对斑马鱼免疫系统的研究成为人们了解非特异性免疫系统和获得性免疫系统进化与功能相互关系的重要工具。这个独特的免疫系统进化地位还赋予了斑马鱼作为免疫学研究模式生物的另一重要优势，即其成体可以在没有胸腺、淋巴细胞生成的情况下存活传代，这又是小鼠模型无法比拟的。1999年，Herbomel等在观察斑马鱼的巨噬细胞个体发育时发现，处于胚胎发育早期的斑马鱼巨噬细胞就具有对外源微生物大肠杆菌高效吞噬的能力。在受精30小时后，胚胎巨噬细胞就已经可以吞噬***局部组织中的外源微生物。系统中注射大肠杆菌后，5小时后即可在局部被斑马鱼巨噬细胞***，且此时除了***局部的30～50个活化巨噬细胞外，未接触病原体的巨噬细胞也同样表现出活化特性，这提示斑马鱼体内可能还存在与哺乳动物相类似的细胞因子或趋化因子系统。斑马鱼实验药物用量少，*为鼠类实验的1/100至1/1000。浙江斑马鱼实验服务平台
斑马鱼敲除品系成功案例1、基因分析分析目的基因的保守结构域；2、靶点筛选设计4个gRNA靶点，PCR检测包含靶点的区域真实序列，显微注射验证靶点效率；3、大规模注射养殖F0Cas9pro+gRNA共注射，共养殖F0约80条用于后期Founder筛选；4、Founder筛选F0代斑马鱼与野生型外交，收集48hpf的F1胚胎抽取基因组，PCR鉴定，测序结果在靶点位置出现双峰的认为产生突变，然后TAclone验证其可能产生的突变方式；5、F1代筛选F1代斑马鱼剪尾筛选，TAclone验证突变方式：福建斑马鱼实验用途斑马鱼免疫系统个体发育。
斑马鱼模型既可以像体外实验那样对作用靶点明确的候选化合物进行靶向筛选和药效学评价，进行单个或多个作用靶点的筛选和验证，也可以像哺乳动物一样对靶点不明或致病机理复杂疾病的***药物进行基于药效学的筛选和评价，能够提高药物早期药效学评价的灵敏性和可靠性，有助于在药物研发早期淘汰那些体内药效学评价结果不佳的候选化合物。同时，斑马鱼模型能够早期发现化合物毒性、早期鉴别化合物毒性靶***，从而做到“早期评价，早期淘汰”。将斑马鱼模型鱼体外实验和哺乳动物实验相结合，可以从整体上缩短药物临床前早期研发的实验周期，降低实验成本，提高实验预测的准确性，进而提高药物研发效率，降低药物研发风险。
科学家对斑马鱼视网膜能够自我修复的能力进行研究，发现其视网膜内的放射状胶质细胞能够分化成健康的视网膜细胞，从而修复受损的视网膜。视网膜受损是造成失明的重要原因。科学家说，根据这一发现，医生将来可以采用新药品、新手术***青光眼、老年黄斑变性和因糖尿病引起各种眼疾。利姆说，研究人员已经在实验室里成功把放射状胶质细胞分化为视网膜细胞，并大量繁殖。研究人员在老鼠身上的移植实验已经成功。他们向患有视网膜疾病的老鼠体内移植放射状胶质细胞，这些细胞分化为健康视网膜细胞，使视网膜功能恢复。现在，他们正在研究为人类进行这项手术的可能性，并打算在5年内应用到人类身上。利姆还建议，应建立与血库类似的“细胞库”，以备患者使用。利用模式生物斑马鱼来研究肌肉再生。
斑马鱼血管生成基因如血管内皮细胞生长因子（VEGF）、an-iopoietins、ephrions及相应受体与哺乳动物功能相似，而且斑马鱼血管系统及其对调节血管新生类药物的***反应与哺乳动物类似。另外斑马鱼胚胎在血液循环系统严重缺陷的情况下仍能存活，且胚胎透明，利用血管转基因荧光斑马鱼可以在24小时以内就定量评价药物的血管形成***作用。
与传统的鸡胚尿囊膜、小鼠角膜实验相比，斑马鱼更加便捷、快速、高效，而且结果定量分析的准确度更高。
目前多个出于临床试验阶段的抗血管生成靶向候选***药如SU5416、SU6668、TNP470、SU4312和AG1478等均对斑马鱼的血管形成有***的***效果。用斑马鱼筛选发现具有血管形成***活性的中***体化合物也有很多，如靛玉红、呋喃二烯等。 化学品斑马鱼胚胎和卵黄囊仔鱼阶段的短期毒性试。山西斑马鱼实验化妆品
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