湖南服务表观遗传组测序案例

样本要求样品类型：细胞、组织、体液、总gDNA或IP后DNA。其它类型样品请详询。样品量：a）细胞5×108b）组织100mgc）IP后DNA10ngd）gDNA3μg样品运输及保存：样品运输：样品置于1.5mLEppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。云序生物提供的MeDIP测序服务，将甲基化DNA免疫共沉淀技术（MeDIP）和高通量测序相结合，能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱，并比较不同样品中的甲基化分布差异。而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。湖南服务表观遗传组测序案例

云序生物为您带来一种基于酶学方法的 DNA 甲基化测序技术 EM-seq（EnzymaticMethyl-seq），该方法结合使用多种酶，在保证 5mC 和 5hmC 在 Illumina 测序中仍被识别为 C 的前提条件下，将未发生修饰的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），并在后续的扩增和测序过程中被识别为胸腺嘧啶（T）。EM-seq 有效弥补了 Bis-Seq 需要极端反应条件的缺陷，可以普遍应用于包含 ctDNA 在内的微量脆弱 DNA 样品。同时，EM-seq 得到的测序结果与 WGBS 得到的转化序列相同，因此可以使用相同的数据分析流程。运用 EM-seq 技术，需低至 10ng 的 DNA 样品便可进行单碱基精度的全基因组 5mC 修饰测序。浙江平台表观遗传组测序分析游离于染色体基因组之外的DNA 被发现常常以环状的形式存在。

可以说，ctDNA的应用已经渗透到tumsor全程管理的各个环节。早期筛查：与甲基化检测结合，或能较早检出tumsor的发生；技术不断成熟，有望使其成为tumsor早筛的新方法。分子诊断：用于组织学检测的替代或有效补充，检测已知的驱动基因，如肺cancerEGFR、ALK突变等，指导医治。残余病灶检测：可基于ctDNA，进行术后分子残留病灶检测，并进一步预测巩固医治的疗效。疗效评估：系列、动态的检测ctDNA中的基因突变情况（如EGFR突变丰度），有效评估tumsor通路状态，评估靶向医治的疗效。

1、DNA甲基化富集峰的识别通过高通量测序和生物信息分析，识别甲基化富集的基因组区域，默认p<=1e-5（具体参数以报告为准，云序生物会根据数据，适当调整参数）的峰为统计上明显的甲基化区注：每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率2、DNA甲基化区域富集峰的注释富集峰识别后，得到的是一堆基因组位置信息，通过生物信息分析利用邻近基因对富集峰进行注释，并根据峰中点相对于已知基因的位置，将富集峰为启动子峰、上游峰、内含子峰、外显子峰、基因间峰后续进行文库构建与高通量测序，从而获得发生甲基化修饰的环状DNA。

全基因组重亚硫酸盐测序法（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）一度是 DNA 5mC 测序的金标，可以将未经化学修饰的胞嘧啶（C）转化为尿嘧啶（U），并在后续的扩增和测序过程中被读取为胸腺嘧啶（T），同时保持甲基化修饰的 5mC 和羟甲基化修饰的 5hmC 在测序中仍被读取为 C。然而，WGBS 法需要极端的温度和化学环境，容易造成 DNA 的断裂降解；并且，WGBS 法对未经化学修饰的胞嘧啶（C）具有高比例的破坏力，致使 GC 富集区相比于 AT 富集区更容易丢失，在测序文库中造成“GC 覆盖度偏误”。 由于 ctDNA 含量低、稳定性差，若采用 WGBS 法对 ctDNA 进行 5mC 测序，将会难以避免地带来很多负面影响： 经化学处理后所得的 DNA 总量低，难以满足测序文库所需的量； DNA 丢失严重，覆盖度低，容易造成测序缺口（gap）； GC 检测覆盖程度不均一，未能反应真实情况。通过转座酶打开环状DNA的环形结构，并在DNA的片段的两端加上接头。福建云序生物表观遗传组测序分析

ctDNA甲基化不但可以作为tumsour分子标志物，还可用于追溯tumsour细胞的组织来源。湖南服务表观遗传组测序案例

案例2：鼻细胞表观基因甲基化作为儿童哮chuan和气道炎症生物标志物的研究期刊：NatureCommunication影响因子：11.878本文作者研究团队首先借助850K甲基化芯片平台对547名儿童鼻孔细胞表观基因组做了DNA甲基化检测分析，并对当前的哮chuan、变应原致敏、变应性鼻炎、呼出气一氧化氮(FeNO)和肺功能进行了鼻表观基因组关联分析(EWAS)。结果显示DNA差异甲基化主要发生在哮chuan相关基因、参与Th2和嗜酸性反应的基因、以及可能改变呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者还发现发现随着过敏和哮chuan生物标志物的升高，表观遗传年龄会加速。综上所述，鼻细胞外基因组甲基化可以作为哮chuan、过敏和气道气道炎症的敏感生物标志物，以及这些表型的特异性生物学过程。湖南服务表观遗传组测序案例

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