ctDNA甲基化研究

ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下，使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰（N4-acetylcytidine）。早期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA和18S rRNA上，导致Watson-Crick碱基热稳定性增加，调控蛋白合成中的编码准确性；近期研究发现ac4C分布在人类转录组中，大多数位点出现在编码序列（CDS）内，并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。目前，ac4C RNA乙酰化修饰作为一类新型RNA修饰，是继m6A修饰之后的又一表观转录组学热点和“超级潜力股”！ctDNA 的 5mC 甲基化修饰研究仍然是一个未被充分探索的领域。ctDNA甲基化研究

案例2: m5C RNA甲基化基因组分布图谱 原文：Distinct 5-methylcytosine profiles in poly(A) RNA from mouse embryonic stem cells and brain 期刊：Genome Biology 影响因子：13.21 近期刊登了解析RNA m5C在不同组织细胞的分布图谱相关文章。研究人员选取小鼠胚胎干细胞（ESC）和脑组织（n=3）作为实验样本，利用m5C RNA甲基化测序技术对两组样本中的总RNA和胞核RNA进行检测。结果表明，ESC中总RNA 5mC的分布频率比脑组织的分布频率更高。研究人员将m5C位点和不同的基因组区域（CDS, 5’-UTR, 3’-UTR等）进行了关联分析。结果表明，总RNA中m5C位点更倾向于分布在转录起始位点。脑组织和ESC中，3’-UTR区m5C的分布区别很大，这暗示着3’-UTR区的RNA m5C修饰可能与细胞功能和细胞类型密切相关。环状RNA甲基化水平Nature正刊发表文章，证实发生m6A RNA甲基化修饰可以调控mRNA稳定性。

LncRNA m6Am-Exo-seq 测序服务 云序生物在国内shou批引入 m6Am-Exo-seq 测序服务，利用 5’ 核酸外切酶消除非目的性的 RNA 的片段上 m6A 修饰的信号干扰，选择性地获取 mRNA以及 LncRNA 的 5’ 帽子结构下游 m6Am 修饰富集区域的序列信息。接下来，我们对选择性获取到的 m6Am 修饰的 RNA 的片段进行反转录建库和高通量测序（测序结果将同时包含 mRNA 和 LncRNA）。通过后续的生物信息学分析，可以区分来自 mRNA 和 LncRNA 的测序片段，从而较全揭示 LncRNA和mRNA 的 m6Am 修饰位点，并推测其可能的生物学功能。

PNAS| 8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质翻译 发表时间：2018年4月17号 影响因子：9.412 PNAS杂志发表了来自国家老年医学中心、北京医院研究的一篇有关O8G氧化修饰改变哺乳动物细胞中蛋白合成的研究成果。文章题目为“Transcriptional mutagenesis mediated by 8-oxoG induces translational errors in mammalian cells”。 哺乳动物细胞内形成的活性氧可以在mRNA中产生8-oxoG修饰，这一氧化修饰在基因表达过程中会导致碱基错配。本研究首先构建了一种基于超敏荧光素酶Gluc（Gussia luciferase）的报告基因检测系统，通过第二代测序技术发现当RNA中8-oxoG含量增加使U-to-G位点增加，从而诱导表达淀粉样前体蛋白的淀粉样β肽（老年痴呆的重要标志物）。该研究结果表明，8-oxoG在mRNA中的积累可以改变哺乳动物细胞中的蛋白质合成。本论文的发表为深入氧化修饰与蛋白合成间的分子机理提供了全新的研究思路！包括：mRNA 5’帽子结构、mRNA内部、pri-miRNA、转运RNA（tRNA）和核糖体RNA（rRNA）。

云序生物对O8G RNA氧化化检测手段为O8G-IP-Seq技术，技术原理如下： 将O8G特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育，抓取有O8G修饰的片段进行测序；同时需要平行测序一个对照（Input）样本，对照样本只含有打断的RNA的片段，并不添加O8G特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的O8G片段的背景。对比免疫共沉淀（IP）样本和对照样本（Input）中的序列片段，将O8G氧化修饰位点定位到转录组上，并根据RNA-seq数据，计算样本中O8G氧化程度及对RNA表达水平的影响。云序生物一家长期做高通量测序的公司，口碑良好。浙江甲基化热点

种种研究迹象表明m6A 存在于很多物种中，占到了 RNA甲基化修饰的80%。ctDNA甲基化研究

植物m6A表观转录组修饰的生物学功能尚不完全清楚。CPSF30-L是聚腺苷酸化因子CPSF30的主要亚型，由CPSF30-S和一个m6A结合的YTH结构域组成。CPSF30-L的生物学作用及其在选择性聚腺苷酸化中结合m6A功能的分子机制尚不清楚。在这里，作者揭示了CPSF30-L是拟南芥m6A的“reader”，其m6A结合功能是花卉的转型和脱落酸(ABA)响应所必需的。此外，CPSF30-L的m6A结合活性增强了液体样核体的形成，其中CPSF30-L主要识别m6A修饰的远上游元件，调控聚腺苷酸化位点的选择。ctDNA甲基化研究