云序生物为您带来一种基于酶学方法的 DNA 甲基化测序技术 EM-seq(EnzymaticMethyl-seq),该方法结合使用多种酶,在保证 5mC 和 5hmC 在 Illumina 测序中仍被识别为 C 的前提条件下,将未发生修饰的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),并在后续的扩增和测序过程中被识别为胸腺嘧啶(T)。EM-seq 有效弥补了 Bis-Seq 需要极端反应条件的缺陷,可以普遍应用于包含 ctDNA 在内的微量脆弱 DNA 样品。同时,EM-seq 得到的测序结果与 WGBS 得到的转化序列相同,因此可以使用相同的数据分析流程。运用 EM-seq 技术,需低至 10ng 的 DNA 样品便可进行单碱基精度的全基因组 5mC 修饰测序。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。西藏表观遗传组测序是什么
多次实验之间的一致性更高 EM-seq 文库在不同起始量之间的相关性都很高,表明 EM-seq 检出的数据具有很好的可重复性,且甲基化检测灵敏度不会随着起始量的减少而降低;相形之下,不同的 WGBS 文库之间的相关性就不够理想。更精准地检测转录起始位点的甲基化数据 在低表达基因的转录起始位点附近,胞嘧啶一般会发生甲基化修饰,但由于 WGBS 法倾向于低估 GC 区域,因此难免遗漏一些转录起始位点附近的甲基化修饰;EM-seq 因为其出色的 GC 覆盖均一性,可以更精准地检测转录起始位点的甲基化数。西藏服务表观遗传组测序文章ctDNA甲基化不但可以作为tumsour分子标志物,还可用于追溯tumsour细胞的组织来源。
1、DNA甲基化富集峰的识别通过高通量测序和生物信息分析,识别甲基化富集的基因组区域,默认p<=1e-5(具体参数以报告为准,云序生物会根据数据,适当调整参数)的峰为统计上明显的甲基化区注:每个样品组做一个Input,以去除基因组背景,降低假阳性率2、DNA甲基化区域富集峰的注释富集峰识别后,得到的是一堆基因组位置信息,通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释,并根据峰中点相对于已知基因的位置,将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰
早在十九世纪后期,科学家就通过显微镜观察到了蛋白质与 DNA 直接的相互作用,从那以后,他们开始深入探索蛋白质结合并控制 DNA 的作用机制。为了研究 DPI,科学家发明了很多方法:凝胶阻滞、DNaseI 足迹实验、甲基化干扰、体内足迹、酵母单杂、ChIP-Seq 等。其中 ChIP-Seq 因其能真实、完整地反映结合在 DNA 序列上的靶蛋白,是目前全基因组水平研究 DPI 的标准实验技术。 ChIP-Seq 的基本过程包括甲醛交联将细胞内与 DNA 结合的蛋白固定,再裂解细胞,超声断裂 DNA,将 DNA-蛋白质复合物结合在特异性抗体上,再用可以结合抗体的 ProteinA 磁珠将抗体-蛋白-DNA 复合物抓取下来,之后将 DNA 与蛋白解离,将 DNA的片段补平,加 A,加接头,进行高通量测序。这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA)。
CUT&Tag技术研究蛋白质-DNA互作的优势原文:CUT&Tagforefficientepigenomicprofilingofsmallsamplesandsinglecells期刊:NatureCommunications发表时间:20190429影响因子:11.878在生物学研究中,DNA与蛋白质之间的互作是至关重要的,参与基因的表达、调控、复制、重组和修复以及RNA的转运、翻译和调控等多个过程,几乎涉及所有的生命活动。目前研究两者互作的方法很多,作者选择了传统的研究手段ChIP-seq,优化的CUT&RUN方法,以及新方法CUT&Tag共同研究组蛋白H3K27me3。通过比对实验结果,发现CUT&Tag有低的背景噪声以及强的信号。通过对H3K4me1修饰物进行分析,显示CUT&Tag的灵敏度高,实验可重复性好。目前,环状DNA不但可以作为一种新型特异的tumsour标志物。广西技术表观遗传组测序价格
ctDNA甲基化基因的有效性(AUC:0.816)远高于传统分子标志物AFP(AUC:0.969)。西藏表观遗传组测序是什么
全基因组重亚硫酸盐测序法(Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS)一度是 DNA 5mC 测序的金标,可以将未经化学修饰的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U),并在后续的扩增和测序过程中被读取为胸腺嘧啶(T),同时保持甲基化修饰的 5mC 和羟甲基化修饰的 5hmC 在测序中仍被读取为 C。然而,WGBS 法需要极端的温度和化学环境,容易造成 DNA 的断裂降解;并且,WGBS 法对未经化学修饰的胞嘧啶(C)具有高比例的破坏力,致使 GC 富集区相比于 AT 富集区更容易丢失,在测序文库中造成“GC 覆盖度偏误”。 由于 ctDNA 含量低、稳定性差,若采用 WGBS 法对 ctDNA 进行 5mC 测序,将会难以避免地带来很多负面影响: 经化学处理后所得的 DNA 总量低,难以满足测序文库所需的量; DNA 丢失严重,覆盖度低,容易造成测序缺口(gap); GC 检测覆盖程度不均一,未能反应真实情况。西藏表观遗传组测序是什么
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