在传统生物技术行业（如抗体、疫苗领域）使用的下游纯化工艺步骤，已经用于慢病毒的大规模下游处理。主要是基于膜(过滤/澄清，利用切向流过滤TFF进行浓缩/渗滤，基于膜的色谱)和色谱(离子交换色谱IEC，亲和色谱AC，体积排阻色谱SEC)的技术。这些不同的过程步骤的组合是可变的，在某些情况下，不同的纯化方法可以用于相同的目的。此外，采用benzonase/M-SAN HQ中盐核酸酶降解污染的DNA或者用于下游的一个步骤，或者用于病毒生产阶段。中盐核酸酶适宜pH范围广（pH7.2-8.7），且在125–250mM盐浓度内具有较高活性。云南中盐核酸酶70950
大多数研究级别的慢病毒是通过批次浓缩而不是粗制剂之后应用的，浓缩基本上是通过两步离心法产生的。在70000g通过超速离心浓缩后的慢病毒再通过蔗糖缓冲(50000g)纯化，然后溶解在配方缓冲液中。一种改进，特别是纯度方面的改进，基于离心/色谱联用的纯化方法。例如，Kutner等评估了组合纯化/浓缩方法。蔗糖缓冲的超速离心结合阴离子交换层析获得了88.2%的收率，而相反的组合则获得了77.6%的收率。在两种方法中，浓缩都超过了100倍，病毒滴度都超过了1010TU/ml(VSV-g包被的慢病毒)。江苏M-SAN HQ中盐核酸酶M-SAN HQ中盐核酸酶生产符合ISO 13485:2016规范，提供相关文件用于申报。
病毒载体作为细胞药物生产的关键原材料，直接关系到细胞产品质量。载体质量的控制和工艺稳定性和批间一致性都是关系到产品能否产业化的关键。在生产纯化过程中，需要去除上游过程中的培养基成分、诱导剂、宿主蛋白和核酸等杂质，但是由于逆转录病毒颗粒比较大，高异质表面糖蛋白，而且活性易于受剪切影响，对下游纯化提出了巨大的挑战。目前病毒载体纯化方法包括超速离心、离子交换层析、分子排阻层析、亲和层析、渗滤等。各种方法各有利弊，就产业化而言，离子交换纯化效果比较好，条件易于摸索，易于规模放大。
Medium-Salt Active Nuclease High Quality (M-SAN HQ，中盐核酸酶)，是用Pichia pastoris表达的重组非特异内切核酸酶，广泛应用于生产工艺流程中，在生理盐条件下去除双链及单链的DNA及RNA。这款核酸酶的适宜pH范围很广（pH 7.2-8.7），且在125-250 mM盐浓度内具有适宜活性。在细胞培养液或收获的培养上清中，不需调整任何组分，直接加入M-SAN HQ即可表现高核酸酶活性。相比传统的全能核酸酶，M-SAN HQ中盐核酸酶在生理盐条件下，对HCD的去除更高效、更彻底。因此，M-SAN HQ中盐核酸酶非常适合部分病毒载体（如慢病毒、逆转录病毒及溶瘤病毒等）的生产。ArcticZymes成立于20世纪80年代后期，总部位于挪威北部的特罗姆瑟。
在生物工艺流程中，需要使用核酸酶去除终产品中的核酸污染，而核酸酶作为外源成份，也需要在生产流程中去除。核酸酶去除工艺包括热灭活法、酶抑制剂、离子交换和亲合层析法等。慢病毒LV的pI在6.0-6.5左右，包装了完整基因组DNA后的AAV病毒颗粒PI大致为5.9，来自于S.marcescens的全能核酸酶pI 6.85左右，M-SAN HQ中盐核酸酶pI 8.7左右。因此，在同样的条件下，从LV/AAV溶液中去除M-SAN HQ中盐核酸酶比去除Benzonase全能核酸酶更容易、更彻底。M-SAN HQ中盐核酸酶不含动物源成份，无蛋白酶活性；河北M-SAN中盐核酸酶70950
琼脂糖胶结果显示，M-SAN HQ中盐核酸酶能将HCD消化成小于8nt的片段。云南中盐核酸酶70950
文章作者对酶法去除dsDNA进行了优化研究，两种酶浓度梯度为25U/ml、50U/ml及100U/ml，Mg2+浓度为5mM，通过PicoGreen检测dsDNA含量。结果发现，25U/ml的M-SAN HQ中盐核酸酶对dsDNA去除效果明显优于100U/ml的Benzonase。此外，在酶切反应速度方面，M-SAN HQ有更明显的优势，——在低浓度底物dsDNA（如20ng/ml）条件下，50U/ml的M-SAN HQ在5分钟内将dsDNA降解到2ng/ml左右；而50U/ml的Benzonase在30分钟孵育消化后，dsDNA浓度依然是12ng/ml左右。云南中盐核酸酶70950
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