吉林云序环状DNA研究

尽管诸多研究成果都是基于双微体研究来进行的，但是事实上，后续研究证明并非所有的eccDNA都是以双微体的形式存在的。2017年，Nature发表了一篇first次利用高通量测序技术对17个tumour样本的大规模eccDNA研究，发现只有~30%的eccDNA是以双微体的形式存在的。同时也证明不同eccDNA在不同的tumour样本中是普遍存在的，但是含量有很大差别。接着陆续有研究发现双微体中能够携带ai症基因，如EGFR和MYC基因通过eccDNA在tumour细胞中扩增了40%（Cancer Genetics and Cytogenetics, 2008）；在胶质瘤中发现ai细胞通过形成eccDNA造成携带的EGFR和MYC基因大量扩增(PNAS, 2014)。如果联合全转录组测序，可以将环状DNA与mRNA进行联合分析寻找相关性。吉林云序环状DNA研究

1. eccDNA成环的整体统计 eccDNA测序结果充分体现了基因组水平成环的多样性。eccDNA来源十分丰富，同一个基因有可能会产生非常多的环状，同样一个环状也不onlyonly只会包含一个外显子。TTN基因就是一个非常典型的例子。该基因长度达到了0.3Mb，而这样一个基因竟然能衍生得到130个eccDNA，是一个经典的编码基因区域成环的案例。其中比较有代表性的是43-66以及44-52号外显子所组成的环状分子。eccDNA测序的目的正是在组学的层面上的描述刻画eccDNA的成环多种可能性。甘肃环状DNA结果目前研究表明，环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列。

近年来，由于实验技术和生信分析技术的进步，eccDNA 相关研究发表 SCI 论文的数量呈井喷之势增长。PubMed 搜索数据显示，2017 年 eccDNA 相关论文全世界only 4 篇，后续几年逐步增长为 6、7、10 篇，而到了现在的 2021 年，only before 十个月，就已经有 15 篇 eccDNA 相关论文见刊，其中还不乏 Nature、Methods in Molecular Biology、Nucleic Acids Research、Molecular Cancer 等高分期刊。见微知著，eccDNA 虽小，但很可能成为下一个生命科学的科研热点。云序生物是国内best早提供 eccDNA 测序服务的公司，云序在2018年已就启动了组织细胞 eccDNA 测序服务的开发。

云序eccDNA测序优势 一站式服务 客户只需提供细胞、组织或基因组DNA，云序生物为您完成从eccDNA富集，文库制备，上机测序到数据分析整套服务流程。 eccDNA检出率高 采用多种方法高效地富集eccDNA，eccDNA检出率高。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队，开发了高效识别分析eccDNA的算法，满足客户的各类深入数据分析需求。 样本要求 样品类型： 细胞、组织、基因组DNA。其它类型样品请详询。 样品量： a）细胞 2×107 b）组织 100mg c）DNA：每个样品总量不少于10ug，溶于无菌水或 TE（PH = 8）（OD 260/280值应在1.7～2.0 之间；RNA 应该去除干净；不得有其它个体或其它物种的DNA污染）。 样品运输及保存： 样品运输：样品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰运输，DNA可用冰袋运输。 样品保存：细胞样品或新鲜组织块切块，液氮冻存后-80℃保存；DNA样品短期内可-20℃，避免反复冻融。富集后，通过NGS测序高通量地检测细胞中所有的环状DNA分子。

案例1：环状DNA促进染色质的开放和促ai基因的表达 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配（optical mapping），从序列的角度发现，扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不only证实了tumour中的环状DNA确实是环状的，还证明了环状DNA的染色质是高度开放的，从而进一步阐释了环状DNA能大量表达ai基因和其环状结构介导的超远距离相互作用，这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。联合全转录组测序，可以将环状DNA与mRNA进行联合分析寻找相关性。吉林云序环状DNA研究

可以预见的是，环状DNA将迅速成为新的科研热点，甚至会对传统遗传学和基因组学带来**性影响。吉林云序环状DNA研究

eccDNA 的基因组来源和生物发生机制已然明了，接下来需要明确的就是 eccDNA 的生物学功能了。由于eccDNA 的基因组来源随机，导致其没有明显的序列特征，于是研究者的目光便转移到了 eccDNA 的环状结构上来。 早前有报道发现，凋亡细胞可刺激免疫反应；另一边厢，也有研究认为，包括 TLR9、HMGB1 在内的先天免疫相关蛋白，对弯折的 DNA 结构（DNA curvatures）具有选择性的亲和力。因为 eccDNA 也具有 DNA 弯折结构，所以研究者大胆猜测：eccDNA 可能因为其空间结构特征而在先天免疫过程中发挥作用。吉林云序环状DNA研究