氯化铯(CsCl)/碘克沙醇密度梯度离心大概是经典的AAV纯化技术了。这种技术适用于所有血清型且分辨率高，但是因生产工艺很难放大，低通量等缺点阻碍了其在工业中的应用。继密度梯度离心之后，色谱法不断发展，并逐渐成为一种成熟的、主流的方法。色谱法通过载体的净电荷、疏水性、对配体的亲和性、大小以及其他性质来分离并纯化载体。这类技术有诸多的优点：更具可扩展性和成本效益，可多次重复使用，可并行运行或串联运行，还可有效去除非定植剂，这是开发后期的一个关键方面。在AAV生产过程中使用SAN HQ高盐核酸酶。江西高盐核酸酶70921-202
一个美国客户做了对照实验，比较Benzonase和SAN HQ高盐核酸酶纯化病毒载体的效率。实验设计如下，HEK293细胞转染及培养后，分别取了150Million的293细胞进行裂解，分别在各自适宜的条件下（即SAN HQ组反应条件为500mM盐浓度，而Benzonase组反应条件是150mM盐浓度）加入等量的酶（0、2kU、3kU、4kU、5kU、6kU），37°孵育1hr，加入Picogreen染料后检测DNA的残留量。结果发现，SAN HQ高盐核酸酶组用更少的酶得到了更好的去除效果（即2kU的SAN HQ消化结果明显优于6kU的Benzonase），且SAN HQ的高纯化效率是非血清型依赖的。贵州高盐核酸酶70921-202SAN HQ高盐核酸酶的改善效果与血清型无关。
Mayer等（2023）以measles virus(麻疹病毒，MV)为例，评估了四种不同核酸酶（BenzonaseTM、DeneraseTM、M-SAN HQ中盐核酸酶及SAN HQ高盐核酸酶）对于染色质DNA去除的效果。Vero细胞通过微载体贴壁培养来生产麻疹病毒MV，72hr后收获上清液，使用3µm cellulose filter(Sartorius)过滤后分装多份，置于-80℃保存便于后续使用。在解冻后的上清中调节对应盐浓度，并加入50 U/ml核酸酶，37℃孵育2hr进行消化，消化后留样；将消化后上清液过Capto Core 700 (Cytiva)柱子，收集流穿液，之后洗杂、洗脱，并分别留样。通过SDS-PAGE分析发现，相比Benzonase等传统核酸酶，在生理盐条件下M-SAN HQ中盐核酸酶更高效将染色质DNA剪切成更小片段，甚至将核小体DNA剪切更彻底。
大规模生产阶段，AAV/LV载体生产流程跟抗体、疫苗类药物的生产类似，主要包含上游培养、下游纯化及制剂部分。上游培养分为质粒开发、细胞扩增、三质粒共转染及病毒载体生产等步骤。下游纯化分为细胞裂解释放AAV病毒颗粒（可以通过去污剂、机械作用、高渗或冻融操作等）or收获细胞上清液得到含LV病毒原液、加入核酸酶以减少宿主细胞核酸污染、澄清是通过离心或过滤等方法去除细胞碎片和杂质等、超滤浓缩以减少后续色谱纯化体系、亲合及离子交换等纯化得到高纯度病毒载体。制剂部分主要是超滤更换缓冲液、过滤除菌及制剂灌装等。在生物制品生产，如AAV载体及腺病毒载体疫苗生产中，宿主细胞DNA残留是关键质量参数之一。
经典的慢病毒载体（LV）的生产工艺如下，——三质粒系统瞬时转染HEK293细胞系，转染24小时后LV由转染阳性细胞生产并排出到培养上清液中；收获上清培养液后，加入核酸酶去除HCD污染，通过澄清步骤去除大的细胞碎片等杂质；下游纯化步骤分离LV载体，纯化方法包括切向流过滤TFF、色谱纯化及超速离心；纯化后的LV病毒颗粒经过无菌过滤，更换到优化后的配方中，灌装并冷冻保存。每批Car-T生产时取对应量的LV病毒，切忌反复冻融，否则LV病毒会失活。ArcticZymes Technologies旨在是研究和开发具有独特特性的酶。青海基因药物生产用高盐核酸酶
高盐浓度下，宿主DNA与蛋白质能够更高效解离，从而更容易被降解。江西高盐核酸酶70921-202
细胞基因药物的基因递送有病毒及非病毒两种方式，其中病毒递送更为常用。在病毒递送路径中，腺相关病毒（AAV）和慢病毒（Lentivirus）是常用的两种载体；差别是病毒基因组的存在形式，AAV的基因组一般不整合到染色体中，以游离形式存在于染色体之外，且一般会表达数年之久；而慢病毒的基因组则会整合到染色体达到长期持续表达的目的。此外，其它用于基因药物的病毒载体有单纯疱疹病毒（HSV）、痘苗病毒（Vaccina Virus）、痘病毒（Poxviruses）。江西高盐核酸酶70921-202
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