除了获得载体的滴度及产量，生产慢病毒更关心的指标主要是各种污染物的去除。总DNA污染的去除百分比在99.1-99.84%，总蛋白污染物的去除百分比在99.85-99.9%。针对宿主细胞的DNA（HCD）及蛋白（HCP），有报道其去除百分比分别为99.8%和99.4%。因为不仅残存的DNA可能是个问题，而且DNA的大小以及由此引起的可能转移整个有功能的开放阅读框也是问题，因此监管机构对残存DNA污染的分子量上限的要求越来越高。例如，FDA的指南‘生产用于传染病适应症的病毒疫苗的细胞基质和其他生物材料的特性和鉴定’中说明，残留的细胞宿主的DNA片段不能超过一个功能基因的长度，估计在200bp左右。M-SAN HQ ELISA kit具有高精确度及高准确度。青海生理盐条件中盐核酸酶
此外，文章作者对每个步骤的样品进行纳米颗粒分析（NTA），结果发现：澄清环节后，M-SAN HQ中盐核酸酶和Benzonase处理组才出现比较明确的LV病毒颗粒峰；TFF处理后，回流液样品的LV病毒颗粒峰更加尖锐，表明病毒颗粒分散度更好、稳定性更高。回流液的NTA结果进一步表明，M-SAN HQ中盐核酸酶处理组只有一个病毒颗粒峰，而Benzonase处理组的回流液中有三个峰。作者推测Benzonase处理组的病毒颗粒还有严重的病毒团聚现象，而呈现多峰现象。重庆M-SAN HQ中盐核酸酶70950-160琼脂糖胶结果显示，M-SAN HQ中盐核酸酶能将HCD消化成小于8nt的片段。
残留的宿主DNA是生产中产生的杂质，其存在潜在的致瘤性、传染性和免疫原性等风险。相关研究表明，基因的大小普遍在200bp以上，因此大于200bp有可能会有一定的致病性，而且残留DNA片段越大，生物制品的风险等级越高。因此，各国监管机构对其提出了严格要求。美国食品药品监督管理局（FDA）在《关于人类基因zhiliao新产品生产指导文件》中明确指出HCD的片段要小于200bp。2022年5月，国家药品监督管理局药品评审中心（CDE）发布的《体内基因药物产品药学研究与评价技术指导原则（试行）》中也明确指出需对DNA残留量和残留片段大小进行控制，建议尽量将DNA残留片段的大小控制在200bp以下。
在生物工艺中，核酸酶的主要作用是高效消化宿主细胞DNA（HCD），并将其分解成足够小的片段，以便在下游纯化过程中去除。虽然大多数核酸酶可以在生理盐条件下高效地将裸DNA降解成微小片段，比如Benzonase和SANs都可以把dsDNA分解成小于8nt的寡核苷酸链，但实际生产中的核酸污染情况更加复杂。HCD通常以染色质形式存在，与细胞裂解碎片、病毒颗粒等结合在一起，影响核酸酶的识别及剪切。因此，HCD去除的关键在于——核酸酶如何在复杂的生产体系中识别并剪切HCD。M-SAN HQ中盐核酸酶不需调整培养基任何组分，使用简单方便；
病毒载体作为细胞药物生产的关键原材料，直接关系到细胞产品质量。载体质量的控制和工艺稳定性和批间一致性都是关系到产品能否产业化的关键。在生产纯化过程中，需要去除上游过程中的培养基成分、诱导剂、宿主蛋白和核酸等杂质，但是由于逆转录病毒颗粒比较大，高异质表面糖蛋白，而且活性易于受剪切影响，对下游纯化提出了巨大的挑战。目前病毒载体纯化方法包括超速离心、离子交换层析、分子排阻层析、亲和层析、渗滤等。各种方法各有利弊，就产业化而言，离子交换纯化效果比较好，条件易于摸索，易于规模放大。M-SAN HQ中盐核酸酶更适合细胞基因drug（如AAV、LVV、RV及OV等）的生产。福建培养基条件中盐核酸酶
中盐核酸酶适宜pH范围广（pH7.2-8.7），且在125–250mM盐浓度内具有较高活性。青海生理盐条件中盐核酸酶
大多数研究级别的慢病毒是通过批次浓缩而不是粗制剂之后应用的，浓缩基本上是通过两步离心法产生的。在70000g通过超速离心浓缩后的慢病毒再通过蔗糖缓冲(50000g)纯化，然后溶解在配方缓冲液中。一种改进，特别是纯度方面的改进，基于离心/色谱联用的纯化方法。例如，Kutner等评估了组合纯化/浓缩方法。蔗糖缓冲的超速离心结合阴离子交换层析获得了88.2%的收率，而相反的组合则获得了77.6%的收率。在两种方法中，浓缩都超过了100倍，病毒滴度都超过了1010TU/ml(VSV-g包被的慢病毒)。青海生理盐条件中盐核酸酶
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