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测序基本参数
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云序优势 一站式服务: 客户只需提供细胞、组织或RNA,云序生物为您完成从MeRIP富集,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 优化的实验流程: MeRIP的富集效率是决定数据质量的关键,云序生物MeRIP实验采用预验证的商业化抗体和精心优化的实验流程,具有极高的效率和特异性。 严格的质控: 云序生物对MeRIP实验的各个关键步骤进行严格的质控,全程监控实验质量,确保客户得到优zhi的数据。 专业的生物信息学分析: 云序生物具有强大的生物信息学团队,能够满足客户的各类深入数据分析需求。 特异性高: 通过抗体特异性富集发生甲基化修饰的RNA的片段,以较低的成本实现转录组范围的RNA甲基化研究。云序生物对O8G RNA氧化化检测手段为O8G-IP-Seq技术。广西测序环状RNA

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云序生物率先推出ctDNA甲基化测序服务,低需1ng ctDNA既可进行测序。客户只需提供血浆,血清或体液样本,云序生物为您完成从ctDNA提取,文库制备,上机测序到数据分析整套服务流程。 云序生物率先推出两种ctDNA甲基化测序服务。(1)免疫共沉淀测序(MeDIP-Seq):通过5mC抗体特异性抓取基因组上发生甲基化的ctDNA的片段,并结合高通量测序技术,高性价比检测ctDNA甲基区域;(2)单碱基测序(Bis-Seq):采用经典重亚硫 酸盐处理的方式,未发生甲基化的C碱基会转换成U,发生甲基化的C碱基还是C,并结合高通量测序技术,可对ctDNA甲基化进行单碱基精确定位。福建测序文章云序生物专注做测序服务,PCR,质谱检测。

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组织细胞环状DNA测序: 游离于染色体基因组之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被发现常常以环状的形式存在,这种形式的DNA被称为环状DNA (extrachromosomal circular DNA,eccDNA)。目前也习惯将巨大的环状DNA(>1Mb)称为ecDNA, 而将相对较小的环状DNA称为eccDNA。目前研究表明,环状DNA是从染色体上断裂、环化或者额外复制产生的序列,其剪切加工机理主要提出有两种可能:(1)通过染色体异位同源重组环化(intrachromatid ectopic homologous recombination,HR);(2)通过非同源染色体末端连接环化(nonhomologous end-joining,NHEJ)。环状DNA形成是一个复杂的过程,更多环化方式有待探索。

技术简介 DNA甲基化能控制基因表达,因而在动植物的生长发育过程中发挥着关键的调控作用,并且与包括ai症在内的多种人类疾病密切相关,是表观遗传学研究的热点。 云序生物提供的MeDIP测序服务,将甲基化DNA免疫共沉淀技术(MeDIP)和高通量测序相结合,能够帮助客户快速地获取全基因组范围内的DNA甲基化图谱,并比较不同样品中的甲基化分布差异。配合强大的生信分析实力,我们提供的不仅是海量的测序数据,而且是根据您的研究目的,有针对性地挖掘提炼出取之即可用的结果及出版级图片。云序生物使用diffReps软件进行差异富集区(differentially enriched peaks,DEPs)鉴定。

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案例1:环状DNA促进染色质的开放和促cancer基因的表达 原文:Wu, S., Turner, K.M., Nguyen, N. et al. Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression. Nature (2019) . 期刊:Nature 影响因子:43.07 研究团队首先结合二代全基因组测序和光学匹配(optical mapping),从序列的角度发现,扩增出来的环状DNA形成了环状结构,不仅证实了tumour中的环状DNA确实是环状的,还证明了环状DNA的染色质是高度开放的,从而进一步阐释了环状DNA能大量表达cancer基因和其环状结构介导的超远距离相互作用,这也表明了环状DNA可能形成了新的基因调控回路和在驱动tumour异质性的机制研究中发挥着重大的作用。云序生物的测序服务包括m6a,m5c,m7g,m1a服务。江苏服务测序

云序生物拥有受行业认可的BD Rhapsody™单细胞测序平台。广西测序环状RNA

案例1:全外显子测序在ai症研究中的应用 胰腺导管腺ai(PDA)的预后非常差,因此对其病原学的研究以及靶向干预医治非常必要。本文对109个显微切割的PDA组织样品进行了全外显子测序。研究表明:环境压力以及DNA修复基因的改变与不同的突变谱有关联。许多ai基因/抑ai基因位点发生了拷贝数变化,但只有MYC基因拷贝数扩增与比较差的预后以及腺鳞ai亚型相关。此外,作者还在PDA中发现了多个新的突变基因,其中一些与预后相关。RBM10突变往往预示着较长的生存期。90%以上的样品中发生了KRAS的突变,但只有密码子Q61的等位突变与较长的生存期相关。此外,Wnt信号通路,染色质重塑信号通路,Hedgehog信号通路,DNA修复和细胞周期相关的基因也被发现有较高的突变频率。这些数据表明了不同PDA样品的基因组多样性,并且找到了一些与预后相关的基因以及医治靶点。广西测序环状RNA

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