荧光标记**常用的染料有异硫氰酸荧光素(fluoresceinisothiocyanate,FITC)、藻红蛋白(PE)以及AlexaFluor系列染料等。核酸荧光染料对细胞核染色后定量测量细胞所发出的荧光强度，就可以确定细胞核中DNA、RNA的含量，并可以对细胞周期和细胞的增殖状况进行分析。有多种荧光染料可以对细胞中的DNA或RNA染色，常用的DNA染料包括碘化丙啶(PI)、DAPI、Hoechst33342等，RNA染料有噻唑橙、吖啶橙等。5(6)-FITC (Fluorescein 5(6)-isothiocyanate) 是一种胺活性衍生物的荧光染料.
Hoechst33258是一种可以穿透细胞膜的蓝色荧光染料，对细胞的毒性较低。用于细胞核染色时，推荐的Hoechst33258工作浓度为0.5-10μg/ml。储存条件：-20℃干燥避光保存，有效期一年。注意事项：Hoechst33258对人体有害，请注意适当防护。荧光染料都存在淬灭的问题，建议染色后尽量当天完成检测。为减缓荧光淬灭可以使用抗荧光淬灭封片液。抗荧光淬灭封片液(P0126)可以向碧云天订购。为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作注意事项：Hoechst33342对人体有一定刺激性，请注意适当防护。荧光染料都存在淬灭的问题，建议染色后尽量当天完成检测。为减缓荧光淬灭可以使用抗荧光淬灭封片液。为了您的安全和健康，请穿实验服并戴一次性手套操作。PI是一种可对DNA染色的细胞核染色试剂，它在嵌入双链DNA后释放红色荧光。浙江流式细胞荧光染料
Cy7 DiC18（DiR）是一个亲脂性、近红外荧光花青染料，这个染料常用于标记细胞质膜。山西杭州荧光染料
一种发光杂环化合物，存在于生物发光的生物体中，如萤火虫。在含有三磷酸腺苷的情况下，通过荧光素酶氧化脱羧产生光。可用于荧光素酶生物发光成像和细胞高通量筛选应用。D-荧光素（D-Luciferin）是萤火荧光素酶底物，其量子效率为0.88，是Luminol的20倍。反应原理：首先，在镁离子存在下荧光素酶使荧光素与ATP反应，接着它被氧化形成二氧杂环丁烷结构并发出黄绿色的光。Luciferin-luciferase发光用于ATP监控以测定细胞活力以及细菌计数。它还用于报告基因检测。可与小动物***成像系统配套使用，用于标记LUC基因后的体内***荧光检测。D-荧光素游离酸（D-Luciferin,freeacid）、D-荧光素钾盐（D-Luciferin,potassiumsalt）和D-荧光素钠盐（D-Luciferin,sodiumsalt），钾盐、钠盐的形式是**通用的，因为它们都易溶于水。钾盐也是***动物检测使用的主要形式。它们的激发和发射波长分别为328nm和533nm。山西杭州荧光染料
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