聚焦孕期女性血浆当中的eccDNA检测。不同于线性DNA,eccDNA长度更长,母系来源的eccDNA比胚胎来源的eccDNA分子长度也更长。成环位点上下游的信息有效的提示了可能的eccDNA形成机制,为接下来eccDNA的进一步研究奠定基础。这些成果都有利于推动eccDNA在液体活检以及生物标志物方面的应用。 2020年年初的寒潮并不能冰冻eccDNA在科研界的火热。重量级期刊的文章发表已经为我们一年的科研指明了方向,游走在线性DNA之外的eccDNA将是生物医学领域best闪亮的星。新分子,新方向,机遇与挑战并存,运气与实力同在,祝愿各位生物医学的工作者在新的一年能抢占先机,eccDNA将是您科研新年新气象的很好的选择。采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。陕西环状DNA内容
A&A Bio的环状DNA纯化柱技术简介 研究组织、细胞的环状DNA测序常用Circle-seq技术,Circle-seq测序中就包含柱纯化去除线性DNA,具体步骤是柱纯化去除基因组DNA、外切酶对柱纯化后产物进行酶消化、滚环扩增放大环状DNA信号以及best后建库测序。因此,相对于大量存在的基因组DNA,环状DNA在细胞中的含量非常少,所以从样品中提取总DNA后,第一步需要通过柱纯化去除基因组DNA,以免测序中基因组DNA占据大部分数据量。柱纯化这一步骤十分关键,既要best大限度地去除基因组DNA, 又需best大限度保留环状DNA分子,尤其是避免丢失掉超长和超短的环状DNA。云序生物采用A&A Biotechnology的纯化柱,是绝大部分环状DNA高分文章中所使用的纯化柱。辽宁环状DNA研究eccDNA,DNA检测利器,云序生物为您提供一站式服务。
eccDNA究竟是如何形成的,目前尚没有十分确切的解释,目前推测的可能机制包括以下几种:(A)DNA复制过程中,形成发夹结构,接着在DNA聚合酶的作用下,通过滑动形成环状,并从染色体中切割下来并复制形成双链环状DNA,这种形成方式的特点是染色体原始位置上的这段序列发生了缺失;(B)DNA复制时形成R-loop结构,在这种结构中,其中一条链发生折叠,形成环状结构并切割下来,形成环状DNA,发生断裂的双链通过DNA的损伤修复机制进行补齐,因此这种方式不会造成染色体原始序列的损伤;(C)通过DOIRA模型,通过双链复制的方式形成;也不会造成原始序列损伤;(D)通过双链的同源区域的重组,造成双链同时断裂,往往通过这种方式会产生Mb以上的较大的eccDNA,并且原始序列会发生缺失。
总的来说,eccDNA的形成是依赖于DNA的序列特征、复制过程和DNA损伤的修复的。从目前已有的研究进展来看,就序列特征而言,串联重复序列会更容易造成eccDNA的形成;并且大部分的eccDNA有段重复序列,但是也有相当的部分没有重复序列,不能与任何附近的序列发生重组;高GC、转录刺激区域,像R-loop形成和修复促进eccDNA的形成;同源重组会切除重复DNA产生序列更大的eccDNA。而就DNA损伤修复而言,研究发现致ai物会提高eccDNA的水平,同时一些特异的DNA损伤修复蛋白是eccDNA形成所必需的,但是还有一些是非必需的。测序后首先可以得到一个详尽的环状DNA注释表格。
4. eccDNA新功能 作者分析测序数据发现神经母细胞瘤基因组中多数染色体内和染色体间基因的重排与eccDNA区域相吻合,支持了eccDNA介导基因组重塑的猜想。而且2018年文章报道在对546个儿科tumour基因组重排情况数据收集分析发现其中9%的儿科tumour的eccDNA存在树状重排模式,由此作者推测eccDNA衍生的树形重排可以dai表eccDNA整合到基因组中形成嵌合体。作者发现环状整合位点以及嵌合体中富集了tumour相关基因。检测整合对于基因表达的影响发现eccDNA整合激huo原ai基因的表达扩增以及异常融合基因表达。这些研究结果为儿童ai症的发病机理研究提供了一个方向,同时也有望成为ai症的诊断标志。云序优势:精确地数据,速度快,效率高。天津云序环状DNA研究
2019年环状RNA共发表SCI论文885篇。陕西环状DNA内容
环状DNA具有线性DNA不具备的动力学和拓扑学特点,因此环状DNA作为DNA纳米技术的重要组成部分被人们很大关注。Zheng等[4]以单链环状DNA为基本单元成功制备了DNA纳米管结构;多个课题组以单链环状DNA为原料,制备了2个或多个DNA环相互穿套的连环结构(Catenane),并将其制备成可控的分子开关或分子机器等。相对于线性DNA,环状DNA不易被核酸外切酶降解,在溶液中单一分散、不易聚合,这些特性决定了其在药物运输、基因调控、疾病诊断和基因医治等领域的应用更具优越性。陕西环状DNA内容