除了获得载体的滴度及产量，生产慢病毒更关心的指标主要是各种污染物的去除。总DNA污染的去除百分比在99.1-99.84%，总蛋白污染物的去除百分比在99.85-99.9%。针对宿主细胞的DNA（HCD）及蛋白（HCP），有报道其去除百分比分别为99.8%和99.4%。因为不仅残存的DNA可能是个问题，而且DNA的大小以及由此引起的可能转移整个有功能的开放阅读框也是问题，因此监管机构对残存DNA污染的分子量上限的要求越来越高。例如，FDA的指南‘生产用于传染病适应症的病毒疫苗的细胞基质和其他生物材料的特性和鉴定’中说明，残留的细胞宿主的DNA片段不能超过一个功能基因的长度，估计在200bp左右。M-SAN HQ中盐核酸酶在生理盐浓度下具有较高活性，较适合盐浓度为125-250 mM。上海倍笃生物中盐核酸酶70950-202
染色质由组蛋白和DNA组成，——147个碱基对的DNA缠绕在8个组蛋白（由H2A、H2B、H3和H4形成的八聚体）周围，形成基本的染色质单位，即核小体。核小体像珠串一样串连在一起，并被包装成更高阶的染色质结构。DNA带负电荷，富含碱性氨基酸的组蛋白带正电荷，且组蛋白多聚物有很多疏水区段。所有这些特点导致宿主DNA残留（HCD）能吸附很多物质，包括宿主蛋白残留（HCD）、色谱填料、目的病毒颗粒等，因此，HCD的存在增加了工艺流程的复杂度，同时也降低了病毒颗粒的稳定性。湖南等渗条件中盐核酸酶70950M-SAN HQ中盐核酸酶是用Pichia pastoris表达的重组非特异内切核酸酶。
在传统生物技术行业（如抗体、疫苗领域）使用的下游纯化工艺步骤，已经用于慢病毒的大规模下游处理。主要是基于膜(过滤/澄清，利用切向流过滤TFF进行浓缩/渗滤，基于膜的色谱)和色谱(离子交换色谱IEC，亲和色谱AC，体积排阻色谱SEC)的技术。这些不同的过程步骤的组合是可变的，在某些情况下，不同的纯化方法可以用于相同的目的。此外，采用benzonase/M-SAN HQ中盐核酸酶降解污染的DNA或者用于下游的一个步骤，或者用于病毒生产阶段。
宿主细胞DNA残留的担忧是基于致ai风险理论，特别是生产细胞系所包含的致ai序列，比如较常见腺病毒基因E1A和E1B（HEK293, PerC.6 和CAP 细胞系），人乳tou瘤病毒E6和E7基因（HeLa细胞系)等。当使用致ai细胞系生产AAV时，下游纯化须尽可能减少残留DNA。工业上一般使用核酸酶分解残留DNA，普遍认为小于200 bp的DNA片段可有效降低致ai风险。宿主细胞蛋白残留与免疫原性、炎症或过敏性休克有关。尽管与非人类的生产原料相比（非人类细胞系如BHK21或昆虫细胞，以及辅助病毒如HSV、腺病毒、杆状病毒），人类细胞免疫原性比较弱。ArcticZymes的产品开发、生产、销售和营销过程均通过ISO13485质量标准的认证。
通过三质粒瞬转体系生产病毒载体，会引入宿主细胞DNA残留（HCD）、蛋白残留（HCP）、工艺杂质（如antibiotics、核酸酶等外源物质）等污染，存在潜在的致瘤性和免疫原性等风险。药品监管机构一般允许生物制品中存在10ng/dose以下的残留DNA。此外，根据杂质来源、工艺以及产品类型不同，也会对HCD限度做不同要求。为了达到这个要求，一般通过核酸酶处理和色谱联用的方法。一般在细胞培养液裂解/收获、澄清收获及超滤浓缩等环节加入核酸酶处理，需要工艺摸索来确认处理方式。中盐核酸酶的生产在符合ISO13485:2016体系基础上，增加了cGMP相应要求。海南ArcticZymes中盐核酸酶
M-SAN HQ中盐核酸酶用在生产工艺流程中，在生理盐条件下去除双链及单链的DNA及RNA。上海倍笃生物中盐核酸酶70950-202
基因药物是指将外源基因引入靶细胞，纠正或补偿基因缺陷或异常引起的疾病的。这种策略对许多疾病的康复有很大的潜力，包括ai症、神经退行性疾病和心血管疾病。目前已经进行了2000多项基因药物临床试验，大多数载体已被证明是有效和安全的。目前的研究表明，大约64%的基因药物临床试验是为了医治ai症疾病，而最常见的策略是传递抑制cancer生长或杀死cancer的基因。基因药物的关键是使用安全有效的基因传递载体，如病毒载体和非病毒载体。病毒载体是常用的基因导入的方式之一。而腺病毒的载体由于转基因效率高，不受靶细胞是否分裂的限制，容易制备高滴度的病毒载体，在基因药物和免疫领域有更多的应用。上海倍笃生物中盐核酸酶70950-202
此外，文章作者对每个步骤的样品进行纳米颗粒分析（NTA），结果发现：澄清环节后，M-SAN HQ中盐...
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