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何川教授助力m1A甲基化修饰研究。2019年9月23日,美国芝加哥大学BryanC.Dickinson团队与何川团队在NatureMethods上发表“EvolutionofareversetranscriptasetomapN1-methyladenosineinhumanmessengerRNA”研究成果,该项研究开发并验证了一个逆转录酶进化平台,可快速选择逆转录酶,使其在逆转录过程中越过RNA修饰位点,并使其发生突变,从而特异性识别RNA修饰。该平台首先被应用到了对m1A修饰的检测,在测序过程中产生突变标记,终实现单碱基识别m1A,为m1A生物学的研究提供了新的工具、分析方法和数据集。与m6A RNA检测方式一致,针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术。延庆区m1A文章

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为了研究人细胞转录组中的m1A修饰,伊成器课题组首先利用高分辨质谱对mRNA中的m1A修饰进行定量,发现其guang泛存在于各种细胞系中。该研究继而通过化学生物学、高通量测序等手段,发展了“m1A-ID-seq”一种结合抗体富集和特异性酶促反应的m1A RNA甲基化测序新技术。利用这一技术,该研究成功实现了人细胞系全转录组水平的高分辨率m1A检测,鉴定出901个含有m1A修饰的转录本,并且发现m1A呈现强烈的5’非转录区分布特异性。云序生物是一家比较不错的做RNA甲基化的公司,他们的RNA甲基化口碑很好,延庆区m1A文章全转录组测序,哪家比较好,云序生物比较好。

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案例3:细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰-Base-Resolution,期刊:MolecularCell 影响因子:13.84,本研究通过单碱基分辨率方法的m1ARNA甲基化测序技术鉴定了细胞核和线粒体中m1A 甲基化修饰位点。结果发现大多数m1A甲基化修饰富集在mRNA的5’UTR,小部分符合“GUUCRA”基序的m1A 位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A 修饰。此外,线粒体编码的转录本中也有大量的m1A 甲基化修饰。该研究还表明,位于5’UTR 区,尤其是转录本di一和第二位上的m1A 可促进mRNA 翻译,而位于编码区的m1A 可抑制翻译作用。因此,m1A 测序不仅揭示了核编码和线粒体编码的转录本上不同类型的m1A 甲基化修饰,还为进一步m1A 甲基化功能验证提供了重要工具。

02 检测整体m1A RNA修饰水平, LC-MS/MS检测整体RNA修饰水平,准确高效,可以实现一次检测,9类修饰水平检测,一步到位。03 m1A RNA修饰上游酶的筛选, m1A RNA修饰相关酶PCR芯片,寻找上游直接调控m1A RNA甲基化的甲基转移酶。04 m1A RNA修饰靶基因验证,meRIP-qPCR,云序提供各类不同修饰的meRIP-qPCR服务,可针对mRNA,lncRNA,环状RNA等不同类型的RNA分子进行检测,低通量验证RNA修饰靶基因表达水平。m1A RNA甲基化是一类新发现的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修饰(N1-methyladenosine,m1A)。m1A pri-miRNA测序,m1A lncRNA测序,m1A mRNA测序。

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案例2:细胞核和线粒体编码的转录本的m1A甲基化修饰,原文:Base-ResolutionMappingRevealsDistinctm1AMethylomeinNuclear-andMitochondrial-EncodedTranscripts,期刊:MolecularCell影响因子:15.59,本研究通过单碱基分辨率方法“m1A-MAP”鉴定了细胞核和线粒体中m1A甲基化修饰位点。结果发现大多数m1A甲基化修饰富集在mRNA的5’UTR,小部分符合“GUUCRA”基序的m1A位点由一个已知的甲基化酶复合物TRMT6/61A修饰。此外,线粒体编码的转录本中也有大量的m1A甲基化修饰。该研究还表明,位于5’UTR区,尤其是转录本di一和第二位上的m1A可促进mRNA翻译,而位于编码区的m1A可抑制翻译作用。因此,m1A测序不仅揭示了核编码和线粒体编码的转录本上不同类型的m1A甲基化修饰,还为进一步m1A甲基化功能验证提供了重要工具。m1A修饰作为一类新型RNA甲基化,其功能和机制都亟待挖掘。东城区m1A

m1A是真核生物tRNA和rRNA丰度很高的一种转录后修饰。延庆区m1A文章

为了探究m6A保守序列在不同组织之间和发育阶段之间的差异,RRACH保守序列被细分为4种子序列。对比胎儿和成年人的组织,发现心脏、肾和肺组织中m6A保守序列比例发生变化,而肝和肌肉在成年前后m6A保守序列比例相对不变。对比不同组织中的保守序列发现,AAACH和GGACH两种保守序列的比例在组织间差异较大,且同时含有这两种序列的m6A峰的数目明显低于随机重排后分析出的预测数目,暗示了这两种保守序列可能是由不同的甲基化酶亚基互作用蛋白来识别的。云序生物是一家比较不错的做RNA甲基化的公司,他们的RNA甲基化口碑很好,延庆区m1A文章

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