案例1:母体血浆中染色体外环状DNA的鉴定与特性分析 原文:Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasm 期刊:Proc Natl Acad Sci 影响因子:11.201 作者观察到在孕妇的血浆中存在染色体外环状DNA (环状DNA),并通过限制性内切酶和Tn5转座酶处理后的改良的测序方法,在孕妇的血浆中鉴定出了环状DNA分子。他们发现血浆的环状DNA分子比线性的长,在这些环状DNA分子中,胎儿来源的环状DNA短于母体来源的环状DNA。此外,环状DNA的闭合圆形结构可能允许抗外切酶,因此这些分子比它们的线性对应物具有更高的稳定性。这些特性为环状DNA的研究和生物标志物的开发提供了机会。m1A 环状RNA测序,针对m1A修饰也采用MeRIP-seq技术。福建修饰测序
案例2:METTL1通过m7G甲基化促进let-7 MicroRNA的加工 原文:METTL1 Promotes let-7 MicroRNA Processing via m7G Methylation 期刊:Molecular Cell 影响因子:14.25 剑桥大学戈登研究所和病理学系中心,借助m7G RNA甲基化测序技术,识别了A549细胞中miRNA具有m7G甲基化修饰。该研究发现Mettl1调控的pri-let7 m7G修饰通过改变pri-let7中G-四重结构,进一步调控pre-let7和let7的表达,影响肺ai细胞迁移。该研究揭示了Mettl1依赖的m7G甲基化修饰可以作为调控miRNA结构、生物发生和细胞迁移的一种新的RNA修饰。山东分析测序云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。
环状DNA形成的机理 目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。环状DNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。针对血清血浆微量样品,云序生物参考卢煜明教授团队开发的方法,酶切去除线性DNA后,利用Tn5转座酶,打开环状DNA环状结构并同时在DNA的片段两端加上接头,进行建库及测序。
技术简介 针对血清血浆微量样品,云序生物参考卢煜明教授团队开发的方法,酶切去除线性DNA后,利用Tn5转座酶,打开环状DNA环状结构并同时在DNA的片段两端加上接头,进行建库及测序。Tn5转座酶法效率高,损耗低,实现血液循环系统中微量的环状DNA的检测。并且本产品能保留环状DNA的原始表达量,使得不同环状DNA间的表达量的比较更为准确。并通过严谨的环状DNA生信流程,实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。
云序优势 环状DNA检出率高: 采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。 专业的生物信息学分析: 专业的生物信息学团队,开发了高效识别分析环状DNA的算法,满足客户的各类深入数据分析需求。 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA,云序生物为您完成从样品准备、环状DNA富集、文库制备、上机测序到数据分析整套服务流程。 目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。可以预见的是,环状DNA将迅速成为新的科研热点,甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。云序生物在实验的各个关键步骤加入了一系列质控点,全程监控实验质量。安徽测序mRNA
采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。福建修饰测序
ac4c样品要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 a)细胞:≥2×107 b)组织:500mg - 1g c) RNA:30μg - 300μg d) 超微量满足500ng - 30μg 样品运输与保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。福建修饰测序