为了寻找eccDNA基因组来源,研究者选用了非ai细胞系mESC作为研究对象,以确保正常的基因组状态。随后,采用前述的方法分离纯化了高纯度的eccDNA,并采用平行的两种不同方法(滚环扩增+单分子纳米孔测序、Tn5转座酶片段化后PCR扩增+illumina高通量测序)对eccDNA进行了测序,两种方法均发现,eccDNA的来源序列普遍分布于整个基因组上,在各条常染色体上表现出高度均匀分布特征。云序生物是国内best早提供eccDNA测序服务的公司,云序在2018年已就启动了组织细胞eccDNA测序服务的开发,专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。海南云序生物环状DNA测序
环状DNA检出率高:采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。专业的生物信息学分析:专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。一站式服务:客户只需提供细胞、组织或基因组DNA,云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。云序组织细胞环状DNA测序服务(Circle-seq),采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA,极大地提高了环状DNA的检出率。技术环状DNA价格2019年关于环状RNA的国自然审批金额高达8000多万。
研究组织、细胞的环状DNA测序常用Circle-seq技术,Circle-seq测序中就包含柱纯化去除线性DNA,具体步骤是柱纯化去除基因组DNA、外切酶对柱纯化后产物进行酶消化、滚环扩增放大环状DNA信号以及best后建库测序。因此,相对于大量存在的基因组DNA,环状DNA在细胞中的含量非常少,所以从样品中提取总DNA后,第一步需要通过柱纯化去除基因组DNA,以免测序中基因组DNA占据大部分数据量。柱纯化这一步骤十分关键,既要best大限度地去除基因组DNA, 又需best大限度保留环状DNA分子,尤其是避免丢失掉超长和超短的环状DNA。
eccDNA新功能 作者分析测序数据发现神经母细胞瘤基因组中多数染色体内和染色体间基因的重排与eccDNA区域相吻合,支持了eccDNA介导基因组重塑的猜想。而且2018年文章报道在对546个儿科tumour基因组重排情况数据收集分析发现其中9%的儿科tumour的eccDNA存在树状重排模式,由此作者推测eccDNA衍生的树形重排可以dai表eccDNA整合到基因组中形成嵌合体。作者发现环状整合位点以及嵌合体中富集了tumour相关基因。检测整合对于基因表达的影响发现eccDNA整合激huo原ai基因的表达扩增以及异常融合基因表达。这些研究结果为儿童ai症的发病机理研究提供了一个方向,同时也有望成为ai症的诊断标志。环状RNA CDR1as破坏p53/MDM2复合体,抑制胶质瘤的形成。
染色体外环状DNA(extrachromosomalcircularDNAs,eccDNAs)产生于染色体上的序列,在起源上有较高的异质性,可以影响细胞生命活动,促进tumour细胞演进和适应性进化,是tumour的重要基因组特征。然而,对于染色体外环状DNA的结构、组成和全基因组频率仍然缺乏较为普遍而深入的研究。科研人员结合基因组学和转录组学的方法分析了神经母细胞瘤(一种起源于儿童期的由交感神经系统原始细胞产生的tumour)中的染色体外环状DNA的图谱,鉴定并表征了普遍来源于体细胞的和未被报道的体外染色体环状DNA。此外,还意外发现染色体外环状DNA是体细胞基因组重排的主要来源,可以通过嵌合体循环和将环状DNA重新整合进线性基因组,促进ai基因重塑。因为这些环状 DNA 存在于染色体之外,因此也得名“染色体外环状 DNA”。江西测序环状DNA
云序优势:精确地数据,速度快,效率高。海南云序生物环状DNA测序
人血浆中细胞游离的DNA(cfDNA)的片段化模式是引起人们普遍研究的领域。在怀孕期间,观察到胎儿血浆DNA(主要是胎盘来源)是线性DNA的片段,比母体来源(主要是造血来源)DNA短。有研究报道了人和鼠血浆中存在染色体外环状DNA(eccDNA)。但是,尚无有关孕妇血浆中eccDNA的公开数据。2020年1月3日,香港大学卢煜明团队在PNAS 在线发表题为“Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasma”的研究论文。海南云序生物环状DNA测序
上海云序生物科技有限公司成立于2015-03-02年,在此之前我们已在RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体行业中有了多年的生产和服务经验,深受经销商和客户的好评。我们从一个名不见经传的小公司,慢慢的适应了市场的需求,得到了越来越多的客户认可。公司主要经营RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体,公司与RNA甲基化,表观遗传学,转录组测序,外泌体行业内多家研究中心、机构保持合作关系,共同交流、探讨技术更新。通过科学管理、产品研发来提高公司竞争力。高通量测序,测序合成,科研,技术服务严格按照行业标准进行生产研发,产品在按照行业标准测试完成后,通过质检部门检测后推出。我们通过全新的管理模式和周到的服务,用心服务于客户。上海云序生物科技有限公司依托多年来完善的服务经验、良好的服务队伍、完善的服务网络和强大的合作伙伴,目前已经得到商务服务行业内客户认可和支持,并赢得长期合作伙伴的信赖。