EM-seq的优势相比于传统的WGBS拥有多种优势:DNA测序文库质量高、所需DNA起始量小相比于WGBS,EM-seq对DNA的损伤小,因此可以用更少DNA样品、更少的PCR轮数扩增出高质量的测序文库。云序生物提供的EM-seq服务,所需的DNA起始量可低至10ng。DNA文库的插入片段更长、更完整相比于WGBS,EM-seq处理后的DNA的片段更完整,长度更长,避免产生测序缺口。出色的GC覆盖均一性无论GC程度高低,EM-seq的覆盖度都有均匀且优良的表现;相比之下,WGBS测序文库高估了AT区,却低估了GC区,造成“GC覆盖度偏误”。ctDNA甲基化基因的有效性(AUC:0.816)远高于传统分子标志物AFP(AUC:0.969)。广东文章 表观遗传组测序价格
案例:hMeDIP-seq揭示了心机细胞发育与肥大过程中的基因表达与5hmC有关 DNA hydroxymethylation controls cardiomyocyte gene expression in development and hypertrophy[J].Greco C M, Kunderfranco P, Rubino M, et al . Nature Communications, 2016, 7:12418. 5-hmC(DNA羟甲基化)在基因体上富集能够激huo基因的转录调控,但对启动子和远端调节区的功能不太清楚。本文主要是以不同发育时间点和心肌肥大的心肌细胞为实验载体,主要剖析5-hmC在心肌细胞(CMC)基因组中的分布,并揭示了5-hmC在心脏发育和疾病中的作用机制。1)通过DNA羟甲基化测序,作者发现在心脏发育过程中,CMCs中的5-hmC在基因间区域逐渐减少,并向GB上富集(图1)。2)通过DNA羟甲基化和转录组关联分析,作者得出5-hmC是CMCs发育和肥大过程中的重要调控因子(图2)。上海表观遗传组测序介绍同时检测环状DNA及其甲基化状况,节约样品,性价比高。
多次实验之间的一致性更高 EM-seq 文库在不同起始量之间的相关性都很高,表明 EM-seq 检出的数据具有很好的可重复性,且甲基化检测灵敏度不会随着起始量的减少而降低;相形之下,不同的 WGBS 文库之间的相关性就不够理想。更精准地检测转录起始位点的甲基化数据 在低表达基因的转录起始位点附近,胞嘧啶一般会发生甲基化修饰,但由于 WGBS 法倾向于低估 GC 区域,因此难免遗漏一些转录起始位点附近的甲基化修饰;EM-seq 因为其出色的 GC 覆盖均一性,可以更精准地检测转录起始位点的甲基化数。
案例2:鼻细胞表观基因甲基化作为儿童哮chuan和气道炎症生物标志物的研究期刊:NatureCommunication影响因子:11.878本文作者研究团队首先借助850K甲基化芯片平台对547名儿童鼻孔细胞表观基因组做了DNA甲基化检测分析,并对当前的哮chuan、变应原致敏、变应性鼻炎、呼出气一氧化氮(FeNO)和肺功能进行了鼻表观基因组关联分析(EWAS)。结果显示DNA差异甲基化主要发生在哮chuan相关基因、参与Th2和嗜酸性反应的基因、以及可能改变呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者还发现发现随着过敏和哮chuan生物标志物的升高,表观遗传年龄会加速。综上所述,鼻细胞外基因组甲基化可以作为哮chuan、过敏和气道气道炎症的敏感生物标志物,以及这些表型的特异性生物学过程。cfDNA是人体组织排放到血液、尿液或脑脊液等循环体系中的降解的DNA小片段。
ChIP-Seq(ChromatinImmunoprecipitationSequencing)因能真实、完整地反映靶蛋白与DNA序列的结合情况,因而成为研究DNA-蛋白相互作用的经典方法。但ChIP-Seq继承了ChIP的难点与局限性:需要大量细胞投入(106-107),甲醛交联易导致假阳性或假阴性,对染色质的完整性、免疫沉淀抗体的特异性较为敏感,整体实验步骤复杂耗时长,测序数据背景信号高等,这些难点使得低投入量、低丰度的靶蛋白、弱结合DNA-蛋白质的研究变得较为困难。该技术可以同时检测环状DNA和环状DNA的甲基化修饰状态。中国台湾修饰表观遗传组测序是什么
云序生物环状DNA甲基化测序技术基于转座酶和m5C位点酶学转化方法。广东文章 表观遗传组测序价格
案例1:ctDNA羟甲基化可作为人类ai症诊断的分子标志物期刊:CellResearch影响因子:15本篇文章的作者是复旦大学华山医院的刘杰教授课题组与芝加哥大学何川教授课题组合作通过检测不同ai症样本中ctDNA羟甲基化分布和水平。本文通过ctDNA羟甲基化检测技术,在全基因组范围内,检测ai症与健康人中ctDNA羟甲基化的水平。检测的ai症类型包括肠ai,胃ai,胰腺ai,肝ai,甲状腺ai,检测组织类型包括ai症及ai旁组织,血浆和白血球。结果发现,5hmC主要分布在基因组的转录活性区,可能与开放染色质和允许组蛋白修饰相关。同时,5hmC对特定ai症类型高敏感,如肠ai和胃ai。总的来说,ctDNA羟甲基化检测为日后通过血浆样本进行无创诊断奠定了良好的基础。广东文章 表观遗传组测序价格
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