杭州分子生物学RT-PCR检测技术研究方案

聚合酶链式反应（PCR）是一种用于放大扩增特定的DN段的分子生物学技术，它可看作是生物体外的特殊DNA复制，PCR的很大特点是能将微量的DNA大幅增加。基因工程：生物材料——mRNA，将mRNA反转录后成为cDNA（互补DNA），通过PCR扩增。这里不是信使RNA，而是病毒RNA作为生物材料进行PCR聚合酶链式反应。作用——体外将病毒RNA分子结构进行修饰，其次将目的基因导入受体细胞中，进行病。RNA的表现形式：RNA病毒一般由蛋白质和RNA组成，现在看下RNA——一条核糖核酸长链，核糖核酸长链由无数个核糖核苷酸分子构成，其中，一个核糖核苷酸分子由一分子磷酸、一分子核糖（一种五碳糖）、一分子含氮碱基构成。脱氧核糖核苷酸分子比核糖核苷酸分子少了一个O分子。聚合酶链反应可以选择这些突变来理解蛋白质是如何完成其功能的，并改变或改善蛋白质功能。杭州分子生物学RT-PCR检测技术研究方案

聚合酶链反应的常见问题分析与解决方法：MgCl2浓度过高。可适当降低其用量。模板量过多。质粒DNA的用量应<50 ng，而基因组DNA则应<200 ng。引物浓度不够优化。对引物进行梯度稀释重复PCR反应。循环次数过多；增加模板量减少循环次数至30，缩短退火时间及延伸时间，或改用二种温度的PCR循环。退火温度过低。电泳体系有问题：凝胶中缓冲液和电泳缓冲液浓度相差太大；凝胶没有凝固好；琼脂糖质量差。若为PCR试剂盒则可能：由于运输储存不当引起试剂盒失效；试剂盒本身质量有问题，如引物选择、循环参数等选择不当。降解的陈旧模板扩增也易产生涂布。广州骨头Real-time PCR应用聚合酶链反应是一种非常强大和实用的研究工具。

聚合酶链式反应的循环参数：预变性，模板DNA完全变性与PCR酶的完全对PCR能否成功至关重要，建议加热时间参考试剂说明书，一般未修饰的Taq酶时间为两分钟。变性步骤，循环中一般95℃，30秒足以使各种靶DNA序列完全变性，可能的情况下可缩短该步骤时间。变性时间过长损害酶活性，过短靶序列变性不彻底，易造成扩增失败。引物退火，退火温度需要从多方面去决定，一般根据引物的Tm值为参考，根据扩增的长度适当下调作为退火温度。然后在此次实验基础上做出预估。退火温度对PCR的特异性有较大影响。引物延伸，引物延伸一般在72℃进行（Taq酶很适温度）。但在扩增长度较短且退火温度较高时，本步骤可省略延伸时间随扩增片段长短而定，一般推荐在1000bp以上，含Pfu及其衍生物的衍生设定为1min/kbp。循环数，大多数PCR含25-35循环，过多易产生非特异扩增。延伸，在一个循环后，反应在72℃维持10-30分钟．使引物延伸完全，并使单链产物退火成双链。

聚合酶链反应：等位基因特异性聚合酶链反应:基于单核苷酸变异的诊断或克隆技术(snv不要与 SNPs 混淆)(患者的单碱基差异)。它需要事先知道DNA序列，包括等位基因之间的差异，并使用3’端包含SNV的引物(通常包含SNV周围的碱基对缓冲液)。在模板和引物不匹配的情况下，严格条件下的PCR扩增效率要低得多，因此用单核苷酸多态性特异性引物成功扩增表明序列中存在特异性单核苷酸多态性。有关更多信息，请参见单核苷酸多态性基因分型。装配聚合酶链反应或者聚合酶循环组件:通过对具有短重叠片段的长寡核苷酸池进行PCR来人工合成长DNA序列。寡核苷酸在有义和反义方向之间交替，重叠片段决定聚合酶链反应片段的顺序，从而选择性地产生很终的长DNA产物。序列间特异性聚合酶链反应放大简单重复序列之间的区域，以产生扩增片段长度的独特指纹。

聚合酶链式反应：DNA的半保留复制是生物进化和传代的重要途径。双链DNA在多种酶的作用下可以变性解旋成单链，在DNA聚合酶的参与下，根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子拷贝。在实验中发现，DNA在高温时也可以发生变性解链，当温度降低后又可以复性成为双链。因此，通过温度变化控制DNA的变性和复性，加入设计引物，DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。但是，DNA聚合酶在高温时会失活，因此，每次循环都得加入新的DNA聚合酶，不但操作烦琐，而且价格昂贵，制约了PCR技术的应用和发展。耐热DNA聚合酶-Taq酶的发现对于PCR的应用有里程碑的意义，该酶可以耐受90℃以上的高温而不失活，不需要每个循环加酶，使PCR技术变得非常简捷、同时也降低了成本，PCR技术得以大量应用，并逐步应用于临床。聚合酶链反应应经常使用带有一次性柱塞和超长移液器吸头的移液器。杭州分子生物学RT-PCR检测技术研究方案

逆转录酶将核糖核酸逆转录成cDNA ，然后通过聚合酶链反应进行扩增。杭州分子生物学RT-PCR检测技术研究方案

聚合酶链式反应准备：PCR引物设计：PCR反应中有两条引物，即5′端引物和3′引物。设计引物时以一条DNA单链为基准（常以信息链为基准），5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。引物设计的基本原则：引物长度：15-30bp，常用为20bp左右。引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC很好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。杭州分子生物学RT-PCR检测技术研究方案

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