细胞基因药物的基因递送有病毒及非病毒两种方式，其中病毒递送更为常用。在病毒递送路径中，腺相关病毒（AAV）和慢病毒（Lentivirus）是常用的两种载体；差别是病毒基因组的存在形式，AAV的基因组一般不整合到染色体中，以游离形式存在于染色体之外，且一般会表达数年之久；而慢病毒的基因组则会整合到染色体达到长期持续表达的目的。此外，其它用于基因药物的病毒载体有单纯疱疹病毒（HSV）、痘苗病毒（Vaccina Virus）、痘病毒（Poxviruses）。SAN HQ高盐核酸酶具有热不稳定的特性，在还原剂存在条件下，50℃、30min孵育即可失活；河南高盐条件高盐核酸酶
Mayer等（2023）以measles virus(麻疹病毒，MV)为例，评估了四种不同核酸酶（BenzonaseTM、DeneraseTM、M-SAN HQ中盐核酸酶及SAN HQ高盐核酸酶）对于染色质DNA去除的效果。Vero细胞通过微载体贴壁培养来生产麻疹病毒MV，72hr后收获上清液，使用3µm cellulose filter(Sartorius)过滤后分装多份，置于-80℃保存便于后续使用。在解冻后的上清中调节对应盐浓度，并加入50 U/ml核酸酶，37℃孵育2hr进行消化，消化后留样；将消化后上清液过Capto Core 700 (Cytiva)柱子，收集流穿液，之后洗杂、洗脱，并分别留样。通过SDS-PAGE分析发现，相比Benzonase等传统核酸酶，在生理盐条件下M-SAN HQ中盐核酸酶更高效将染色质DNA剪切成更小片段，甚至将核小体DNA剪切更彻底。山西基因药物生产用高盐核酸酶70921-150一个美国客户对SAN HQ高盐核酸酶纯化病毒载体的效率进行了评估。
基因疗法制造商面临的挑战与抗体疗法刚出现时单克隆抗体制造商面临的挑战相似。例如，在生产、储存和处理过程中，单克隆抗体也会受到低滴度、产品和工艺相关杂质和降解的挑战。尽管与重组单克隆抗体相比，单剂量AAV产品与工艺相关杂质相关的风险可能更低（取决于杂质的类型、剂量和给药途径），但这也不能忽视。由于这些相似性，制药商、化学品和辅料供应商有机会进行合作，并开发创新的解决方案，以实现稳健和成本效益高的AAV产品生产。
综合腺相关病毒AAV制备的三个工艺阶段介绍，可以看出下游处理可以占病毒生产总成本的很大一部分，而且难度也是非常大，尤其是纯化过程。原因之一是由于有超过100种不同血清型的变体AAV衣壳，不同血清型的AAV蛋白存在差异。因此，各种血清型的表面特性增加AAV纯化难度。原因之二是：针对工艺和产品相关的杂质（包括宿主细胞物质，DNA和空衣壳），缺乏一个有效和可重复的平台方法，尤其是来从空衣壳中分离出完整的衣壳。为了解决以上问题，国内外大的药企公司都致力于纯化新产品的开发，以期达到：（1）实现病毒颗粒的分离（2）减少产品相关杂质（3）保持效力和产量的目标。在符合ISO13485:2016体系基础上，增加了cGMP相应要求。
氯化铯(CsCl)/碘克沙醇密度梯度离心大概是经典的AAV纯化技术了。这种技术适用于所有血清型且分辨率高，但是因生产工艺很难放大，低通量等缺点阻碍了其在工业中的应用。继密度梯度离心之后，色谱法不断发展，并逐渐成为一种成熟的、主流的方法。色谱法通过载体的净电荷、疏水性、对配体的亲和性、大小以及其他性质来分离并纯化载体。这类技术有诸多的优点：更具可扩展性和成本效益，可多次重复使用，可并行运行或串联运行，还可有效去除非定植剂，这是开发后期的一个关键方面。ArcticZymes Technologies成立于20世纪80年代后期，总部位于挪威北部的特罗姆瑟(Tromsø)。山西基因药物生产用高盐核酸酶70921-150
SAN HQ高盐核酸酶能够使载体表面的DNA去除更彻底，得到的AAV病毒颗粒更稳定。河南高盐条件高盐核酸酶
通过三质粒瞬转体系生产病毒载体，会引入宿主细胞DNA残留（HCD）、蛋白残留（HCP）、工艺杂质（如antibiotics、核酸酶等外源物质）等污染，存在潜在的致瘤性和免疫原性等风险。药品监管机构一般允许生物制品中存在10ng/dose以下的残留DNA。此外，根据杂质来源、工艺以及产品类型不同，也会对HCD限度做不同要求。为了达到这个要求，一般通过核酸酶处理和色谱联用的方法。一般在细胞培养液裂解/收获、澄清收获及超滤浓缩等环节加入核酸酶处理，需要工艺摸索来确认处理方式。河南高盐条件高盐核酸酶
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