青海测序文章

组织细胞环状DNA测序服务云序组织细胞环状DNA测序服务（Circle-seq），采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的cancer基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的cancer基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumour异质性的重要机制。根据注释信息，绘制富集峰在不同基因组特征上的比例图。青海测序文章

案例1：孕妇血浆中胎儿环状DNA 的特征是：呈甲基化状态 原文：Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance 期刊：Clinical Chemistry 影响因子：8.322 近期，NIPT之父卢煜明教授团队开发了一种环状DNA 甲基化分析的测序方案，通过对不同产后时间点的胎儿环状DNA含量的评估，研究了胎儿环状DNA的体外clear效率。作者还发现血浆中的胎儿 环状DNA 与母体 环状DNA 相比甲基化程度相对较低。此外，和胎儿线性DNA类似，胎儿环状DNA在分娩后从母血中迅速clear。总之，该团队基于转座酶和m5C位点酶学转化方法开发出了环状DNA甲基化测序技术，并揭示了孕妇血浆中的胎儿环状DNA甲基化状况，为环状DNA的深入研究及新型分子标志物的开发提供了新的技术手段。广东测序分析云序生物mRNA测序服务针对不同样品类型采用差异化的技术策略。

核糖体印迹测序又称Ribosome profiling，或Ribo-seq，是运用测序手段研究翻译组学的一种主要的技术手段。该技术通过使用翻译抑制剂使正在翻译的mRNA序列固定在核糖体上。加入核酸酶处理不受核糖体保护的mRNA，分离核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA（大约30nt），进而获得正在翻译的mRNA序列。这项技术可获得实时全转录组正在翻译的序列信息，使研究者能从分子水平检测蛋白组的翻译情况，并了解蛋白质的翻译水平及翻译过程，在蛋白翻译机制的研究领域中有广阔的应用前景。

技术简介 针对血清血浆微量样品，云序生物参考卢煜明教授团队开发的方法，酶切去除线性DNA后，利用Tn5转座酶，打开环状DNA环状结构并同时在DNA的片段两端加上接头，进行建库及测序。Tn5转座酶法效率高，损耗低，实现血液循环系统中微量的环状DNA的检测。并且本产品能保留环状DNA的原始表达量，使得不同环状DNA间的表达量的比较更为准确。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。云序生物利用启动子区(TSS-2000-TSS+2000)差异富集峰对应的基因进行GO功能分析。

m6A LncRNA测序：案例2. lincRNA 1281上的m6A 甲基化影响细胞分化 原文：N6-Methyladenosine modification of lincRNA 1281 is critically required for mESC differentiation potential 期刊：Nucleic Acids Research 影响因子：11.56 同济大学康九红团队研究发现在mESC细胞中，甲基化转移酶Mettl3能够调控lincRNA 1281发生甲基化，并且与干细胞分化能力直接相关。揭示此过程主要发生在胞浆，且由let-7能够竞争性结合linc1281，从而降低其表达量，从机制上解释了m6A在不影响到表达水平的情况下如何影响生物学功能的问题。云序优势 适用于任何物种：可以检测几乎任何动植物的环状RNA。测序mRNA

云序生物率先开展m5C RNA甲基化测序服务。青海测序文章

目前对m6A RNA流行检测手段为MeRIP-Seq技术，云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务，技术原理如下： 将甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有甲基化修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加RNA甲基化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取甲基化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本（Input）中的序列片段，将RNA甲基化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中RNA甲基化程度。青海测序文章