云序优势 单碱基分辨 可对2’-O-RNA甲基化修饰进行单碱基定位。 高通量检测 可对全转录组范围内的2’-O-RNA位点进行高通量地平行检测。 全分子覆盖 可较全地对mRNA、LncRNA、pri-miRNA、tRNA和rRNA等多类RNA分子的2’-O-RNA甲基化位点进行检测。 一站式服务 客户需提供组织或细胞,云序生物一站式完成RNA抽提,样品预处理,建库,测序,数据分析全套流程。 专业的生物信息学分析 专业的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。在全转录范围内及tRNA水平查看基因m5C甲基化修饰水平。m5C RNA甲基化筛选
RNA m6A甲基化是RNA较关键的内部修饰之一,是真核生物丰富和调节遗传信息的一种保守的转录后机制。m6A修饰具有多种生物学功能,如调控mRNA翻译、转录以及稳定性等。目前,已在多种植物中发现这种RNA修饰,参与调控不同植物的各方面生物学功能。其中,拟南芥作为植物界中研究RNA甲基化修饰的先行者,许多学者将它作为研究对象,并与m6A甲基化测序技术结合,证实到RNA甲基化普遍存在于拟南芥各个发育期,并揭示了RNA甲基化相关酶在特殊发育时期,如开花,叶片形成,种子发育,根部生长等过程中发挥重要作用。miRNA甲基化调控将甲基化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA的片段进行共孵育。
研究还发现,m6Am 修饰是一个可逆的动态修饰,当细胞遭遇热激、低氧等应激性刺激时 m6Am 水平上升,说明 m6Am 可能在细胞应激反应中扮演了重要角色。近来也有研究发现,除了 mRNA 的较早编码核苷酸残基以外,在 snRNA 内部也有 m6Am 甲基化修饰的分布。虽然 m6Am 修饰早在 1975 年就已经被人类发现,但由于检验手段的匮乏,科学家难以区分出 m6A 修饰与 m6A 修饰,因此直到近年来 m6Am 测序技术逐渐发展成熟,才为进一步深入研究 m6Am 这一重要的 RNA 修饰铺平了道路。
云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 样本要求: 样品类型: 细胞、组织或RNA,其他样本类型请电询。 样品量: a) 细胞:2×107 b) 组织:100 mg-1 g c) RNA:30-300 μg(OD260/280:1.6-2.3;RNA无明显降解28S:18S>1.5或RIN>7) 样品运输及保存: 样品运输:样品置于1.5mL离心管中,封口膜封好,干冰运输。 样品保存:细胞样品或新鲜组织块可用TRIZOL或RNA保护剂处理,液氮冻存后-80℃保存;RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存,避免反复冻融。m6A甲基化是番茄果实mRNA中普遍存在的修饰。
研究表明,RNAm6A修饰影响mRNA的转录、定位、翻译、稳定性、剪接和核输出。然而,转录组m6A谱及其在白菜热胁迫中的潜在生物学作用尚缺乏足够的资料。通过MeRIP-seq获得白菜中RNA m6A修饰的first转录组全谱。同时,通过分析Input测序数据获得转录组数据。发现在正常组(CK)和热应激组(T43)中鉴定出11252个m6A共有峰和9729个含有m6A的共有基因。且CK组和T43组中,m6A峰均在3’UTR区高度富集。大约80%的基因有一个m6A位点。m6A峰的共识基序为AAACCV (V: U/A/G)。此外,关联分析发现m6A的甲基化程度与转录水平存在一定的相关性,说明m6A在基因表达中起一定的调控作用。植物中m6A修饰的研究主要集中在拟南芥的生长发育上。然而,拟南芥是一种盐敏感模式植物。因此,有必要对m6A修饰在高耐盐作物的盐胁迫响应中的作用进行研究。甜高粱是一种能源和饲料作物,非常适合在盐碱地生长。云序生物为您带来一种基于酶学方法的 DNA 甲基化测序技术 EM-seq。河南ctDNA甲基化
种种研究迹象表明m6A 存在于很多物种中,占到了 RNA甲基化修饰的80%。m5C RNA甲基化筛选
案例2:2’-O-RNA甲基化酶FTSJ3协助HIV病 毒逃避宿主细胞免疫识别机制 原文:FTSJ3 is an RNA 2’-O-methyltransferase recruited by HIV to avoid innate immune sensing 期刊:Nature 影响因子:41.6 外国研究人员首先借助蛋白互作实验证实TRBP蛋白能够在不依赖于DICER酶的作用下与FTSJ3结合,形成复合物,因此推测,FTSJ3是一种2'-O-甲基化转移酶。接着,体外和体内实验表明FTSJ3就是一种通过TRBP被招募到HIV RNA上的2'-O-甲基化转移酶。通过优化的2’-O-RNA甲基化测序手段,证实在HIV病 毒遗传信息的特定位置上存在依赖于FTSJ3的2'-O-甲基化修饰。综上,该研究证实TRBP-FTSJ3复合物通过招募到HIV病 毒RNA发生2'-O-甲基化从而解释了HIV病 毒逃避宿主细胞先天免疫识别的机制。m5C RNA甲基化筛选