案例1:环状DNA促进染色质的开放和促cancer基因的表达 原文:Wu, S., Turner, K.M., Nguyen, N. et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019) . 期刊:Nature 影响因子:43.07 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配(optical mapping),从序列的角度发现,扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不仅证实了tumour中的环状DNA确实是环状的,还证明了环状DNA的染色质是高度开放的,从而进一步阐释了环状DNA能大量表达cancer基因和其环状结构介导的超远距离相互作用,这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。样品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰运输。西藏测序RNA甲基化
云序优势 单碱基分辨 m7G RNA甲基化单碱基测序方式,可对m7G甲基化修饰进行单碱基定位。 抗体富集效率高 m7G MeRIP测序方式,采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。 高通量检测 可对全转录组范围内的m7G位点进行高通量地平行检测。 全分子覆盖 可较全地对环状RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的m7G位点进行检测。 一站式服务 客户只需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析全套流程。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求浙江测序microRNA甲基化核糖体印迹测序又称Ribosome profiling,或Ribo-seq。
ac4c样品要求 样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 a)细胞:≥2×107 b)组织:500mg - 1g c) RNA:30μg - 300μg d) 超微量满足500ng - 30μg 样品运输与保存 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。目前,环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物,还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。
核糖体印迹测序又称Ribosome profiling,或Ribo-seq,是运用测序手段研究翻译组学的一种主要的技术手段。该技术通过使用翻译抑制剂使正在翻译的mRNA序列固定在核糖体上。加入核酸酶处理不受核糖体保护的mRNA,分离核糖体并提取纯化核糖体上未被消化的短片段mRNA(大约30nt),进而获得正在翻译的mRNA序列。这项技术可获得实时全转录组正在翻译的序列信息,使研究者能从分子水平检测蛋白组的翻译情况,并了解蛋白质的翻译水平及翻译过程,在蛋白翻译机制的研究领域中有广阔的应用前景。云序生物采用多种方法高效地富集环状DNA,环状DNA检出率高。
案例3:拟南芥m5C RNA甲基化谱及TRM4B酶对根的影响 原文:Transcriptome-Wide Mapping of RNA 5-Methylcytosine in Arabidopsis mRNAs and Noncoding RNAs 期刊:The Plant Cell 影响因子:8.23 与上篇不同,本研究团队采用m5C RNA甲基化测序研究拟南芥中m5C甲基化谱,在种子,幼芽,根中发现了1000多个特异性的位点。敲低RNA m5C甲基转移酶TRM4B,造成tRNA稳定性的降低。研究人员还证实TRM4B突变体的初级根比野生型更短,同时对氧化的应激反应更敏感。云序生物利用启动子区(TSS-2000 ~ TSS+2000)富集峰对应的基因进行通路分析。上海上海云序生物测序
云序生物为您完成m5C RNA-Seq全套实验服务,数据准确。西藏测序RNA甲基化
云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术,技术原理如下: 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。西藏测序RNA甲基化