选择质量合格，过期不能用。菌肥必须保存在低温（较适温度4～10℃）、阴凉、通风、避光处，以免失效。有的菌种需要特定的温度范围，如哈茨木霉菌需要保存在2-8℃的恒温箱内，有效期为一年，而一些芽孢杆菌要根据生产质量高低，主要是看芽孢化水平，芽孢化高的能保存一年半甚至更久，芽孢化不好的达不到半年就失效，所以菜农应谨慎选择菌肥产品。根据菌种特性，选择使用方法。建议大家在使用生物菌肥的时候，基施可用方法有：撒施、沟施、穴施，也可以撒施一部分，剩余部分可以穴施效果更佳。不建议冲施生物菌肥，这样效果不佳，但是可以灌根，主要针对液体生物菌肥。尽量减少微生物死亡。施用过程中应避免阳光直射；蘸根时加水要适量，使根系完全吸附。蘸根后要及时定植、覆土，且不可与农药、化肥混合施用，特别是现在很多菜农为防治根茎部病害，使用农药灌根，如多菌灵、恶霉灵、硫酸铜等药剂，***、细菌都能防治，但对菌肥中的有益菌也有杀灭作用，所以建议使用菌肥后不要再用农药灌根。科学研究发现，没有有机质，就没有肥沃的土壤。吉林便宜微生物菌剂技术指导
习惯与化学农药混用降低活性
微生物菌剂中含有活菌成分，将微生物菌剂与杀细菌药剂混合使用且长时间放置，极易影响菌的活性，造成部分菌死亡。
轻视使用量，用量不足，效果打折扣
使用微生物菌剂能取得好的效果，前提是要用足量。
土壤中的微生物种类繁多，数量巨大，接种的外来有益菌要形成优势菌群，需要经历来自环境的考验和土壤原有微生物的竞争，为了促进有益菌的繁殖需要人为创造有利于有益菌生长的条件，如改良酸化土壤，调整土壤酸碱度，增施有机肥，提高土壤物理肥力，增加微生物菌的数量等。
使用方法和时间掌握不当
微生物菌剂使用方式灵活多样，液体菌剂可以用来拌种、浸种、喷施、蘸根、灌根；固体菌剂可以用来拌种、蘸根、混播、混施。
甘肃湿地微生物菌剂技术指导纯植物源原料，能明显促进作物的生长发育，有利于作物增产。
对树体生长发育的影响 研究表明，设施桃树上施用微生物肥料后，显着提高了土壤温度，10厘米根际土壤温度平均升高2.2℃；促进了土壤表层根系的发生与生长，细根数量比对照增加1.5倍；明显提高了桃的坐果率，比对照提高45.6%；成熟期提前，比对照早熟10~12天。在设施草莓上施用微生物肥料后，植株生长明显改善，所有指标均高于对照。对土壤理化性质的影响 研究结果表明，施用微生物肥料后，果园土壤容重变小，土壤孔隙度增大，增加了土壤微生物数量，土壤透气性得到改善，有机质含量明显提高，土壤供氮和供磷能力增强，土壤酸碱性得到改善，有利于土壤中养分的释放。在盆栽葡萄上的研究结果表明，施用微生物肥料后，盆栽葡萄土壤中放射菌和细菌等有益菌的数量明显增加，其中放射菌含量达到7.6×108，是鸡粪和牛粪的200多倍，比羊粪也高出80多倍。
对植物根系：生根，养根、壮根。有益菌分泌物质刺激根系迅速生长，对根系有修复和再生的功能，减少沤根，烂根，促进根系发达，使植株健壮，叶片肥厚，叶色浓绿，花色鲜艳，提高植物成活率。提高肥料利用率：制造和协调农作物吸收营养。微生物菌剂里的有益微生物把土壤中植物不可溶的磷钾钙镁锌等释放游离出来供植物吸收，相当于在植物根系建立了营养库。产生的微量元素刺激根系生长，极大提高了肥料利用率。调节土壤，没有伤害：降解硝酸盐和农药残留，修复土壤，提高农产品品质。微生物的生命活动降低硝酸盐及农药残留，调节PH值，增加氨基酸、糖分、维生素等含量。有益菌群相互协同，共同作用，能使作物达到高产丰产的效果。
调控环境促进微生物菌剂的增殖——温、光、水、肥、pH；在适宜的温度下施用：一般微生物菌剂在地温为18-25℃时使用较好，此时菌剂中的活菌生命活动较为活跃，低于5℃或高于40℃施用效果较差，因此建议在早上或傍晚施用。尽量不在强光下施用，因为紫外线会对微生物有伤害；一般微生物菌肥较适的土壤相对含水量是60%-70%左右，水分过多或过少都不利于生物菌的生存。这种含水量的土壤，一般手捏成团，扔在地上约有一半散开，手上有湿印和凉感。注意避免在土壤干旱的条件下施用。工业化、现代化的发展进程中，经济快速发展，引起了一系列的环境问题。内蒙古大丰收微生物菌剂品质保障
生物有机肥和普通有机肥料的产品执行标准不同。吉林便宜微生物菌剂技术指导
不同的使用方式对效果有一定的影响，应避免在土壤表层撒施、高温强光下喷雾，做底肥、沟施、穴施、灌跟使用时采用局部用肥的方法会有利于肥效的发挥，与未腐熟的畜禽粪混合使用时，腐熟过程中的高温对菌剂活性和数量会产生影响，建议将畜禽粪腐熟后再混用。几十年前，大量的化肥种植方式致使土壤板结；果蔬不再如较初般绿色纯粹；粮食的成长一季快过一季，农产品的产量越来越高了，却不再吃的安心了，生活越来越好了，却不再吃的尽兴了。至此改变了经济发展与农业发展的桎梏，从化肥、农药、***再到绿色农用生物制品。致力于通过活性菌微生物方案解决土壤板结、环境污染、空气污染、农产品品质下降问题，让大地重回自然！吉林便宜微生物菌剂技术指导
