顺义区云序m6A

m6A研究思路 思路1 老数据挖掘 第一步：先从原有的转录组数据中，挖掘到差异表达的甲基化酶； 第二步：对挖掘到的甲基化酶如METTL3或FTO等进⾏qPCR验证，并进行m6A-seq分析哪些基因甲基化水平发生改变； 第三步：在细胞（动物模型可选）中对这些酶进行敲低和过表达，进行常规的qPCR和WB检测相关酶表达情况，并用LC-MS/MS法检测RNA整体m6A水平； 第四步：继续对这些敲低和过表达的细胞进行转录组测序/小RNA测序或表达谱芯片/小RNA芯片，分析哪些基因出现差异表达变化和可变剪切变化； 第五步：找到甲基化酶调控的靶基因，进行敲低和过表达，看甲基化酶缺陷的细胞或动物模型表型能否补救； 第六步：在确定上一步靶基因确实受到甲基化酶调控后，对靶基因上的motif进行点突变后进行验证； 第七步：鉴定新型的甲基化酶（可选）。m6A是真核生物mRNA上常见的一种转录后修饰。顺义区云序m6A

m6A读取器通过作用于含有m6A的mRNA来发挥作用，Figure 1中可以把读取器分为三类。第yi类读取器含有YTH结构域（YTH的全是YT521-B homology），这些成员包括YTHDF1-3(YTH domain family 1-3)，YTHDC1-2(YTH domain containing 1-2)（参考Figure 1）。细胞质中的YTHDF2会通过招募CCR4-NOT腺嘌呤酶复合物来诱导靶转录本的部分降解。细胞质中的YTHDF1和YTHDF3能促进he心La细胞中靶转录本的翻译。细胞核中的YTHDC1有多个作用，包括招募某些剪接因子调控mRNA的剪接，促进mRNA的输出，加速某些转录本的降解。YTHDC2调控mRNA的稳定，翻译以及精子形成。第二类读取器是HNRNPs，全称是he心terogeneous nuclear ribonucleoproteins，成员包括HNRNPC，HNRNPG与HNRNPA2B1，它们能调控靶转录本的剪接，加工，它们能与RNA的某些结构结合，这些结构是由m6A介导形成的，因为m6A会重构局部的RNA结构，调控RNA-蛋白质之间的相互作用，这一现象称为m6A开关(m6A-switch)。分析m6A结果云序生物有幸参与了两次研究当中的m6A MeRIP-seq的测序服务。

m6A修饰几乎涉及RNA代谢的所有方面，含m6A基因的转录组分析也揭示了相关的功能途径与RNA代谢有关。基于甲基转移酶和去甲基酶的定位，m6A可以在核或细胞质中被引入或去除。m6A可能对RNA具有不同的作用，这取决于它在细胞核还是细胞质中被检测到。 目前，已确认m6A具有的几个功能。m6A作为mRNA的普遍的修饰，在含有METTL3的甲基转移酶时mRNA前体转录后立即发生m6A甲基化;而FTO和ALKBH5负责m6A去甲基化。 通过甲基转移酶和去甲基化酶之间的相互作用，m6A水平保持平衡，形成m6A结合蛋白的对接位点和RNA二级结构的适当组装。具有足够的m6A水平的mRNA转录物可被适当剪接，转运，翻译或降解。而不平衡的m6A调节将在上述每一步引起RNA代谢的缺陷。

在研究了 FTO 对肺腺ai的作用机制的基础上，作者还进一步探索了 m6A 识别蛋白 YTHDF1 在肺腺ai中扮演的角色。首先，通过 RIP 实验，作者证明了 YTHDF1 与 MYC mRNA 的结合。随后，通过结合 FTO 敲降和 YTHDF1 敲降实验的结果，证明 FTO 表达下调所导致的 MYC mRNA 高水平 m6A 修饰，可被 YTHDF1 识别并结合，从而促进 MYC mRNA 翻译为 c-Myc 蛋白。 在本研究当中，肺腺ai致病机理当中的 “Eraser” 和 “Reader” 都得到了阐释。这些新发现对于肺腺ai的zhi疗提供了一种全新的潜在思路。 云序生物推出的GenSeq® m6A MeRIP试剂盒。

在肺腺ai细胞当中，哪些 RNA 会受 FTO 表达下调的调控，进而引发肺腺ai呢？为了探明 FTO 下游的分子致病原因，作者进行了 m6A 甲基化测序，发现 FTO 敲降的肺腺ai细胞当中有大量基因的 mRNA m6A 甲基化上调。FTO 是一种典型的 RNA m6A 甲基化的去修饰酶（也就是 m6A 的 “Eraser”），可以消去 m6A 甲基化，还原出普通的 A 碱基。通过云序生物m6A MeRIP-seq发现，FTO敲降细胞中有 556 个基因的 mRNA的 m6A 修饰水平升高；生信分析也发现，FTO 敲降细胞的代谢通路当中有许多基因的 mRNA 的 m6A 修饰水平升高，其中就包括一个重要的转录因子 MYC。m6A MeRIP-seq的结果可以验证，当敲降了 FTO 之后，MYC 基因的 mRNA 的终止密码子附近的 m6A 修饰水平升高。通过云序生物m6A MeRIP-qPCR 实验结果也证实，FTO 的敲降可以提升 MYC mRNA 的 m6A 修饰水平。针对 FTO 蛋白的 RIP 实验更是直接证明，FTO 结合在 MYC 的 mRNA 上面。综合前面的几个发现可以证明，FTO 可结合 MYC 的 mRNA，从而降低 MYC mRNA 的 m6A 修饰水平。对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术。西城区m6A结果

检测整体m6A RNA修饰水平。顺义区云序m6A

继前面介绍中国医学科学院tumour医院赫捷院士团队2021年6月21日在Nature Communications（IF=14.919）上发表“METTL3 promotes tumour developmentby decreasing APC expression mediated by APC mRNA N6-methyladenosine-dependent YTHDF binding”的食管鳞ai m6A机制文章后，本期我们继续为大家介绍赫捷院士团队 2021 年 5 月 8 日在 Nature 旗下期刊 Cell Death & Disease（IF=8.47）上发表的题为 “WNT/β-catenin-suppressed FTO expression increases m6A of c-Myc mRNA to promote tumor cell glycolysis and tumorigenesis” 的肺腺ai m6A机制文章。该研究揭示了一种 Wnt/β-catenin 介导的 FTO 下调的关键机制，并凸显了 MYC mRNA 的 m6A 修饰在调节tumour细胞糖酵解和生长中的作用。云序生物有幸参与了两次研究当中的m6A MeRIP-seq和RNA-seq的测序服务以及生信分析。顺义区云序m6A

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