m6A研究思路 思路1 老数据挖掘 第一步:先从原有的转录组数据中,挖掘到差异表达的甲基化酶; 第二步:对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进⾏qPCR验证,并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变; 第三步:在细胞(动物模型可选)中对这些酶进行敲低和过表达,进行常规的qPCR和WB检测相关酶表达情况,并用LC-MS/MS法检测RNA整体m6A水平; 第四步:继续对这些敲低和过表达的细胞进行转录组测序/小RNA测序或表达谱芯片/小RNA芯片,分析哪些基因出现差异表达变化和可变剪切变化; 第五步:找到甲基化酶调控的靶基因,进行敲低和过表达,看甲基化酶缺陷的细胞或动物模型表型能否补救; 第六步:在确定上一步靶基因确实受到甲基化酶调控后,对靶基因上的motif进行点突变后进行验证; 第七步:鉴定新型的甲基化酶(可选)。云序生物为您完成从m6A RNA-seq富集。和平区m6A是什么
一旦参与m6A修饰的酶出现异常将会引起一系列疾病,包括tumour、神经性疾病、胚胎发育迟缓等。此外,一些非编码RNA如lncRNA、tRNA、rRNA以及剪切体RNA在转录前后,也存在大量的碱基修饰活动。虽然近几年,关于RNA修饰的研究数量开始增多并慢慢成形,一些深入性的机制研究仍有大量的工作待全球的科学家去完成。但是无论如何,coding RNAs和non-coding RNAs上发生的动态修饰dai表了一种全新的遗传信息调控方式。云序生物聚焦于科研前沿领域,针对各类RNA分子、表观遗传学、蛋白质组学等研究热点为广大科研人员提供系统性解决方案。房山区m6A文章检测整体m6A RNA修饰水平。
已知绝大部分真核生物中,mRNA在5’ Cap处存在甲基化修饰,作用包括维持mRNA稳定性、 mRNA前体剪切、多腺苷酸化、 mRNA运输与翻译起始等。而3’ polyA发生的修饰有助于出核转运、翻译起始以及与polyA结合蛋白⼀起维持mRNA的结构稳定。但是这些修饰只发生mRNA的头部和尾部,关于RNA的内部修饰(internal modification)在许多种类的RNA中都有发⽣。无论是mRNA还是lncRNA,都大量存在m6A修饰。m6A能够加速mRNA前体的加工时间,加快mRNA在细胞中的转运速度和出核速度。主要学习研究较多的m6A。RNA的m6A甲基化⼀共有大三类酶参与:Writers、 Erasers和Readers,需要相关研究的可以学习相关文献。
当出现热休克时,METTL3就会定位到染色质的热休克相关的基因上,m6A就会被添加到热休克转录本上,从而诱导这些转录本在应激压力下被清chu。UV诱导DNA破坏时,METTL3/14就会在2分钟内定位到UV诱导的损伤位点,同时伴随着m6A活动的增强。在人类多能干细胞的TGF-信号转录通路转导方面,活化的SMAD2/3会与METTL3/14-WTAP相互作用,诱导m6A添加到特定的转录本上。在AML细胞中,一部分METTL3会通过METTL14非依赖方式与CCAAT增强子结合蛋白zeta(CEBPZ)的启动子区域结合。在he心pG2细胞中,H3K36me3能通过与METTL14相互作用招募写入器,诱导mRNA的CDS和3'UTR上添加m6A。m6A是X. laevis中一个高度保守的mRNA修饰。
M6A对RNA剪接的作用可能是由于甲基化的发生会干扰剪接因子和mRNA之间的相互作用,m6A簇可能作为某些RNA结合蛋白的对接位点;或者,由于m6A使A-U碱基配的稳定性降低,RNA二级结构可能受到影响。另一个可能的机制是通过甲基转移酶或脱甲基酶的相互作用,近来对ALKBH5的研究提出了m6A水平可能影响剪接因子的基因表达的另一种可能性。基于甲基转移酶和去甲基酶的定位,m6A可以在核或细胞质中被引入或去除。m6A可能对RNA具有不同的作用,这取决于它在细胞核还是细胞质中被检测到。 目前,已确认m6A具有的几个功能。m6A试剂盒采用高盐/低盐缓冲液连续洗脱的流程可以大幅降低背景噪音。西城区文章 m6A
m6A Pri-miRNA测序(涵盖Pri-miRNA和mRNA)。和平区m6A是什么
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