菌肥中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等，菌种的繁殖跟扩散需要有机质跟湿度合理搭配。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌肥一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌肥中发现的地厚施有机菌肥有作用而地薄无作用的道理。微生物在其繁殖和代谢过程中，可以降解土壤中残留的化肥、有机农药、重金属和其他污染物等。河南功能性生物菌肥市场报价
认为一种产品中菌的种类越多、菌种数量越大越好复合菌剂的使用效果会受到不同菌种生长习性的影响，盲目的复合，极易造成菌种间的拮抗，影响效果发挥。产品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的标准为“有效活菌数（CFU）”，有效活菌数量越大效果越好。此外，菌的纯度也至关重要，当产品中霉菌杂菌数及杂菌率超标时也会影响应用。市场上少数不合格产品中含有致病菌，不仅修复不了土壤，还会导致病害发生。不能与农药混用。化肥农药大面积混在一起的时候很可能会把菌杀死，施了生物菌肥以后，接着倒上杀菌药，北京多功能生物菌肥批发价格肥料效果的发挥与微生物菌群繁殖速度、菌群数量关系紧密，菌群生长存在周期。
适量施用土壤中施入较多的菌肥，虽然不会出现烧根烧苗现象，但也并不是施得越多就越好。盲目大量施用生物菌肥，虽然不会向化学肥料那样造成蔬菜烧根死苗，只是蔬菜植株体内盐类积累增加，有害消费者的圣体健康，恶化土壤质地，但起码增加了肥料投入成本（因为生物菌肥价格较高），降低蔬菜的栽培效益。因此，应根据不同作物的需要和土壤养分状况，科学地确定生物菌肥施肥量，才能达到增产增收的目的。在土壤状况比较正常的情况下，一般以亩（667平方米）施用生物菌肥80公斤左右为宜。如果土壤盐渍化程度较高，可适当增加生物菌肥的施用量。一般根据土壤的盐渍化程度高低，每亩（667平方米）可适当增施10～20公斤为宜。
根际环境保护屏障：菌群中的地衣芽孢杆菌等有益微生物施入土壤后，迅速繁殖成为优势菌群，控制根际营养和资源，使重茬、根腐、立枯、流胶、灰霉等病原菌丧失生存空间和条件。使植物根系细胞的细胞壁增厚，纤维化、木质化，并生成角质双硅层，形成阻止病原菌侵袭的坚固屏障。增强抗逆性：菌肥中的微生物在植物根部大量生长、繁殖，从而形成优势菌群，优势菌群形成局部优势，这样就能***和减少病原菌的入侵和繁殖机会，起到了减轻作物病害的功效。菌群中的地衣芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、侧孢芽孢杆菌等有益微生物可增强土壤缓冲能力，保水保湿，增强作物抗旱、抗寒、抗涝能力；同时侧孢芽孢杆菌还可强化叶片保护膜，抵抗病原菌侵染，抗病，抗虫。增强植物的抗病能力。生物菌肥中的有益菌群能分泌植物促生物质和***，增强植物抗病能力。
微生物的成本应该由三部分组成：有效功能菌、载体和其他添加物菌固然是成本的首要因素，否则就不是菌肥了。但目前菌、功能菌、活菌、基础菌、总菌数、菌落数、根际细菌，五花八门的叫法很多。定义不同，意义就不同，随意抓片树叶就含菌几万，不能说这含菌的树叶就值多少钱。各种定义的菌差异很大，确切的概念应该是有效功能菌；不同的菌种，功能、效果不同，成本也会有很大差异。千万不要被标示的5亿，10亿，甚至15亿的菌含量所蒙蔽，国家标准：微生物菌剂产品颗粒的是≥1亿，液体是≥2亿。生物有机肥是≥0.2亿，是国家相关**经过多年的理论和实践制定的。看到动辄标示的10亿、15亿菌含量的微生物菌肥一定要注意。土壤中的微生物能分解土壤中的动植物残体，形成越来越小的有机分子，这就是腐殖质有机质。西藏经济型生物菌肥技术指导
生物菌肥在提高土壤生物肥力、防控根部病害、提高产品品质作用***，但是也有部分农户反映效果不稳定。河南功能性生物菌肥市场报价
生物菌肥的作用：一个是促进土壤中团粒结构的形成，土壤团粒结构好了，理化性状就好，再一个土壤疏松，消除板结，还能增强土壤的透气性，提高保水保肥能力，生物菌肥有很多，把它叫成松土精，顾名思义，它能活化土壤，也有叫免深耕的，也有叫透气肥的，也有叫土壤调理剂的，从表面上看，生物菌肥对土壤是非常好的，有一定改良土壤的作用，第二个是分解有机肥比较好，生物菌肥在活动期间，需要有机物进行分解来繁殖，所以说充分腐熟土壤中的肥料，来减少死棵烂苗现象的发生，一般死棵烂苗都是烧根了，烧苗了这样发生的。河南功能性生物菌肥市场报价
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