根据计算原理，虚拟药物筛选分为基于小分子结构的筛选和基于药物作用机理的筛选两类，前者通过对已知具有相同作用机理的化合物进行定量构效关系研究，绘制出药物的药效团模型，依照模型对化合物数据库进行搜索，这种筛选技术本质上是一种数据库搜索技术；后者主要应用分子对接技术，实施这种筛选需要获知药物作用靶标的分子结构，通过分子模拟手段计算化合物库中的小分子与靶标结合的能力，预测候选化合物的生理活性。 建立合理的药效团模型、准确测定或预测靶标蛋白质的分子结构、精确和快速地计算候选化合物与靶标相互作用的自由能变化是进行虚拟药物筛选的关键，也是限制虚拟筛选准确性的瓶颈。虽然虚拟筛选的准确性有待提高，但是其快速廉价的特点使之成为发展为迅速的药物筛选技术之一。高通量筛选的技术优点。广西流式细胞高通量筛选
高通量筛选技术，是目前药物筛选领域研究的重要课题，近年来，对它的研究应用虽然已取得了长足的发展，但仍然存在许多难题，如体外模型的筛选结果与整体药理作用的关系；对高通量筛选模型的评价标准以及新的药物作用靶点的研究和发现等。随着医药学的进步，高通量筛选技术在创新药物的研发中，一定会开拓出更广阔的空间。多学科理论和技术的结合 在高通量筛选过程中，不仅应用了普通的药理学技术和理论，而且与药物化学、分子生物学、细胞生物学、数学、微生物学、计算机科学等多学科紧密结合。这种多学科的有机结合，在药物筛选领域产生大量新的课题和发展机会，促进了药物筛选理论和技术的发展。山西高通量筛选分子库组合化学高通量筛选。
我国进行药物高通量筛选的优势首先是化合物来源，且多为天然；其次是对化合物生物活性的筛选目的较明确，无目的合成的化合物较少；第三，我国传统药物为筛选研究提供了一个巨大的资源库，可从中药中提取分离筛选新的化合物。这些优势为药物的高通量筛选打下了坚实基础。我国药物高通量筛选初现规模：药物高通量筛选工作在我国起步较晚，且不规范。近几年，我国进行了外引内联的整体化、规模化基础建设，已初见成效。1996年中国医学科学院引进国内台Biomek2000型实验自动化工作站；1998年又引进台Topcount微量闪烁计数器，使放射配基实验、放射免疫实验等技术微量化、自动化。上海药物研究所、北京医学科学院分别成立了药物筛选专门机构，开始从事大规模筛选工作。
高通量药物筛选基于发现的靶点，构建合适的筛选模型，在分子水平和细胞水平上建立和优化各类稳健的筛选方法，以高密度的微孔板为实验载体，通过自动化设备或系统完成包括体系构建，孵育以及检测在内的整个实验过程，从而实现多个化合物库中数以千万的化合物的高通量筛选，并通过大量的数据分析筛选出潜在有价值的目标化合物。高通量药物筛选具有微量、快速、灵敏、准确的特点，是当代新药发现技术的重大进步，使全球各大医药公司和研究机构加快了药物研发的进程。高通量筛选是什么平台。
高通量筛选的实验方法必须具备条件稳定，样本之间差异性小，容易检测，且可以大批量同时检测等特性。除了以上介绍的三种较为常用的方法之外，第二信使检测、细胞活力检测等方法也是常用的细胞水平的检测手段。化合物库的使用在筛选前期也起着十分重要的作用。在化合物未知的情况下，数量足够大的化合物库可增加识别目标的概率；不同细分用途的化合物库，则能进一步整合具有某项作用的尽可能多的化合物。MCE对不同方向、不同种类、性质不同的化合物做了详细分类，如生物活性化合物库、FDA上市库、天然产物库等可以供不同需求的科学家选择。随着技术的发展，MCE化合物库数量会越来越多，分类也越来越精细，这将节约前期筛选合适化合物所需的时间。此外，MCE还可以根据你的不同需求提供定制库~高通量筛选研究现状。江苏基因组学高通量筛选
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化合物库的质量包括三个方面：多样性、有效浓度、化合物库大小。化合物库的多样性制约着苗头化合物的新颖性，而化合物的有效浓度则影响着活性化合物的检出概率。因此化合物库的多样性越大，化合物的有效浓度越高意味着苗头化合物检出率更有保证。但是两者之前需要有一个平衡，一个化合物库里单一化合物簇（Cluster）维持在4~12个化合物的时候，多样性和有效浓度都能得到保障。另外，对于化合物库大小而言，理论情况下（基于多样性、有效浓度以及靶点的成药难度基本一致的随机筛选而言），大的化合物库有利于发现更多的苗头化合物。但是基于此次有限的汇总数据来看（有4个化合物库达到了百万级（0.6M~1.8M）），定向化合物库（FocusLibrary）（图七中红色圈部分）由于其自身的特点检出率较好，而大的化合物库并没有带来更高的苗头化合物检出率以及更高质量的苗头化合物广西流式细胞高通量筛选
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