云序生物对ac4C RNA乙酰化检测手段为acRIP-Seq技术,技术原理如下: 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA的片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。对m6A RNA甲基化,目前流行的检测手段为m6A-Seq技术,适用于m6A RNA甲基化谱研究。浙江rDNA甲基化
样品类型 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量 组织:100 mg – 1 g 细胞:2× 107 个以上 RNA:30-300 μg (OD260/280:1.6-2.3;RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7) 样品保存与运输 样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成 5-10 mg 的小块),可用 TRIzol 或 RNA 保护剂处理,液氮冻存后,-80℃ 保存, RNA 样品可溶于乙醇或 RNA-free 的超纯水中,-80℃ 保存,样品保存期间避免反复冻融。 样品运输:样品置于 1.5 mL 离心管中,封口膜封好,埋在盛有干冰的泡沫盒中运输。北京miRNA甲基化RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期。
植物m6A表观转录组修饰的生物学功能尚不完全清楚。CPSF30-L是聚腺苷酸化因子CPSF30的主要亚型,由CPSF30-S和一个m6A结合的YTH结构域组成。CPSF30-L的生物学作用及其在选择性聚腺苷酸化中结合m6A功能的分子机制尚不清楚。在这里,作者揭示了CPSF30-L是拟南芥m6A的“reader”,其m6A结合功能是花卉的转型和脱落酸(ABA)响应所必需的。此外,CPSF30-L的m6A结合活性增强了液体样核体的形成,其中CPSF30-L主要识别m6A修饰的远上游元件,调控聚腺苷酸化位点的选择。
m7G RNA甲基化是在甲基化转移酶的作用下,使RNA鸟嘌呤(G)的第七位N上加上甲基的一种修饰( N7-methylguanosine,m7G)。研究表明,m7G RNA甲基化修饰存在于各类分子中,包括:mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA(tRNA)和核糖体RNA(rRNA)。m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录、miRNA的生物合成和生物学功能、tRNA稳定性、18S rRNA的核内加工及成熟。m7G RNA甲基化修饰作为一类新型RNA甲基化,近两年高影响因子文章不断,是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点。将m1A RNA甲基化特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育。
LncRNA m6Am-Exo-seq 测序服务 云序生物在国内shou批引入 m6Am-Exo-seq 测序服务,利用 5’ 核酸外切酶消除非目的性的 RNA 的片段上 m6A 修饰的信号干扰,选择性地获取 mRNA以及 LncRNA 的 5’ 帽子结构下游 m6Am 修饰富集区域的序列信息。接下来,我们对选择性获取到的 m6Am 修饰的 RNA 的片段进行反转录建库和高通量测序(测序结果将同时包含 mRNA 和 LncRNA)。通过后续的生物信息学分析,可以区分来自 mRNA 和 LncRNA 的测序片段,从而较全揭示 LncRNA和mRNA 的 m6Am 修饰位点,并推测其可能的生物学功能。 2’-O-RNA甲基化修饰在mRNA、tRNA、rRNA、miRNA等分子上分布。吉林甲基化差异
m7G RNA甲基化修饰能够调节mRNA的转录。浙江rDNA甲基化
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