甘肃服务测序

组织细胞环状DNA测序： 游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA，ecDNA)被发现常常以环状的形式存在，这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA，eccDNA）。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列，其剪切加工机理主要提出有两种可能：（1）通过染色体异位同源重组环化（intrachromatid ectopic homologous recombination，HR）；（2）通过非同源染色体末端连接环化（nonhomologous end-joining，NHEJ）。环状DNA形成是一个复杂的过程，更多环化方式有待探索。每个样品组做一个Input，以去除基因组背景，降低假阳性率 。甘肃服务测序

云序优势 单碱基分辨 m7G RNA甲基化单碱基测序方式，可对m7G甲基化修饰进行单碱基定位。 抗体富集效率高 m7G MeRIP测序方式，采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程，具有极高的效率和特异性。 高通量检测 可对全转录组范围内的m7G位点进行高通量地平行检测。 全分子覆盖 可较全地对环状RNA、mRNA、lncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的m7G位点进行检测。 一站式服务 客户只需提供组织或细胞，云序生物一站式完成RNA抽提，样品预处理，建库，测序，数据分析全套流程。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队，能够满足客户的各类深入数据分析需求海南测序云序生物提供成熟m6A RNA甲基化MeRIP-seq服务。

2'-o-甲基化样本要求 样品类型 细胞、组织或RNA，其他样本类型请电询。 样品量 a) 细胞：1×108 b) 组织：500 mg - 5g c) RNA：100 μg - 300 μg (OD260/280：1.6-2.3; RNA无明显降解) 样品运输及保存 样品运输：样品置于1.5mL离心管中，封口膜封好，干冰运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理，液氮冻存后-80℃保存；RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存，避免反复冻融。目前，环状DNA不只可以作为一种新型特异的tumour标志物，还在tumour发生和发展机理研究中发挥着重大的潜在价值。

案例1：母体血浆中染色体外环状DNA的鉴定与特性分析 原文：Identification and characterization of extrachromosomal circular DNA in maternal plasm 期刊：Proc Natl Acad Sci 影响因子：11.201 作者观察到在孕妇的血浆中存在染色体外环状DNA (环状DNA)，并通过限制性内切酶和Tn5转座酶处理后的改良的测序方法，在孕妇的血浆中鉴定出了环状DNA分子。他们发现血浆的环状DNA分子比线性的长，在这些环状DNA分子中，胎儿来源的环状DNA短于母体来源的环状DNA。此外，环状DNA的闭合圆形结构可能允许抗外切酶，因此这些分子比它们的线性对应物具有更高的稳定性。这些特性为环状DNA的研究和生物标志物的开发提供了机会。环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列。

案例2：2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病 毒逃避宿主细胞免疫识别机制 原文：FTSJ3 is an RNA 2’-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing 期刊：Nature 影响因子：41.6 外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合，形成复合物，因此推测，FTSJ3是一种2'-O-甲基化转移酶。接着，体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段，证实在HIV病 毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2'-O-甲基化修饰。综上，该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病 毒RNA发生2'-O-甲基化从而解释了HIV病 毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。在RIP-Seq中，富集峰表示全部活跃转录的区域(相对于对照IgG)。福建修饰测序

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组织细胞环状DNA测序服务云序组织细胞环状DNA测序服务（Circle-seq），采用多种方法高效地富集和扩增环状DNA，极大地提高了环状DNA的检出率。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。并通过严谨的环状DNA生信流程，实现了对环状DNA准确的识别和详细的基因注释。近日，Nature杂志上发表了颠覆性研究成果：在tumour中，主要的cancer基因转录本是直接来自于环状DNA的，而环状DNA的染色质是高度开放的，环状DNA的cancer基因能够大量表达，同时缺乏丝粒，导致不遵照孟德尔定律进行遗传，这种特性使得环状DNA是驱动tumour异质性的重要机制。甘肃服务测序